搞好菇房的严格消毒工作是姬松茸持续高产、稳产的保证。菇房消毒分2次进行，第一次在进料前，第二次在进料后。具体做法如下：
（1）进料前的菇房消毒。无论是新菇房还是老菇房都要做好清洁消毒工作。老菇房在收菇结束后及时打开菇房的全部通风窗口，日夜通风，并立即把废料撤出，运至远离菇房堆料场地的地方。室内屋面、墙壁、床架要用石灰水或波尔多液冲洗、刷净，撒上石灰。
在进料前10天左右，菇房自上而下，自内而外喷洒0.5％敌敌畏药液，再以100米2用敌敌畏1000克，硫磺2500克密闭门窗熏蒸24小时，然后打开门窗通风24小时，排除毒气，即可进料。
（2）进料后的菇房消毒。后发酵的菇房可利用发酵本身的高温杀虫灭菌，进料后不必再进行消毒。若采用一次发酵的方法，进料后可喷洒3％～5％的苯酚或2％的来苏儿溶液进行空间消毒。