目前，我国食品认证分自愿性认证和强制性认证。由国务院有关部门推动的认证主要有无公害农产品认证、绿色食品认证和有机食品认证。其中，无公害农产品认证和绿色食品认证为中国特色的产物，有机食品认证则是国际通用标准。在我国国内广泛采用的体系认证除了GMP （良好操作规范）、HACCP （危害分析关键点控制）、ISO9000（质量保证体系） 以及EUROGAP（欧洲良好农业规范） 等多种从国外引进的质量认证体系之外（李正明等，2004），国内的质量认证体系也正在建立之中。
目前我国的体系认证主要在食品加工企业，特别是部分出口食品加工企业中开展。总体上来说，我国安全、优质农产品的认证体系，可以分为“可预测性的质量安全体系”和“可追溯性的质量安全体系”两类。采用可预测性的安全体系是为了在农产品生产之前就预测到容易产生不安全因素的各个主要环节，在事先强化对这些环节的有效控制，从而减少不安全因素产生的根源。采用可追溯性的质量安全体系是要保存生产过程的记录，以便在发现不良结果时，可以通过追踪根源，找到问题和责任之所在，从而有效地杜绝产生不安全因素的根源。部分农产品安全和质量认证体系同时兼有上述两种功能，比如EUROGAP（欧洲良好农业规范） （吴双民，欧阳宏，2003；李怀林，2002）。我国主要农产品认证形式包括如下几种。
1.无公害农产品认证
无公害农产品认证是根据国家认监委对产品认证的要求，由国家认监委授权的认可机构认可的农产品认证形式。被授权的认证机构依据认证认可规则和程序，按照无公害农产品安全标准，对未经加工或初加工的食用农产品的产地环境、农业投入品、生产过程和产品质量等环节进行审查验证，向经审查合格的农产品颁发无公害农产品认证证书，并允许使用全国统一的无公害农产品标识。无公害食品标准主要包括无公害食品行业标准和农产品安全质量国家标准，两者同时颁布。无公害食品行业标准由农业部制定，是无公害农产品认证的主要依据；农产品安全质量国家标准由国家质量技术监督检验检疫总局制定。
农业部2001年制定、发布了73项无公害食品标准，2002年制定了126项、修订了11项无公害食品标准，2004年又制定了112项无公害标准。无公害食品标准内容包括产地环境标准、产品质量标准、生产技术规范和检验检测方法等，标准涉及120多个（类）农产品品种，大多数为蔬菜、水果、茶叶、肉、蛋、奶、鱼等关系城乡居民日常生活的“菜篮子”产品。
2001年4月，农业部启动了“无公害食品行动计划”，该计划以“菜篮子”产品为突破口，以市场准入为切入点，从产地和市场两个环节入手，对农产品实行“从农田到餐桌”全过程质量安全控制。“无公害食品行动计划”主要解决蔬菜中农药残留超标问题；畜禽饲养过程中药物滥用及畜禽产品药物残留超标、动物疫病问题；水产品生产过程中药物滥用和水产品中有毒有害物质超标、贝类产品的污染问题等。为全面推进“无公害食品行动计划”的实施，健全农产品质量安全认证体系，规范和统一无公害农产品认证工作，在国家认监委等有关部门的支持下，农业部于2003年成立了农产品质量安全中心，负责组织协调无公害农产品认证工作。
2.绿色食品认证
绿色食品认证是我国较为主要的认证体系，由农业部中国绿色食品发展中心负责标准制定与认证工作。认证标准主要根据《欧共体关于有机农业及其有机农产品和食品条例》、《有机农业运动国际联盟（IFOAM ）有机农业和食品加工基本标准》、《联合国食品法典委员会（CAC）有机生产标准》、《我国国家环境标准》、《我国食品质量标准》、《我国绿色食品生产技术研究成果》制定。它分两类，AA 级绿色食品和A 级绿色食品。A 级绿色标准的批准时间是1990年，AA 级批准时间是1996年。AA 级绿色食品标准要求生产地的环境质量符合《绿色食品产地环境质量标准》，生产过程中不使用化学合成的农药、肥料、食品添加剂、饲料添加剂、兽药及有害于环境和人体健康的生产资料，而是通过使用有机肥、种植绿肥、作物轮作、生物或物理方法等技术，培肥土壤、控制病虫草害、保护或提高产品品质，从而保证产品质量符合绿色食品产品标准要求。A 级绿色食品标准要求，生产地的环境质量符合《绿色食品产地环境质量标准》，生产过程中严格按绿色食品生产资料使用准则和生产操作规程要求，限量使用限定的化学合成生产资料，并积极采用生物学技术和物理方法，保证产品质量符合绿色食品产品标准要求。
到2003年，中国绿色食品发展中心在全国委托了38 个管理机构、11个国家级产品质量监测机构、56个省级环境监测机构，形成了覆盖全国的绿色食品质量管理和技术服务网络，建立起了涵盖产地环境、生产过程、产品质量、包装储运、专用生产资料等环节的质量标准体系框架，制订了一批绿色食品技术标准。至2003年底，全国绿色食品企业总数达到2047家，有效使用绿色食品标志产品总数达到4030个，产品实物总量3260万吨。
3.有机食品认证
有机食品认证是为了促进食品安全，保障人体健康，防止农药、化肥等化学物质对环境的污染和破坏，由通过资格认可的注册有机食品认证机构依据有机食品认证技术准则、有机农业生产技术操作规程，对申请的农产品及其加工产品实施规定程序的系统评估，并颁发证书的一套完整体系。有机食品认证是国际通行的认证方式，我国的有机食品认证工作是从1994年开始的，当时由国家环保总局负责有机食品的标准制定与认证工作，2004年5月，有机食品认证认可管理工作已经正式由国家环保总局移交给国家认监委。目前，CQC（中国质量认证中心）、万泰、OFDC（国家环境保护总局有机食品发展中心）等认证机构已获得最大的有机农业国际性组织——国际有机农业运动联盟（IFOAM）的认可或成为其成员。
4.HACCP 认证
国家认证认可监督管理委员会根据国际食品安全卫生的发展及我国出口食品的现状，于2002年3月20日，发布了《食品生产企业危害分析与关键控制点（HACCP）管理体系认证管理规定》，要求有关机构和出口食品加工企业按照该规定建立、实施、认证和验证HACCP 管理体系。《管理规定》对企业HACCP 管理体系建立和运行的基本要求、认证、验证、监督管理作出明确规定，要求列入《出口食品卫生注册需要评审HACCP 管理体系的产品目录》的企业，必须建立和实施HACCP 管理体系。2002年4月9日，国家质量监督检验检疫总局颁布的《出口食品生产企业卫生注册登记管理规定》，不仅将要求卫生注册的出口食品由9类增加到包括罐头类、水产品类、肉及肉制品类等20类食品，而且改变了出口食品企业自愿申请HACCP 体系认证管理的模式，对风险程度较高的食品生产企业由自愿认证向强制性HACCP 认证和卫生注册相结合的方向转变，规定强制要求卫生注册需评审HACCP 体系的产品有罐头类、水产品类等六大类产品。据国家认监委统计，截至2004年4月，经出入境检验检疫机构验证和第三方认证的HACCP食品企业达4600多家，六类企业2003年出口总量476.65万吨，出口货值61.04亿美元。
3.1.4食品安全监测与预警系统
食源性疾病一直威胁着人类的健康与福利。近年来，除了生产环境、投入品、生产和加工技术等原来直接影响食品安全的因素外，一些新的因素如技术（如辐照、欧姆加热和改良包装的气体环境）、新产品（如转基因食品）、新的销售方式（如全球分销）、商业化消费方式（受经济发展和城市化的影响）对生食食品和未彻底加工食品的偏爱等开始对食品安全产生新的影响。
这些因素相互作用，使得食品隐患被大大放大，食品安全突发事件日益增多。突发性食品安全事件具有突发性、普遍性和非常规的特点，除健全信息收集、处理和传播机制外，如果没有健全的检测体系及相应的预警机制，事件一旦发生，局势难以控制，其损失难以估量。
近年来，我国也发生了一系列的食品安全突发事件：如2001年8 月15日的广东增城市新塘镇恒基手袋厂140名工人小白菜中毒事件、2002年1月16日的广西贵港学生农药中毒事件、2002年南京汤山的投毒事件、2003年4月的辽宁海城学生豆奶中毒事件等。这些事件给我国敲响了警钟：必须建立食品安全突发事件应急机制。目前，我国政府已经高度重视食品突发事件应急机制的建立问题，并在食品安全检测预警机制及机构体系完善等方面取得了明显的进展。
1.食品安全的检测体系
质量安全检验检测体系是食品安全管理的核心环节，是政府实施食品质量安全管理的重要手段，承担着为政府提供技术决策、技术服务和技术咨询的重要职能，在保障食品消费安全和公众健康方面具有重要的地位和作用。因此，不管是美国还是欧盟，都力求通过专门机构，加强对食品安全的及时而有效的监控和预防。
我国食品检测体系包括卫生监督、质量监督、出入境检验检疫和生产过程质量检测等，相关职能分布在农业部、卫生部、国家质检总局、商务部等多个政府职能部门。经过多年的建设和发展，我国已经基本形成了产品质量特别是食品质量安全监督检测体系。该体系主要包括了食品质量检验检测管理体系和食品质量检验检测网络。
（1）食品质量检验检测管理体系。目前，我国已经建立了食品质量检验检测体系的基本管理构架，形成了国家、省、市（县）三级检验检测管理体系。
第一级是国家专业性质检中心，它主要承担全国性的食品质量安全普查和风险评估工作，承担食品检验检测技术的研发和标准的制定及修订，开展食品质量安全对比分析和研究，与国际合作交流等职能。第二级是省级综合性质检中心，它主要承担食品质量安全监督抽查检验、食品市场准入检验、食品原料产地认定检验和食品质量安全评价鉴定检验等职能。第三级是市（县）级综合性检测站，它承担县级行政主管部门下达的食品质量安全执法检验，负责指导农产品生产基地和批发市场开展检测工作，负责食品质量安全监督检查的抽样和生产过程中的日常监督检验等。
在我国的食品质量检验检测管理体系中，各职能部门的分工也各具重点。农业部是进行农产品安全检验检测的管理主体，主要检测范围包括农业环境、农业投入品、农产品生产到消费的全过程等。卫生部主要负责食品污染物检测（以化学污染物为主）和食源性疾病检测，目前已形成了从中央到省、市、县的“四级食品安全监督检验体系”。国家质检总局主要负责食品生产加工和出口领域内的食品质量检验检测工作。近年来，国家质检总局按照法律法规的规定和国务院的要求，进一步加大了食品安全检验检测体系的建设工作，不断强化进出口食品质量安全检验检疫工作。商务部则侧重于食品流通中的食品安全问题，通过建立健全食品安全检测体系，监管上市销售食品和出口农产品的卫生安全质量。
（2）食品质量检验检测网络。国家质检总局目前在全国共建有2500多个食品、农产品检测技术机构，其中国家级食品检测中心28 个、省部级食品检测机构45个，全国32个省（自治区、直辖市）、332个地（市、州）以及绝大部分县及县级市都建立了具备食品检验能力的检验机构。近年来，根据国际形势的发展，还专门建立了多个疯牛病检测实验室和26个转基因产品检测实验室，掌握了国际先进的检测方法并成功运用于食品的检验检疫工作中。为了从源头上严把食品安全质量关，维护消费者的切身利益，国家质量监督检疫总局于2002年5月16日向各省、自治区及直辖市质量技术监督局下发《关于进一步加强食品安全监督管理工作的通知》，决定自2002年下半年开始，首先对小麦粉等5类食品实行质量安全市场准入。
农业部从20世纪80年代中期开始，建立了从中央到地、市、县的动植物防疫检疫体系。截至2003年底，农业部已在全国建设了280个国家级和部级农产品质量监督检验检疫中心，并指导全国1／3的地、市、县建立了以快速检测为主的农产品质量安全检测站。目前，农业部正在规划筹建第三批部级质检中心，拟在5年内使国家级、部级质检中心总数达到250个，到2010年达到300个左右（张雨等，2003）。