羽毛状菌丝，可从如下途径分离获得：
（1）段木分离选取子实体洁白、朵大、开瓣清楚、无病虫害、无烂蒂头和无杂菌的种木，在靠近子实体基部，截取一段做为分离材料。在接种箱内割去子实体，通过熏蒸灭菌。然后从木材断面褐色花纹较密处，切下一小块木材，用0.1％升汞溶液进行表面消毒后，放在培养皿内。再用无菌解剖刀，削去木材外部，用刀尖将木材切成粗细如同火柴梗，长为o-5厘米的小段，取一小段接入斜面培养基，置于24～28℃下培养5～6天，菌丝萌发后随着培养时间延长，培养基变成黑色。当菌丝长至斜面1／2时，挑取菌落前端的菌丝，培养4～5天，即得到纯耳友菌丝体。
（2）木屑培养基分离在接种箱无菌条件下，打破银耳菌种瓶底或在袋栽培养基深层，选取有如大理石状黑色花纹的耳友菌丝生长的前端部位，挑取米粒大小移接在斜面培养基上。当接种点出现灰白色菌丝时，继续培养1～2天，气生菌丝呈绒毛状，能分泌黑色素使培养基逐渐变为棕黑色；菌丝长至斜面1／2时，挑取生长旺盛、爬壁力强的前端耳友菌丝，转管纯化便获得耳友菌的菌种。