滑菇生活史极其复杂，在培养菌种过程中，应当注意培养条件。制种时，应控制适宜温度条件，使菌种在培养过程中尽量避免出现分生孢子和单核菌丝，形成双核菌丝，产生正常的子实体。在扩接转管过程中，母种试管壁或菌丝生长的前端，常常出现薄薄一层灰白色网状物或粉状物，这大多由单核菌丝或分生孢子所组成，在接种时应去掉这—部分，选择菌丝洁白、浓密、生长健壮的试管扩接。扩接后，培养温度应控制在15℃～20℃，以免温度过高，单核菌丝及分生孢子萌发生长超过双核菌丝，一般不易超过22℃。滑菇原种及栽培种接种时将瓶口表面及瓶口壁上的菌丝挖掉，接种后在培养室内黑暗15℃～20℃左右培养。
菌种接种后7～10天进行第一次检查杂菌污染情况，将污染菌种瓶袋进行处理，将污染严重的菌种集中在一起深埋或烧毁。一般在菌种培养期间需检查杂菌污染情况2～3次。