接完种的菌瓶，放置在架层上站立发菌，发菌期间不需要光照，或只给提供较弱的散射光即可。在一二月份接种的应将培养室温保持在15℃～18℃，利用暖气、烧火墙、太阳能装置等给培养室供暖，以后根据自然温度的回升情况，如果达到15℃，可以停止供暖。
在三四月份接种的，由于此时环境温度回升快，而且春季又不出菇，因此不必特意为培养室供暖，让菌瓶在自然温度下慢慢发菌。在发菌初期，应对菌瓶进行一次挑选，凡有杂菌污染的，应及时挑出。轻度污染的，可挑出来放在阴凉、干燥的环境下单独培养。污染严重的，应在远离栽培场所的地方挖坑深埋。
当菌丝发满瓶后，如果计划在春季出菇，菇房内就应及时给散射光，并通过12时至14时打开窗户来提高室温，有条件的可继发菌之后继续给菇房供暖，使菇房温度保持在23℃左右。在简易菇房内发菌的，可通过减少房顶覆盖物，利用塑料薄膜来增加菇房内温度，但要防止直射光，可在房顶覆盖一层编织稀疏的草帘。通过这些措施，促进瓶内菌丝体达到生理成熟，由营养生长向生殖生长转变。当菌瓶瓶壁菌丝由白转向淡黄、瓶口表面菌丝变为橘黄色时，即可进行出菇管理。
计划在秋季出菇的菌瓶，在发菌后期温度也不宜提高，维持在15℃～18℃为宜；越夏期间，温度不超过26℃。依靠自然温度发菌的菌瓶，随着夏季温度的不断上升和适宜的散射光照，表面菌丝也逐渐转变成淡黄色，瓶口处表面菌丝也逐渐变成黄褐色。