水分是香菇生命活动的物质基础。香菇对水分的要求包括两方面，即空气相对湿度和培养基质中的含水量，香菇不同发育阶段对两种水分的要求不同。
（1）孢子对水分的要求。在20℃下，相对湿度90%时，孢子经90天便失去萌发力；在同样温度下相对湿度10%时，经210天孢子萌发力还较好。当孢子在适温下，落入适宜的基质或段木坎隙中，不久即吸湿膨胀开始萌发。
（2）菌丝生长对水分的要求。在木屑培养基中的含水量以55%～60%为宜；在段木中，段木适宜的含水量为32%～42%，其中以35%～40%为最佳。
（3）子实体对水分的要求。香菇子实体分化所需要的水分，绝大部分来自基质，适宜基质含水量是出菇的重要因素。含水量60%时，子实体发生的个数比含水量55%时要多。
当年砍伐段木腐解度较低，吸水率较低。随着菇木腐朽程度加深，第2年菇木吸水率也成正比增加。一般第2、3年菇木含水量逐渐增至60%，满足了香菇发育对水分的需求，因而第2年菇木产量较高。此外，原基形成之后，子实体健全发育的外界周围小环境空间相对湿度为75%～90%。