食用菌加工的基本原则如下：
（1）灭菌、防腐，控制微生物的活动。由于微生物大量地存在于空气和水中，也大量附着于食用菌子实体表面。加工用具和工作人员的手上，是引起食用菌及其加工品败坏和腐烂最主要的原因。
在食用菌加工过程中，可通过杀灭绝大多数的微生物并防止新的感染的措施或使加工品本身成为一种不利于微生物活动的场所，控制某些微生物活动必需的条件，以阻止其为害。
（2）破坏酶的结构，防止各种酶的作用，隔绝空气，防止氧化，减少维生素的损失及其他生物化学变化。因为食用菌鲜品本身含有多种酶，当酶的结构尚未被破坏之前，能促进菌类各成分的化学变化，加速食用菌的腐败变质。因此，在食用菌加工过程中，必须破坏酶的结构，防止酶的催化作用。
上述原则就是菇类加工的基本原理，也是菇类加工品赖以保存的理论依据。