鉴别银耳菌种优劣的感观指标如下：
（1）斜面琼脂试管种
①菌龄。在适温下接种后培养13～18天，其菌丝生长旺盛。
②白毛团。饱满，圆正，色泽洁白，气生菌丝直立或斜立，平贴培养基上，分泌无色或含黄色水珠；15天后白毛团分化成碎米状原基和耳芽。
③耳友菌。呈黑褐色，布满培养基，气生菌丝灰白色、羽毛状爬向管壁，走势旺盛。
符合上述情况者为优质一级种。如果白毛团气生菌丝呈萎黄、倒伏状，不拌有水球，或原基干枯萎缩；耳友菌的气生菌丝在管壁收缩，培养基与管壁已脱离，说明菌种老化，生活力差。
（2）木屑一级种
在实际生产中，银耳菌种常采用菌瓶木屑一级种。它是由斜面一级种接入或通过基内分离混合而成。优质菌瓶一级种感官标准如下：
①菌龄。混合菌丝体在适温条件下培养30天左右。
②菌丝体。黑褐色，走势整齐，满瓶，伴有深绿色或黄褐色的分泌物，逐层伸展呈花纹状；菌丝未出现间断、拮抗线、杂斑。
③子实体。位于培养基表面中部，比拇指大，晶莹洁白、耳片厚密，舒展有力，朵状美观、无污染物。
符合上述情况者为优质木屑一级种。如若培养基与瓶壁明显脱离，基质松散，菌丝伸展有间断、有杂斑、拮抗线，耳基变淡红色或出现大量褐色液体，或子实体萎黄、畸形、耳形差，有杂菌污染、霉烂等均属不合格，应淘汰。
（3）二级种
银耳优质二级种感官指标如下：
①菌龄。接种后在适温条件下培养25~30天为适龄；由木屑一级种散接的，生长较快，15～20天为适龄。菌龄太短，生理成熟度不够；菌龄太长，影响扩接栽培种后的出耳时间。
②菌丝体。与瓶壁紧贴，菌丝状黑褐色，走势健壮有力；搬动后也出现墨绿色和黄褐色分泌物；无出现问断、杂斑和拮抗线。
③原基。于培养基表面，出现胶质化碎米状耳芽和小耳片，伴有酱油色或棕红色水珠。
符合上述情况者为优质二级种。如若培养基于缩，菌丝有衰退现象，走势不齐，有间断、斑点、杂菌、拮抗线，在原基上布有一层白色棉絮状的菌膜，原基萎烂、收缩、霉烂等列为不合格，应淘汰。
（4）三级种栽培种感观标准为：
①菌龄。7～12天，最佳菌龄8～10天。菌龄太短萌发力弱，菌龄太长抗逆力差，这是银耳栽培种的一个独有特征。
②耳友菌。灰白色，分泌黑色素，瓶壁上现浅黑色花纹，长势健壮有力，分布均匀整齐，伸入培养基深层4～5厘米；无出现节斑，间断，无杂菌污染。
③白毛团。培养基表面布满许多白毛团，色泽洁白，颗粒饱满；气生菌丝短、满团，健壮；伴有少量无色或深黄色水珠。
符合上述情况者为优质三级种。若耳友菌丝稀薄纤弱，长势不齐；培养基出现绿、红、黑、黄等颜色斑点，证实为杂菌污染。若表面出现灰白色小粒团，与白毛团比较，有明显差异，证实为“杨梅霉杆菌”混生，此类属于劣种，应淘汰处理。
菌种质量除感观检测外，还有栽培各项经济指标，如接种后成活率，出耳快慢，商品性状，干燥率等。所以菌种的真正优劣还是以栽培出耳的结果与成效为最终判断指标。