细菌个体微小，要在高倍显微镜下才能观察到。细菌主要有球形、杆形和螺旋形3种。球形的细菌称为球菌，杆形的叫杆菌，螺旋形的细菌有螺旋体和螺旋菌两类。细菌一般都很小，仅几个微米，有些具有鞭毛。细菌主要以裂殖法进行繁殖。细菌的菌落大小不一，形状各异，一般呈灰色。
污染食用菌菌种或培养料的细菌种类很多，其中芽孢杆菌较常见，其次为荧光假单孢杆菌和欧氏杆菌。
防治香菇细菌性病害，首先要在培养基灭菌时，温度、压力、时间都要达到要求。尤其斜面培养基制成后，放在30℃的培养箱内经1天后进行观察，以确保无细菌污染。若有污染，可重新灭菌；接种时严格按照无菌操作规程进行，必须保证无细菌污染；及时摘烧病菇，清理菇床；收获期避免湿度过高，使空气流通。