香菇是一种好气性真菌，足够的新鲜空气是保证香菇正常生长发育的重要条件之一，因此在生长发育过程中需要有充足的氧气。若环境中氧气不足，二氧化碳浓度过高，就会抑制菌丝体和子实体的生长。当空气中二氧化碳含量超过1%时，子实体的生长受到抑制，表现为朵型小，或者提前开伞，菇柄较长或者不长菌盖，产生畸形菇；当二氧化碳含量超过3%时，就会造成缺氧，菌丝借助酵解作用暂时维持生命，消耗大量营养，这时菌丝容易衰老，死亡快，不易形成子实体。在通风不良、空气污浊的环境中，还容易引起杂菌感染。在进行香菇木屑袋栽时，更要注意到通风问题，才能得到较高产量。
