二次发酵的过程二次发酵可分为两个过程，即前发酵和后发酵。
（1）前发酵。与一次发酵相似，也分为预湿、建堆、翻堆等工序，只是时间上缩短到12～14天。
（2）后发酵。包括巴氏消毒和控温培养两个阶段。
第一，巴氏消毒。是将经过前发酵的培养料搬入菇房，用外热源加温，使菇房内培养料温度尽快上升至58℃～62℃，维持6～8小时，称巴氏消毒。其作用有三个方面：一是高温下使大部分的病原菌及各种害虫的卵、幼虫及成虫受热死亡，从而有效地减少栽培过程中病虫害的发生。二是在高温条件下，促使嗜热性微生物大量繁殖，分泌水解酶类，使培养料分解得更好。三是在高温条件和酶的作用下，前发酵阶段未完全分解的粪草能继续分解，形成腐殖质，供姬松茸菌丝吸收利用。
巴氏消毒首先是将前发酵的料，选择晴天，关闭菇房所有的门窗和通风窗口。堆料集中堆放在菇房中床架的中间层（除上层和底层外）。进料结束后，打扫干净，密闭门窗，立即进行加热。
加热方式常用烧煤的方法，增加室内温度，以温度达到60℃为准，维持6～8小时。加热也可利用湿热加温法，即直接将蒸汽通入菇房中加温，如果用此法加温，料中的湿度会增加一些。因此，前发酵的料，要稍偏干一些进房。
第二，控温培养。是指在巴氏消毒后，菇房适当通风，降温至48℃～52℃，保持4～7天的过程。其主要作用有：一是经过通风降温，培养料内氧的供应状况得到改善，为嗜热微生物群繁殖提供了最佳的生活条件，嗜热微生物能利用堆肥发酵中残留的氨转化为氮源，同时对基质进行分解，产生聚糖类物质、B族维生素及氨基酸等。二是继续将前发酵中残留下来的病原菌和虫卵杀死。后发酵结束后，将上层背风窗口打开，让顶层先降温、降湿，经过一段时间后再开启中、下部窗口，最后将全部窗户及拔风管打开。降温后，即可将培养料均匀分床，同时翻料，通过料的翻动，排除有害气体。