食用菌保鲜常用以下几种方法：
（1）冷库保鲜。采收的鲜菇经整理后，放入筐、篮中，用多层湿纱布或麻袋片覆盖。然后在阴凉处放缸，缸内盛少量清水，水上放置木架，将筐篮放于木架上，再用薄膜封闭缸口。
（2）气调保鲜。该方法是以人工控制环境的温度、湿度及气体成分等，从而达到保鲜目的。
其一，简易气调保藏。将鲜菇如香菇、双孢菇等贮藏于含氧量1%~2%、二氧化碳40%、氮气58%~59%的气调袋内，贮于20℃条件下，可保藏8天左右。
其二，“硅窗”袋保鲜。将硅橡胶按比例地镶嵌在塑料包装袋壁，就形成了具有保鲜作用的“硅窗”保鲜袋。该塑料袋能依靠“硅窗”自动调节袋内氧与二氧化碳的比例。从而达到使鲜菇安全贮藏的目的。
（3）休眠保鲜。鲜菇采收后于25℃以上室内放置3~5小时，使其旺盛呼吸，然后再于0℃左右的冷库中静置处理12小时左右，此后贮于20℃左右，保鲜期约为4~5天。
（4）食盐浸泡处理。将鲜菇浸入0.6%盐水中约10分钟后，沥干装入塑料袋内贮藏，于10℃~25℃条件下，经4~6小时，鲜菇变为亮白色，能保鲜3~5天。
（5）电离辐射保鲜。电离辐射处理能有效地减少鲜菇变质的现象，收到较好的保鲜效果。
在食用菌的贮藏保鲜中，γ射线穿越菇体，可被其体内细胞中水分子与生物化学活性物质电离或处于激发态，直接或间接抑制核酸合成，钝化酶分子，引起胶体状态变化，从而减慢菇体生长开伞与其他代谢反应速度，抑制褐变及增加持水。同时，还抑制或杀死腐败微生物和病原菌，从而起到保鲜作用。
但是电离辐射处理也存在一些问题，如辐射处理后会产生异味，某些维生素遭受破坏。另外，设备费用高，也会导致辐射处理一时难以在生产上推广。
（6）负离子贮藏保鲜。负离子对菇类有良好的保鲜作用，其机制是：空气中的负离子能抑制菇体的生化代谢过程，还能净化空气；负离子发生器在产生负离子的同时还产生臭氧，而臭氧具有强氧化力，有杀菌和抑制机体活动的作用。负离子保鲜食用菌，成本低、操作简便，是菇类保鲜中一种较有前途的方法。
一般采用高压静电电晕放电法，可获得高浓度的负离子，其设备比较简单，如图1所示。直流电源可用电池或交流电整流滤波后获得，以供给振荡器工作。电压12~24伏，振荡频率为500~1 000赫兹。升压变压器可将12~24伏升到5 000~6 000伏，在小型发生器中，可以用电视机行输变压器待用。图1高压静电电晕放电设备示意图
负离子贮藏方法是将当天采下的菇体，不经洗涤，装入0.06毫米厚的聚乙烯袋中，在15℃~16℃下存放，每天用负离子处理1~2次，每次20~30分钟，负离子浓度为1×105个每平方厘米。
（7）化学保鲜。化学保鲜就是利用化学物质来抑制食用菌的呼吸强度，并防止腐败性微生物的活动。
其一，焦亚硫酸钠喷洒。向菇体喷洒0.15%焦亚硫酸钠水溶液，在15℃~20℃下，可存放5~8天。
其二，比久保鲜。以0.001%~0.1%的比久水溶液浸泡鲜菇10分钟，在5℃~22℃下可保鲜5~8天。