（1）火焰灭菌法。适用于能耐受高温而不被破坏的器物，如金属用具等直接放在火焰上灼烧，使附着在物体表面上的微生物死亡，这种做法称为火焰灭菌。将接种环、接种针、铲、耙等移植工具直接在酒精火焰上灼烧，可彻底灭菌。试管口和菌种瓶口通过几次火焰，可杀死一切微生物。
（2）干热灭菌法。利用干热空气（160℃～170℃），维持1～2小时，高温使微生物细胞的蛋白质变性，从而达到灭菌的目的。
干热灭菌法常用干燥箱进行灭菌，如常把洗净、晾干需灭菌的吸管、培养皿、试管、空三角瓶等玻璃器皿及液体石蜡等放入干燥箱中进行灭菌。
（3）常压湿热蒸汽灭菌法。在常温常压下利用蒸汽进行灭菌，是目前国内在食用菌生产中普遍使用的方法。特别适用于大批量塑料袋制种或熟料栽培袋的灭菌。这种湿热灭菌比干热灭菌适用的范围广。蒸汽具有很强的穿透力，而且在与待灭菌物体接触凝结成水的过程中，蒸汽变水放出热能；热不断地传导至培养基的深处，逐渐达到灭菌物体内外热平衡，在达到100℃时维持一定时间，就能达到彻底灭菌的目的。
（4）高压蒸汽灭菌法。是利用高温高压蒸汽进行灭菌，它是一种最有效的，使用最广泛的灭菌方法。
高压灭菌的原理是：将待灭菌体物体置于有水的高压锅内，密闭加热，水沸腾产生蒸汽，待排除冷空气后，使锅内充满饱和水蒸气，饱和蒸汽压力和温度随之上升，并保持一定的值。根据蒸汽的温度随压力的增加而提高，即饱和蒸汽压力越大，温度越高的原理进行加压蒸汽灭菌。在灭菌中饱和水蒸气遇物体骤冷，释放出一定的潜热，蒸汽不断补充热能不断地穿透被灭菌物体的深处，使被灭菌物体受热、受潮，在高温高湿的作用下使微生物细胞蛋白质变性，丧失活力，而达到灭菌的目的。