料瓶或料袋接种后，送入培养室培养。起初最好竖立放置，菌丝定植萌发后，改为横卧放置。而菌种培养的要点为：
（1）培养室要求洁净。培养室使用前应打扫洗刷，消毒；培养期间每10天左右须用来苏儿等药品消毒1次或用活动紫外线灯进行空气消毒。培养架及地面须常擦抹拖洗。
（2）灵活调整温度。在菌种萌发时，菌瓶或菌袋温度可控制为24℃～28℃，菌种覆面后袋内品温比室温高2℃～3℃，可将培养温度降低3℃～5℃，使菌丝生长粗壮。随着菌丝的生长，代谢旺盛，发热量增加，一般每隔5天降低1℃。冬季注意加热保温，夏季应注意散热降温，如瓶袋散开排放，利用排风扇排除热空气，安装空调降温等。
（3）保持适宜湿度。培养室空气相对湿度应保持在70％以下，夏季空气湿度高时，可采用电炉加热驱湿，地面撒石灰等方法降低湿度。如气候长期干燥，应注意喷雾保湿。
（4）注意通风换气。培养室内放置种袋量大，菌种瓶多，或火炉加热，使室内氧气减少，二氧化碳增多，应经常通风换气，保持空气新鲜。
（5）保持室内暗光。光线对菌丝生长有抑制和加速老化、形成菌被的作用。因此，培养室应保持暗光，特别不能有直射光线。
（6）经常检查菌种生长情况。开始培养时应每天检查，菌丝封面后每7天检查1次，如有污染及时挑出。当菌丝发满袋（瓶）后5～10天，菌丝生活力旺盛，应及时使用。若不能及时使用，应放在低温暗光下保存。菌种严重老化的，不能用于生产。