段木接种工作不宜在风雨天进行，若无法避开这种天气，可以在挡雨工棚或室内进行接种。接种锯木屑菌种主要包括3道工序：打接种穴、放菌种、盖盖子。
1.取树皮盖2.打接种穴3.放菌种4.盖盖子
（1）打接种穴。打接种穴时要注意合理密植，深浅适中。接种穴的深浅各地比较统一，多为1.8～2.5厘米，但接种密度变化较大。如果以菇木表层当年菌丝化为尺度，第2年春天投产为目的，一般说来，直径12厘米的段木，接种4行，每行5～6个接种穴较为合适。
为了防止杂菌侵入，在段木的两端和伤口处，除了涂刷石灰水外，还可以在附近适当增加接种穴，抑制杂菌发生，为香菇菌丝体尽快占领段木创造条件。在我国较寒冷的西北或中部高山地区种香菇，或是接种较迟，或采用的段木质硬、直径较大等情况下，接种穴都应稍密一些。
（2）装填菌种。打好接种穴后，应及时装填菌种。如果是徒手接种，必须用干净的铁丝钩或者镊子揭掉菌种表面的菌膜，然后将锯木屑菌种切割成块状，盛在干净的杯子或者碗里，以便用手指装填。如果使用锯木屑菌种接种器（见图5），揭去菌膜以后，便可以直接在菌种瓶内取种。放菌种要求认真仔细，逐穴装填，松紧适度。
（3）加盖子。接种穴内装填好锯木屑菌种以后，需要及时加盖树皮盖子，或涂蜡密封（封口蜡的配方是：石蜡70%，猪油10%，松香20%）。加盖树皮盖子的技术要领是锤平密封，涂蜡则要求蜡层厚薄均匀适中，粘着牢固。
为了提高定植成活率，接种工作的3道主要工序（打接种穴、装填菌种、盖盖子或者涂蜡），最好固定专人操作，实行流水作业，全部工序当天结束。