采取一个什么样的方式管理宗教，取决于对当地宗教文化生态状况的认识，取决于对国家宗教事务管理大政方针和法律法规的理解，取决于自身工作标准的定位。但最关键的，还是建立于以上三者基础之上的思想观念。客观事物是发展变化的，也需要思想观念跟上不断变化的客观事物，与时俱进、与世俱进。
吴忠这些年在宗教的管理观念上经历了从排斥到尊重，从监督到保护，从限制到引导，从指挥到服务这样一个转变过程。一是过去他们更多看到宗教消极的一面，把宗教列入另册，把信教群众看成落后分子，在管理者的心理上有一种天然排斥的态度。通过人本化管理的推行，让大家更多地看到宗教作为一种普遍而持久的文化现象，是有其积极的方面，它对社会的功能是多重的，有政治的、心理的、道德的、文化的、社会福利的，其重心是起稳定社会精神的作用。“扩大来说，宗教不仅仅有核心教义信仰，它还形成内涵丰富的文化体系，如哲学、道德、文艺、政治、经济、民俗等等，与社会生活紧密联系在一起，这种联系并不因社会主义制度的建立而中断。宗教文化是人类文化的一部分，也可以成为社会主义社会的一部分，包含着许多有益的成分，表现人们的智慧和品性，应该加以重视”。这样就对宗教文化给予了尊重，对宗教生活给予了尊重，对信教群众也给予了尊重。二是过去他们把管理看作是监督，统战、宗教部门的干部充当了消防队员的作用，整天忙于涉及宗教问题的突发性事件，往往头痛医头、脚痛医脚，忙忙碌碌应接不暇，后来他们认识到信教群众也是人民群众的一部分，是建设社会主义事业的积极力量，他们的行为包括合法的宗教行为应该受到法律的保护，在思想上自觉树立了宗教财产不可侵犯，宗教活动不得干扰，合法的宗教和教派要保持其相对稳定的观念。三是过去把宗教看作是一种异己力量，要严加防范和控制，使其力量越小越好，信教人数越少越好，后来他们认识到宗教与社会主义，“从社会政治和文化的层面来说，两者之间有许多相容性，不仅可以并行不悖，而且在引导正确的条件下，两者可以互相渗透，形成良性互动关系”。四是过去他们在管理工作中，往往把管理者看作是指挥员，后来他们认识到宗教作为一种文化现象有其自身运动、变化的规律，宗教行为也是在教义教规引领下约定俗成的行为，宗教活动本身是信教群众集体表达的一种美好愿望，这就使得这种指挥和宗教自身运行的规律形成了“两张皮”的现象，于是自觉地从指挥转变到服务上来，通过服务体现管理者的宗旨意识，通过服务赢得群众的信赖，通过服务保障宗教生活的有序进行。
美国生态时代研究中心主任赫尔曼·格林在《生态时代与共同体》一文中认为，我们进入了一个包含数百万年的新时间维度（就像新生代有650万年持续期一样）。生态时代的概念要我们进入地球史上人类的经历之中，这之所以必要是因为地球的发展需要一个较长的时期，而且假如我们要生存下去，就必须在为我们提供了生存机制的地理和生态时间尺度上认识自己。生态时代的见解在于，我们可以逐渐理解自己和我们活动方式的机制，以便使我们的活动更加有益于以时间为基础的地球活动。这是一种思维方式，表明人类在发展中变成了真正具有自我意识。走向生态时代需要各种生活方式的人们的参与意识。共同体需要在支撑个人的每一个社会阶层基础上产生，这些个人希望更充分地分享共同体的允诺，正在出现的走向未来的方向。一些共同体是自然共同体，例如教育和信仰团体，他们直接要求把对生态时代的希望意识带到生活之中并且走向这个方向。但是，在这些共同体和所有其他社会阶层，不管是法律还是建筑学、医务、政府、经济、娱乐业还是农业，都需要培养其成员走向生态时代的国际性共同体。我们的政府在对待宗教文化上，应该具有这样的眼光。
从现实看，和谐社会的建设需要宗教这种文化资源。作为政府，应该看到和谐社会的建设，不仅是一项社会工程，也是一项文化工程。通过弘扬中华人文精神，活化民众的人文性灵，消除社会转型过程中因价值冲突而导致的人与世界的分裂，使人的灵魂诗意地栖居，对社会主义和谐社会的建设具有十分重要的意义。中华宗教文化是中华文化的组成部分，尤其以“和谐”为生命之本的生命哲学，以“和达”为在世之道的社会哲学，以“和中”为文明之度的生活哲学，以“和善”为人际之理的道德哲学，以“和生”为人物之法的生态哲学，不仅形成了其丰满而鲜活的“和美”哲学体系，极大地丰富了中华“和”文化的内涵，成为华夏善男信女和日常百姓自我超越、安身立命、和谐生活的灵性关怀与实践智慧，而且也成为化解当代社会人的灵魂与肉体的分裂、人与社会的分裂、人与文明的分裂、人与人的分裂、人与自然的分裂，建设社会主义和谐社会重要的文化资源。