（1）培养基灭菌不彻底。杂菌不仅在基质表面发生，更多的是在培养基内的不同位置出现，即香菇菌丝尚未延伸到达，杂菌就在培养基的上、中、下各部位捷足先登。培养基灭菌不彻底，一般在接种2～3天后便可发现，它是造成菌种成批污染、大量报废的最重要原因。
（2）种源污染。污染发生时，最初不是在培养基上出现，而是在接种块上最先发生。种源本身被污染，带有杂菌或虫体，对菌种的危害极大，携带的数量愈多，菌种被污染的程度愈重。
（3）接种污染。在种源纯正的条件下，若发现杂菌的始发部位是培养基表面的接种区内，那么这类污染多属于无菌操作不严，接种时将外部的杂菌带入而造成的。接种污染在菌种生产中最为常见，绝大多数是由于接种操作时马虎大意，或缺乏无菌操作基本知识所引起的。
（4）制作与管理不当。在培养基制作过程中或在菌种培养管理期间，只要有一道环节把关不严，污染的机会就会增多。例如，培养料配制时掺水不匀，湿料中夹有干料，或木钉、枝条内部吸水少，即使灭菌过程符合常规要求，也可能造成培养基灭菌不彻底的现象。此外，灭菌时棉塞等封口物受潮或封闭不严，冷却室、培养室灰尘多，杂菌孢子含量高，害虫出入频繁，菌种培养时封口物松脱或菌种容器被撞击而产生裂纹、孔隙等，均会导致污染增加或害虫侵入。