香菇菌种在培养、采购、运输过程中，棉塞、菌种瓶外壁会被灰尘、杂菌污染。因此在接种前必须清除可能存在的杂菌污染源。
具体的操作方法：先将菌种瓶放进配制好的1000倍高锰酸钾液和2000倍的菇保一号分别进行2次消毒，然后在接种箱外把菌种瓶口的棉塞拔掉，搬入接种箱内。如果在接种箱内拔棉塞，必然把杂菌带进箱内造成污染。经过上述处理后，再用接种铲伸入菌种瓶内，把表层老化菌膜挖出。如发现有白色扭结成团的原基也要镊出，并用棉球蘸75%酒精，在菌种瓶内壁四周擦净木屑等。然后用塑料膜包好瓶口，再搬进接种室内，连同袋栽培养基的料袋及接种工具一起，进行第2次消毒，即料袋进房后的再消毒。