受了腐刑，对司马迁来说，是难以忍受的侮辱，是精神和肉体上的极大摧残。对于注重名节和声誉的士大夫，遭受这种污辱，比死还要痛苦。
司马迁经过生死选择，甚至含羞忍辱，接受了武帝的任命，担任中书令，像一个宦官一样出入武帝内宫，做秘书工作。这都是为了完成《太史公书》一书的写作啊！
要完成他视为比生命和尊严还重要的史书，司马迁离不开兰台秘室的那些“金匮石室”之书——也就是皇室图书馆的资料。
在生死抉择的关头，司马迁表现出了惊人的勇气和毅力。他的勇气和毅力来自于他那不同于一般人的生死观：他仰慕那种有作为、有骨气的汉子，而瞧不起那种浑浑噩噩、庸碌无为的人物。这种生命的价值观，在他写作的历史篇章里得到了充分的表达。
《陈涉世家》中说：“现在逃亡会被处死。揭竿起义大不了也是死。反正是一死，为国家而死，难道不可以吗？”
《廉颇蔺相如列传》中也说：“当蔺相如拿着和氏璧斜眼看着柱子，准备用自己的头颅与和氏璧一并在柱子上撞得粉碎时，他的决心和勇气，吓退了秦王的满朝文臣武将。那种情势，也不过是拼了老命罢了，但一般的人哪个敢那样做？蔺相如奋发的勇气，威镇堂堂的秦国。后来他在廉颜面前却表现出一再退让，真是名节重于泰山。他是一个智勇兼备的人。”
《伍子胥列传》里也写道：“要是伍子胥（不逃跑）跟从他的父亲一起死了，与死掉一只蚂蚁有什么区别呢？他选择放弃小义。终于报了深仇大恨，千古垂名。如果不是刚烈的大丈夫，他怎么能做到呢？”
司马迁经历了沉痛的人生际遇，他笔下的文字有了温度和性情，与以往硬冷的历史记载不一样，他写历史人物，善于讲故事、抓细节、写对话，一个个历史人物的形象在他的笔下呼之欲出，生动感人。
他创造性地在每篇传记后面设立“太史公曰”的体例，用于发表自己对传主的评价或对历史事件的感想。《太史公书》是一部饱含作者感情、富有艺术感染力的书，具有极强的文学性。能将历史的真实与文学的技巧熔为一炉，表现了司马迁杰出的才华。两千多年以后，鲁迅先生充分肯定了这一点，称赞这部书为“史家之绝唱，无韵之离骚”。
那个徒步去看龙门的少年，那个万里壮游考察历史遗迹的青年学子，那个出使西南的大汉使者，那个经历牢狱困苦而不改心志的太史令，那个忍受腐刑而坚守事业的勇士，以自己非凡的才华和奇特的经历，用生命和心灵解读过往几千年的历史，已经成为一名卓越的历史学家和文学家。
《太史公书》不仅拥有惊人的丰富具体的材料，拥有气势如虹、动人心弦的感染力，而且表现出作者卓越的见识和深刻的评价鉴别能力，也就是说，表现了作者超越时代的进步历史观。
司马迁写这部书的用意是“述往事，思来者”，“究天人之际，通古今之变，成一家之言”。他重视连贯地、整体地研究问题，努力寻找、发现并探讨历史发展变化的规律。
在民族问题的研究领域，司马迁不仅讲汉族，也讲其他兄弟民族；不仅讲中国，也讲外国；把中国境内的各民族视为一个密切联系的整体，也把中国和其他国家视为一个紧密联系的整体。
这把人们对许多问题的看法提升到一个新的高度，极大地开阔了视野。他的眼光越过历史的迷雾，确定了华夏各民族的源头。《夏本纪》中说，大禹，是黄帝的玄孙，也就是颛顼的孙子；《殷本纪》中说，殷契是成汤的祖先，而殷契又是帝喾的次妃所生，因而商朝也是黄帝的后代；《周本纪》中说，周文王的祖先叫后稷（ji），而后稷是帝喾的元妃所生，因而周朝也是黄帝的后代；《秦本纪》中说，秦人的祖先，是颛顼的后代；《楚世家》也说，楚人的祖先，源于颛顼高阳；《越世家》中说，越王勾践的祖先，是大禹的后代；《匈奴列传》中说，匈奴人的祖先原是夏后氏的后代，叫做淳维，到商朝时期迁居北边。有人说司马迁很可笑，在他看来似乎凡是称帝为王的世家都可以上溯至黄帝。实际上，这些叙述表达出来是一种四海为一家，各民族平等的进步历史观。
司马迁重视经济，重视分析经济对社会问题的决定作用。《平淮书》、《货殖列传》专门探讨经济问题，强调发展经济是人民生活安定、国家发达的基本条件。他一反儒家“君子不言利”那种迂腐欺人的基调，肯定追求物质利益、追求财富是人的本性，指出物质财富的占有状况决定着人的思想，认为“人富而仁义附焉”。他不赞成秦朝以来统治者推行的“重本（农业）抑末（工商业）”的政策，主张农、工、商并重。他肯定越王勾践采纳计然的商业理论而富国的做法；肯定范蠡功成退隐去经商致富的选择；肯定商鞅变法实施的经济政策；用历史事实证明发展工商业对社会经济的积极作用。
司马迁惨遭腐刑，肉体受到摧残，精神遭到凌辱，称自己是“刑余之人”，意思是受过刑而苟且活下来的“多余人”。但是，他执著地从事历史研究和写作，他的思想和精神更加强健，他的心志更加坚定……