在香菇菌种接种前，需要对接种室消毒，常用的方法有：
（1）喷洒法。在室内喷洒1～2次等量式500倍波尔多液和1%的漂白粉溶液杀菌，然后再喷一次0.5%的敌敌畏除虫。或用5%石炭酸2次喷雾墙壁、空间、地面，密闭1小时后再启用。
（2）熏蒸法。采用硫磺熏蒸法，先用清水在室内喷湿，然后在盆中点燃炭火投入硫磺，产生二氧化硫，熏蒸12～20小时消毒。
（3）气化法。采用气雾消毒盒，每立方米用量4～6克。每盒50克，15平方米的房间使用2盒。使用时，点燃消毒盒，即喷出白色烟雾，密闭30分钟以上即达到灭菌效果。
（4）紫外灯照射法。每次接种前将各器具移入室内。一般每40立方米的接种室，需用2支30瓦紫外线灯，照射2小时，才能达到消毒杀菌的要求。紫外线照射时，人员要离开室内，以防眼角膜、视网膜受伤。紫外线对细菌消毒较可靠，但对霉菌消毒可靠性较差。