食用菌加工不但要制成多种多样的产品，更重要的是保持它们的天然风味和营养物质，提高其商品价值。因此，对于食用菌所含的化学物质的性质及其在加工中所发生的变化必须有足够的了解，才可能获得色、形、味皆佳的加工产品。
（1）食用菌的含水量。水分是食用菌的主要成分，其含量的高低直接影响食用菌的品质和风味。一般食用菌鲜品的含水量在75%～95％之间，干品的含水量应控制在5%～20％为宜。过多可利用水分的存在有利于微生物和酶的活动，常引起食用菌的变质和腐烂。因此，在加工过程中，必须考虑到水分的存在和影响并加以必要的控制。
（2）碳水化合物。食用菌的碳水化合物包括单糖、糖醇、多糖及其他衍生物，种类齐全，其中以多糖为主，单糖含量一般较低。在菌体内碳水化合物和脂类的氧化过程中，碳水化合物与氨基酸之间，各种氮化物与有机酸之间发生化学反应产生黑色素的现象被称为非酶促褐变。在食用菌加工及成品的保藏过程中应注意防止非酶促褐变的发生。此外，多种重金属如铁、锡、铅、铜等与菌体接触也会发生褐变。由于褐变严重影响菌类加工品的色泽并降低其商品价值，因此，一般要尽可能地减少其发生。在生产实践中，常通过降低贮藏温度，热水漂烫，氧化硫处理及避免与铁器等金属元素接触等方法对其加以控制。
（3）蛋白质与氨基酸。食用菌的蛋白质含量可达其干重的20%～40％，鲜重的3%～5％，比一般蔬菜和水果的蛋白质含量高3~5倍，而且组成蛋白质的氨基酸种类齐全，几乎含有所有的必需氨基酸，而且其含量约占氨基酸总量的25%～40％。此外，在食用菌中还含有一些稀有氨基酸及其他含氮物质。
在食用菌加工过程中，由于这些含氮物质的存在和变化，如前所述的非酶促褐变反应及长时间高温灭菌引起蛋白质分解产生硫化氢等，均会对成品的色、味产生不良的影响。因此，在加工过程中，对易导致蛋白质分解的因素，如酶、温度、酸碱度等，必须给以必要的控制。
（4）酶。酶是生活细胞所产生的生物催化剂，在食用菌中也含有多种酶，如葡萄糖6磷酸脱氢酶、甘露醇脱氢酶、多酚氧化酶、氧化酶和过氧化酶等。这些酶控制着食用菌细胞代谢作用的强度和方向，控制着代谢水平，能引起食用菌风味、品质的变坏和营养成分的损失。
因此，在加工过程中要采用不同的处理和加工方法，在一定程度上抑制酶的活性，保证加工产品的品质。除此之外，在加工过程中要避免菌体组织细胞破裂，减少酶接触空气中氧的机会，或选用亚硫酸钠或偏硫酸氢盐处理多酚氧化酶，使其失去活性等措施来防止酶促褐变的发生。
（5）维生素。维生素是生物正常生命活动所必需的一类微量有机物，它的主要功能是通过作为辅酶的成分调节机体代谢。菌类食品中含有多种维生素，如核黄素、硫胺素、烟碱酸、泛酸、吡哆醇、生物素、叶酸等，它们可以预防由于长期缺乏这些维生素而导致的相应的疾病。在加工过程中应注意它们的溶解性，对酸、碱、热的稳定性，以减少由于加工造成的维生素的损失。
（6）矿物质。矿物质是菌类食品中最稳定的营养成分，一般不会因加工而流失。在菌体细胞中含有丰富的矿物质元素，如铁、钙、磷、镁、钾、钠、锌、锰、铜、钴、锗、钼、硒等。
据分析，百克双孢蘑干品中，含钾640毫克，而钠只有10毫克。这种含高钾、低钠的食品，对高血压患者是十分有益的，因为钾对因钠引起的高血压有抵抗作用，可以保护血管免受高血压的机械伤害。
（7）菌体的特殊代谢产物。菌体细胞中除含有一些基本成分外，还含有多种特殊的代谢产物，而且这些代谢产物与菌类产品的药用作用是密切相关的。
其中，食用菌中抗生素的广谱抑菌作用，多糖类物质的抗肿瘤作用，“蘑菇核糖核酸”诱导干扰素产生及对病毒的抑制作用，香菇素治疗高血压和动脉粥样硬化的作用等，已引起国内外真菌学工作者及药物学工作者的高度重视。
在加工过程中应注意食用菌对热、酸、碱的稳定性及溶解性，以减少菌类特殊代谢物由于加工造成的损失或失去活性。