链孢霉亦称脉孢霉、串珠霉，俗称红色面包霉。无性阶段的链孢霉初为白粉粒状菌落，后呈绒毛状，无色、白色或灰色，成串时粉红色；大量分生孢子堆集成团时，外观似无刺猴头菌，直径2～5厘米，高1厘米左右，黄色、橙红色或红色。
链孢霉主要以分生孢子传播危害，是高温季节发生的最重要杂菌，7～9月是其盛发高峰期。此时，该菌来势之猛，蔓延之快，危害之大，并不亚于木霉，某些方面常有过之无不及。与其他常见杂菌相比，该菌分生孢子萌发和营养菌丝的生长速度极快，特别是气生菌丝顽强有力，能穿出菌种的封口材料，挤破菌种袋，形成数量极大的分生孢子团，有当日“生根”（萌发）、隔日“结果”（产孢）、高速繁殖之特性。该菌一旦大发生，对于防控无措的生产者来讲，可谓是灭顶之灾，其后果是菌种、栽培袋成批报废。
防治链孢霉，要尽量避免在高温季节生产。菌棒与菌种的制作方法虽然相同，但是菌棒不再作为菌丝扩大性繁殖使用，而是直接用于出菇。所以，其本身的纯培养程度不一定要求很高。因此，在袋式菌床制作时，可在培养料中加入占干料重量0.2%的25%多菌灵，或者0.1%的75%甲基托布津，可以抑制培养料中残存的或发菌期侵入的病原分生孢子的萌发。
菌棒发菌初期受害，应及早向分生孢子尚未形成的病原菌落注射5%可湿性托布津稀释液，或者在分生孢子团上滴上煤油、柴油等。若上述措施对病害仍控制不力，则应剥袋重新配制，经高温处理后再利用，一般不要轻意报废。发菌后期受害，可将受害菌床埋入深30～40厘米透气差的土壤中，经10～20天缺氧处理后，可有效减轻病害，菌棒仍可出菇。也可将受害的菌床浸没在水中1～2日，使该菌缺氧淹死，待生产缓解时，再脱袋剥开经晾晒后，重新配制使用。