（1）母（原）种带杂菌母（原）种培养过程中未经常观察，污染了杂菌，被食用菌菌丝覆盖而未发现没淘汰；接种前没有仔细检查所用母（原）种是否带杂菌；菌种表层有看不见的杂菌或其杂孢存在。
（2）拌料不均匀产生污染培养料没有充分拌匀部分偏干，或培养料中有干颗粒存在，致使杂菌和杂孢未完全灭杀。
（3）培养基灭菌不彻底灭菌蒸气压力不足，或时间不够，或锅中培养料瓶（袋）摆放太紧实，蒸气不流通；没有排除冷空气，压力升不高。如果灭菌不彻底，培养3～5天，在培养基表面和内部都会发生杂菌污染。
（4）棉塞污染试管口沾有培养基，或瓶（袋）口培养基抹不干净，或培养基与棉塞相接触，或灭菌时棉塞受潮，或培养室漏雨打湿棉塞等。
（5）接种污染接种环境不清洁，如附近有垃圾堆、猪鸡舍；接种箱（室）不够密封，消毒不彻底；接种用具不洁净；无菌操作不严格，往往引起培养基表面或接种块周围出现杂菌。
（6）培养污染培养环境潮湿，特别是梅雨季节空气潮湿，霉菌流行；棉塞过松，杂菌侵入；培养室不清洁，空气中杂菌密度大；老鼠、蟑螂为害，带进杂菌。
根据菌种污染原因，采取相应措施，减少污染，培育优良菌种。