（1）后发酵加温要注意安全。后发酵加温方式如采用煤炉时，要等炉子无烟后，才能移进菇房；密闭程度高的菇房要适当开窗通风。加温时注意防火、防中毒，确保安全。
（2）随时注意调整好培养料适宜的含水量。后发酵料的湿度，主要应在室外前发酵阶段控制好，使培养料的含水量适宜。后发酵加温方式不同，培养料的含水量也要相应地增减。利用干热加温，培养料宜掌握偏湿料进房为宜，料的含水量为70%～72％；利用湿热加温，料内的含水量以62％～65％为宜。
（3）堆制好适熟的培养料。在后发酵中必须有效地利用发酵产生的生物热能。因此，要注意前发酵培养料堆制的时间不可过长，一般以10～12天为宜，否则培养料过于腐熟，在进行后发酵时，生物热能便不会太高，以致使培养料失去了自热能力。培养料升温仅能够依靠外力热源，从而失去了后发酵的意义。
（4）调节后发酵的通风与温度的关系。通风与温度有密切的关系，若后发酵期通风不良，将使培养料中二氧化碳浓度升高，造成厌氧发酵。反之，过分通风而忽视温度因素，则可能使残留的病原菌及虫卵复活。所以，后发酵的控温阶段，应注意适量通风。
（5）培养料趁热进床。前发酵结束，进床架时，速度要快，以减少热量的散失，最好在中温阶段突击抢进。
（6）二次发酵在20天左右。后发酵5天左右，加上前发酵的12天左右，通常不超过一次发酵的时间。