木霉又称绿霉，是一种为害最大的杂菌。初期菌丝为灰白色，细而密，不久便产生大量的孢子，孢子堆呈绿色。木霉具有较强的分解纤维素的能力，可产生出毒素抑制香菇菌丝生长。一般灭菌不彻底时产生木霉污染，菌丝长满袋和出菇期间也易被木霉菌侵染，造成不出菇和菌袋腐烂。
防治的方法有：出菇灭菌要彻底。培养料要求新鲜，无霉菌感染。在配制培养料时，加入石灰调节pH值至8～9，造成碱性环境，抑制木霉生长。接种操作时，要创造一个无菌环境，防止接种时带入木霉菌。在培养菌丝时，培养室要求干燥、空气流通，温度也不要太高，以22℃～25℃为宜。因在高温、高湿条件下，极易感染木霉，出菇之前，出菇房要清扫干净，并喷洒多菌灵、克霉灵等杀菌剂，杀灭出菇环境内的木霉菌。菌袋内一旦出现木霉感染，在早期可采用多菌灵、克霉净等药物进行局部注射的方法来抑制木霉生长。感染严重的菌袋，要及时搬出菇房，烧掉或深埋土中。