银耳纯白菌丝分离的操作方法如下：
（1）种耳选择在室内外袋栽或瓶栽银耳群体中，挑选袋内颜色均匀，长势好、朵形圆正、色白、耳片粗花、肥厚的银耳为种耳。
（2）切取基质将挑选好的种耳袋（瓶）经表面消毒后，把子实体齐耳基切掉。挖出耳基正下方及周围的硬基质块，将基质块切成半个火柴盒大小的方块，作为分离材料。
（3）脱水干燥把基质块周围的木屑培养基刮除，将露出白色菌丝体的基质块，用卫生纸或纱布包好，置于用浓硫酸或五氧化二磷、变色硅胶脱水剂的“玻璃干燥器”中，脱水10~15天，使耳友菌丝枯死；也可将基质块用纱布包好，挂在通风处，经25天左右风干后也可进行分离。
（4）确定部位分离部位的选择，对银耳菌种有重要作用。取浅层分离的菌丝，容易发黄，并在试管内很快展开耳片，菌丝生活力较弱，朵形小，易烂耳；取深层分离的菌丝，生理成熟度低。为了得到生活力旺盛、适合培养料栽培的菌株，应取自浅层和深层之问的纯白菌丝。这种银耳菌种，成熟度适中，产量稳定。
（5）分离培养经脱水后的基质块，置于接种箱内，把基质块内层自上而下，从左至右，用接种针挑取呈白色的木屑小颗粒，移接在琼脂培养基上，每次移接20~30管，置于22～24℃，经8～10天的培养，当纯白菌丝出现后，挑取移接到新培养基上培养。若分离物还出现耳友菌丝，应继续将分离材料干燥，直至耳友菌丝全部死亡，再分离纯白菌丝。此外，如果培养基偏湿或表面存在水滴，纯白菌丝培养后易形成酵母状分生孢子，或同时出现银耳纯白菌丝与酵母状分生孢子并存。银耳纯白菌丝生长十分缓慢，在适温下培养20天，菌落只有豆粒大小。
（6）提纯扩大分离后的银耳纯白菌丝，待长到黄豆大小的菌落时，应进行纯化扩大培养。其方法是用接种针在银耳菌落边缘，挑取小米粒大小带培养基的银耳纯白菌丝，移接到试管培养基斜面上，每管斜面接2～3个点。然后置于23~25℃下培养10天左右。当接种点周围出现白色短密的菌丝，形状似绣球状的白毛团，且培养基不变色，即成银耳纯白菌种。纯白菌丝需要耳友菌丝的混合后成为一级混合菌种。