2004年11月，国务院颁布了《宗教事物管理条例》，成为宗教法律建设上的里程碑，也是我国政府依法管理宗教事务的新起点。但作为地方政府由此而带来的困惑也是多方面的：一是长期运用政策手段管理宗教事物的习惯难以克服，运用法律手段管理宗教的局面尚待形成；二是宗教事物条例作为国家法规，有其纲领性和宏观性，与地方的实际结合还有一定的距离；三是一般宗教事务管理的法规，在其立法原则上，涉及到与其他法律法规的衔接，但全社会不同法制领域，依据自身法规支持宗教法规的意识尚未形成。有鉴于此，吴忠市在人本化管理过程中，注意处理了以下四个关系：
一、正确处理自由与法治的关系
《中华人民共和国宪法》规定，公民有宗教信仰自由。这个自由包含着两层含义：一是承认并保护个人精神信仰的绝对自由，任何人不能干涉这种思想层面的内在性、自主性和隐秘性；二是强调宗教行为及其组织在社会层面的相对自由，宗教作为社会团体的一钟集体行为，在社会中表现出公开性、透明性和组织性。因此，他们把个人自由和集体行为区别开来，明确了作为信教群众思想领域的自由是应该得到尊重的，而作为社会层面的宗教活动理应接受依法管理。近年来，吴忠依据《中华人民共和国宪法》和《宗教事务条例》制定了《吴忠市宗教活动场所民主管理意见》《宗教活动场所财务管理意见》《大型跨地区宗教活动管理意见》《阿语学校经文班管理办法》，使宗教事务条例更有针对性和可操作性。这样，在尊重私人形式，充分保留宗教的个人性与自由度的同时，又能够使宗教组织形式有章可循。因为，“没有法律的宗教将失去其社会性和历史性，变成纯属个人的神秘体验。法律和宗教乃是人类经验两个不同的方面；但它们各自又都是对方的一个方面。它们一荣俱荣，一损俱损。”只要依靠这些组织与程序，将从内在的和外在的层面，提供了宗教活动的合法性和生命力。
二、正确处理国家法制体系与宗教制度的关系
宗教事务管理的法制化是指政府对涉及国家利益、社会公共利益、宗教权益的管理，必须依据宪法、法律法规及有关规范性文件，将宗教事务管理纳入法制化的管理轨道。宗教制度是“人类对复杂社会现象的理解往往受超自然力量影响，这种超自然力量形成一系列价值准则、仪式、组织与章程，就构成了宗教制度。宗教制度是维持社会秩序的重要精神力量，同时也成为约束人们行为的强有力的社会规范。”探讨国家法律法规和宗教制度二者关系时，我们引进了宗教活动空间这一概念，“空间”的概念来源于布迪厄的“场域”（field）思想。布迪厄认为：“一个场域可以被定义为在各种位置之间存在的客观关系的一个网络（network），或一个构型（configuration）。”按照物理学的场论，客观世界所进行的各种物理过程中，总是存在着某种物质客体，使人能感觉到其存在的状态；还有另一种客体——场的存在，这种客体不容易被人们直接察觉到，因此，场也是物质的一种形态，是一个相对封闭的物质空间范畴。布迪厄将“场域”这一范畴运用与社会学研究，认为场域不仅是一个争斗的空间，场域内各个位置含有社会资源或权利资本，并且，他们也只有获得某种社会资源或权力资本才能在场域中占有某种社会位置；而且在高度分化的社会中，社会的和谐统一体是由一些相对自主的社会的微观世界组成的，而社会的微观世界就是客观关系的空间，亦即场域。按照“场域”理论，吴忠宗教事务管理者认为，处理好国家法律法规和宗教制度的关系必须从三个方面着手：
（一）坚持实体与场相互作用的原理，实现法律法规与宗教制度的互谅、连接和转化。物理学认为，场和实体可以互相影响，二者可以占有同一空间，这时场可以改变实体的状态，而实体也影响场的分布。我们以宗教活动空间为场域，以法律法规为实体，二者的相互渗透、相互作用，必然产生法律法规和宗教制度之间的互谅、连接和转化。如，宗教教职人员由宗教场所民主管理组织选举产生，报宗教团体备案。可在门宦制度存在的情况下，这一法规形式在门宦体制内，首先表现为抵触，因为伊斯兰教门宦制度下，宗教教职人员是由本门宦的上层人士委派的，二者产生矛盾；后来，他们考虑到门宦制度在短期内无法彻底消除这个实际，政府管理部门和门宦上层人士达成互谅；为了解决二者的矛盾，实践中他们找到一种连接，就是先在基层的民主管理组织选举产生教职人员，然后征得门宦上层人士的首肯；在有些地方的门宦中已经实现了民主教职人员的情况，这样就实现了宗教制度向法律法规的转化。
（二）按照实体具有比场大的多的质量密度和能量密度的原理，实体对场域产生强力性，因为国家法律法规这个实体代表着国家的整体利益，因而对场域中的宗教制度产生强制性权力。如，个别宗教制度中有干扰司法、教育、婚姻的内容，必然要受到实体的强力性抵制或取代。
（三）实体和场域的相互作用采取间接方式进行的原理，决定了宗教团体在实体与场域之间的重要作用。“对于一个特定的场域的行动者来说，社会行动从来都不是承受来自外部的决定的，外部决定只有在被重新构造以后，只有通过场域的特殊形式和力量的特殊调整以后，才会影响到行动者身上”。这就为宗教团体发挥作用提供了空间。在实践中，吴忠积极发挥宗教团体的作用，充分利用其政府连接信教群众的桥梁和纽带作用，推动了场域内法律法规与宗教制度的互相融合。
三、正确处理宗教法律法规和相关法律法规的关系
《宗教事务条例》有一个鲜明的特点，就是不单涉及宗教行政管理部门，而是涉及政府诸多部门。不是单纯的宗教事务管理法规，而是涉及诸多法律和法规，特别是在处罚条例中，更是有政府的其他部门依据其他的法律法规来处罚。这不仅反映了宗教问题的特殊复杂性，而且反映了宗教工作的社会综合性。这就要求树立“大宗教工作”的格局，既分工负责又协同配合，真正形成宗教执法的整体合力。在实际工作中，宗教法规执行的多部门性也为处理宗教问题提供了方便。如，吴忠这些年坚持的“宗教问题非宗教方式处理”的原则就是一个例证。在处理滥建宗教场所的事件中，他们以土地管理部门违法占地为名，将正在建设的宗教场所取缔。在处理宗教上访问题时，他们依据信访条例处理，对带头惑众、无理取闹的当事人，依据治安条例依法处理。对国内外非法宗教的传播者，依据出入境管理条例由公安和安全部门遣送回原籍。
四、正确处理政府行政管理和宗教界自我管理的关系
在宗教事务管理的实践中，吴忠的管理者们认为，宗教事务管理有两个管理主体：政府和宗教界。所以依法管理宗教事务包含着政府对宗教事务的依法管理和宗教界的自我管理。他们在工作中明确两种管理主体的职能和分工，做到依法管理与自我管理的紧密结合。在宗教界自我管理方面，凡是符合国家法律法规和宗教教义的宗教行为，政府都应给予必要的尊重，让他们根据教内习惯做法和历史定制，自我组织、自我管理，政府只是提供外围治安上的必要保证。政府作为依法管理宗教的行政执法主体，主要以维护人民群众生命财产安全为己任，制定好宗教活动可能发生问题的预先行动方案，在出现意外情况时，做好必要的医疗、消防和人员及车辆的疏散等工作，并防止一些不法分子对宗教活动的破坏行为。