卫生部自2000年以来，建立并逐步完善国家食品安全检测系统，包括食品污染物监测（以化学污染物为主）和食源性疾病监测（以生物性污染和食物中毒为主），并于2003年推出了“食品安全行动计划”。该计划的总目标是：控制食品污染，减少食源性疾病，保障消费者健康，促进经济发展。通过建立较完善的食品卫生法律法规与标准体系、食品污染物监测与信息系统、食源性疾病的预警与控制系统，加强食品生产经营企业自身管理的食品安全监管模式，建立有效保证食品安全的卫生监督体制和技术支撑体系等手段，加强食品安全监督检验能力的建设。
商务部已初步形成了食品加工流通企业严格自检、社会中介检验检测机构接受委托检验和政审部门监督抽查3种检测方式和国家、省、地（市）、县商务部门四级管理相结合的市场检测体系。中国绿色食品发展中心在全国委托了38个管理机构、11个国家级产品质量检测机构、56个省级环境检测机构，形成了覆盖全国的绿色食品质量管理和技术服务网络，初步建立起了涵盖产地环境、生产过程、产品质量、包装储运、专用生产资料等环节的质量标准体系框架和绿色食品质量监督体系。
2.食品质量安全的预警系统
预警原则作为食品安全领域的一条重要原则和风险管理的重要措施，目前已在发达国家的食品安全信息制度和管理体系中得到充分体现。建立和完善食品安全风险预警体系，完善食品安全监督管理体制，采取科学的食品安全风险分析和积极的预警及快速反应措施，有利于促进企业和政府之间的沟通与合作，保证对进出口食品安全性采取有效的快速反应措施，从而保护消费者免受不安全食品的损害。
为应对食源性疾病的突发，从2000年起，我国加入世界卫生组织全球食品污染物监测规划，在全国范围内开始建立食品污染物监测网和食源性疾病监测网。从2000年开始，卫生部组织在北京、河南、广东等10个省、直辖市进行了食品污染物监测试点工作，开展了食品中重金属、农药残留、单核细胞增生李斯特菌等致病菌的监测工作，并在试点工作的基础上，进一步建立和完善全国食品污染物监测网。建立和完善食品污染物监测网有利于开展适合我国国情的危险性评估，创建食品污染预警系统。在保护国内消费者健康与利益的同时，提高我国在国际食品贸易中的地位。食源性疾病监测网是有效预防和控制食源性疾病的重要基础，主要包括食源性疾病报告体系、食源性疾病主动监测网络、病原危害的危险评估制度和食源性疾病的网络数据库四大组成部分。通过借助于食品污染物监测数据，在全国建立起一个能够对食源性疾病爆发提前预警的系统，是有效预防和控制食源性疾病的爆发，提高我国食源性疾病的预警和控制能力的基础。至2003年，监测点已扩展到全国15个省，覆盖我国主要产粮区70%以上人口。计划到2007年，监测网将覆盖全国32个省市。
2003年，在现有质量监督检验检疫系统600多个实验室的基础上，我国建立了进出口食品安全监测与预警系统。进出口食品安全监测与预警系统由检测数据系统、数据仓库、预警与快速反应系统以及食品安全数据库、决策支持系统等部分组成。“十五”期间，该系统已经覆盖广东、福建等20个省的检疫系统，为我国对国际进出口食品进行科学分析和政府决策提供科学依据。
2002年以来，农业部开始建立农产品市场监测预警系统。该系统是在原有农业信息采集处理工作基础上，通过收集数据、分析、会商和发布4个平台，定期对农产品的生产、需求、库存、进出口、市场行情和生产成本进行动态监测、分析，实施先兆预警。其中预警线按照无警、弱警、中警、强警等4个等级来划分，并从供求安全、进口影响、生产收益等3个方面进行报警，为政府部门、生产者和经营者提供决策参考。
3.1.5食品安全可追溯系统
食品安全和质量问题的发生，主要是由食品信息的缺失造成的。一方面，从上游到下游，如果缺乏食品的流通信息，当食品安全事件发生时，无法及时召回不安全食品。另一方面，从下游到上游的每一个环节，获知上一个或几个环节的生产情况，将有利于对上游的供应方进行管理，并根据信息判断其品质与安全。所以，要保证食品安全与质量，首先要使食品流通的每个环节都能获得相关的食品信息，也就是要使食品信息具有可追溯性。
近年来，我国政府也在逐步推进农产品可追溯制度的建设工作，制定了相关法规和实施意见，并在不同试点试行农产品可追溯制度。
（1）国家认证认可监督管理委员会、国家质量监督检验检疫总局、农业部、国家经济贸易委员会、对外贸易经济合作部、卫生部、国家环境保护总局、国家工商行政管理总局、国家标准化管理委员会于2003年2月联合签发了一项文件，下达了关于印发《关于建立农产品认证认可工作体系实施意见》的通知。在该通知中，指出要通过认证标志，建立认证质量的可追溯制度，并且认证机构要对其认证结果的有效性承担责任。
（2）2005年，农业部在《农业部关于进一步加强农产品质量安全管理工作的意见》中提出工作的一个重点就是加强农产品质量安全追溯能力建设，即强化农产品质量安全追溯管理工作，逐步实现生产记录可存储、产品流向可追踪、储运信息可查询；建立完备的质量安全档案记录和农产品标签管理制度，把产品标签与农产品认证标志、地理标志、产品商标等结合起来，逐步形成产销区一体化的农产品质量安全追溯信息网络。
（3）国家质检总局2003年启动了“中国条码推进工程”，国内的部分蔬菜、牛肉产品开始拥有了属于自己的“身份证”。山东寿光是国内蔬菜安全可追溯性信息系统试点的所在地。2004年6月起，国家条码推进工程办公室在寿光田苑蔬菜基地和洛城蔬菜基地实施“蔬菜安全可追溯性信息系统研究及应用示范工程”。该项目从源头抓质量，实施农产品市场准入制、标识制和召回制，采用电子拍卖、网上销售等电子商务模式，通过EAN／UCC编码系统自动识别蔬菜的包装、仓储、运输、销售、购买及消费的全过程，开展农产品供应链的跟踪与追溯研究，建立无公害蔬菜质量安全追溯系统（方炎等，2005）。深圳采用了“蔬菜EAN 条码管理系统”，通过运用条码技术，实行蔬菜从生产到流通的全程跟踪，同时建立食品生产企业电子地图和电子档案等，对蔬菜生产、流通和消费过程进行实时跟踪与追溯，有效召回问题产品，保障蔬菜的质量安全和消费者的安全。北京市在推动“场地挂钩”过程中，与河北省共同开展了进京蔬菜产品质量追溯试点。上海市以建立安全优质农产品监控系统为重点，积极推动安全优质农产品监控信息系统平台建设与应用。南京市进行了农产品质量安全IC卡监管系统建设试点，建立了认证的无公害农产品、绿色和有机食品及产地环境、投入品使用等数据库，创建提供农产品生产档案、产品标识标签信息的质量安全信息录入与查询系统，探索从生产基地-批发市场-集贸市场的全过程监管模式。
（4）国家食品药品监督管理局等八部门于2004年4月开始启动肉类食品追溯制度和系统建设项目。中国物品编码中心在借鉴欧美牛肉制品追溯体系的基础上，编制了《牛肉制品追溯指南》。通过实行牛肉制品标签制度，采用通用的标识与通讯标准，牛肉制品追溯系统能够提高牛肉加工的相关信息的准确性和信息传输速度，实现“从农场到餐桌”的质量管理控制。在该《指南》的基础上，北京市质量技术监督信息研究所在北京金维福仁清真食品有限公司建立了牛肉制品质量追溯的试点工程。2002年，上海市畜牧部门依据《上海市动物免疫标识管理办法》，开始为猪、牛、羊等畜产品建立档案。档案记载了猪、牛、羊生长过程中饲料、兽药和添加剂的使用情况，以及其防疫和免疫等情况，保证了畜产品安全的可追溯性（方炎等，2005）。
（5）2004年6月，国家质检总局出台了《出境水产品追溯规程（试行）》、《出境养殖水产品检验检疫和监管要求（试行）》，将实施出口养殖水产品生产、加工、储存企业卫生注册登记制度，要求向出口生产企业提供养殖水产品原料的养殖场必须于2004年10月1日之前完成备案工作。出口养殖水产品的加工原料必须来自经检验检疫机构备案的养殖场，否则不予受理报检。出口水产品及其原料需按照《出境水产品追溯规程（试行）》的规定标识，在产品出现不合格时，通过产品识别代码，可实现从成品到原料每一环节的可追溯性，海捕原料可追溯到船，养殖原料可追溯到养殖场或塘，淡水捕捞原料可追溯到捕捞区域，进口原料可追溯到进口批次。通过追溯，可用查阅该批产品的相关记录等手段分析不合格的原因。
3.1.6安全教育与培训
近年来，我国政府采取了多种措施对所有利益相关者进行食品质量安全教育，鼓励他们参与食品质量安全信息交流。1996年以来，我国每年开展的“食品卫生法宣传周”是普及食品卫生知识、宣传政府食品质量安全制度和法规的重要平台。在每年的“食品安全宣传周”期间，各地方政府、各有关部门在全国范围内组织宣传食品安全法律和科普知识，部分食品专业学会、协会和有食品专业的大专院校组织志愿者深入乡村、学校、社区宣传食品安全科普知识，部分大中型超市和食品经营企业也通过宣传专栏或展板等形式宣传食品安全常识。政府管理部门通过加强与消费者组织建立密切合作关系，为消费者提供免费的质量安全知识的教育和培训，同时进一步加强了对消费者的投诉及对与食品工业有关投诉的处理和处罚力度。
3.2我国食品质量安全信息管理存在的问题
上述分析表明，目前我国政府已基本建立了一套以政府机构为主的，包括信息收集与交流系统、食品标签制度、食品质量认证体系、食品安全监测与预警系统、食品安全信息可追溯系统以及安全教育与培训在内的食品安全信息制度和管理体系，使得我国的食品安全信息管理水平有了很大的提高。但应该引起重视的是，我国在食品安全信息制度和管理体系建设方面尚存在一些问题。
3.2.1法制建设滞后，缺乏成熟的法律体系支撑
我国食品质量安全信息管理的标准和法规体系尚未成熟，与国际先进水平相比存在较大差距，集中体现在与食品标签、追溯系统、预警系统相配套的法律制度等软环境方面基础太差。目前国际通行的食品安全标准是CAC 标准，它包括联合国粮农组织237种食品检测标准和41个卫生安全标准。20世纪80年代初，我国国家标准只有40%采用了国际标准。我国现有的标签体系覆盖面窄、标准和法规的规定过于笼统、对消费者权益的保护力度不够。从数量上比较，目前我国涉及食品标签的法规仅有4～5种，而仅美国食品与药品管理局（FDA）就先后制定和修订了22种食品标签相关法规。
从覆盖面上比较，我国的《特殊营养食品标签》只是强制适用于婴幼儿食品、营养强化食品、调整营养素的食品（如低糖食品、低钠食品、低谷蛋白食品）；而欧盟的标签法规则规定凡是在食品的广告中或是食品的标签上注明含有特殊营养成分，都需要强制标注营养成分。针对性不强是我国现有法规体系的一大弊病。例如，政府在制定食品标签法规时，往往对食品的信息特性不加区分，倾向于制定统一的标准体系。这种做法有可能会限制生产者和消费者对产品质量和特征的选择自由，并增加不必要的成本。目前，我国在食品追溯系统的研究与操作上与世界先进水平之间差距不大，主要是缺乏相应的实施追溯制度的法律制度的保障。