风飘万点正愁人
1949年元月，在连天的炮火下蒋介石仓皇辞庙，与首都相去不远的杭州却暂时处在平静的浪谷，谋职于浙江大学哲学系的牟宗三无心留恋这山外青山楼外楼，他和哲学系系主任谢幼伟一起南下广州。牟宗三的老师熊十力在去年秋天就已离开浙江大学，应任教于中山大学的弟子黄艮庸之邀，闲居在广州郊外番禺的黄氏“观海楼”里避世。牟宗三从1932年23岁开始一直追随熊十力，其间少说有七、八年陪侍于熊十力的左右，师生感情弥笃，他来广州后自然要投奔到老师那里。
在黄氏“观海楼”中，他们师生相聚一堂把酒言欢。短暂的相聚没能冲刷去时代巨变带来的恐慌，师生之间自然要日夜讨论到底何去何从。熊氏不想在老迈之年流浪，很想回北大或老家湖北的武汉大学专心治学。执拗的牟宗三却抱定要远走高飞，和同门徐复观、唐君毅一样，不再听从老师的苦口婆心。任凭老师怎么恩威并施，牟宗三都铁了心的要走。
同门黄艮庸问牟宗三，离开大陆中准备去哪里？牟宗三说要去台湾。黄说此一去怕是永无返回之期了。牟宗三沉痛地回答：“未必然，且得返与不得返，非我所注意。从此以后，浪迹天涯，皆无不可。反正地球是圆的，只有前进，决无后退之理。只要有自由生活空间，我就有立足之地。我的生命依据不在现实，现实已一无所有了。试看国在哪里？家在哪里？我所依据的是华族的文化生命，孔孟的文化理想！”
作为一名比较边缘化的学者，牟宗三一直以来跟政治是绝缘的，他恪守儒家文化为自己的立场。凡是尊重孔子、肯定孔子的，他都可以合作相与为善；凡是贬抑孔子侮蔑孔子的，他必反击之。
牟宗三向来不太认同马克思主义，早在1931年左右，一般知识分子都为马克思主义所吸引，正在北大上学的牟宗三却对不感兴趣，“当时我对于这一切自不能全透，但只觉得他们所说总有点不对。”他把马列唯物主义意识形态视为中国文化的敌人，所以坚决地站在民族文化生命的立场上反对。
对于国民党政府，牟宗三有太多的不满。他眼里的国民党革命本质，其外在的政治使命是推翻满清，内在的文化使命应该是承继顾炎武、王夫之、黄宗羲的理想往前进，开一个内圣外王的大格局。令牟宗三感到痛惜地是国民党始终不能也不肯接上去，从孙中山以来竟然一直若隐若显的要和洪秀全拉关系，偏离了中华文化之精神。牟宗三说国民党是“八字”驳杂，其唯物论、阶级观点都是从共产党那里学来的，不是自己的东西，贴不到身上去，后来虽力图摆脱，但又缺乏另外的健康精神，于是便成了虚脱，所以国民党建不了国，开不了太平。不过牟宗三看在孔子份上，对国民党仍是盼望其有为，乐观其有成，愿作善意之督责，而不取“讦以为直”的批评，并自诩是“不看僧面看佛面”。
在这年春夏之交，牟宗三只身渡海远走台湾。“这邪恶的时代，实须要有‘大的情感’与‘大的理解’。‘大的情感’恢弘开拓吾人之生命，展露价值之源与生命之源。‘大的理解’则疏导问题之何所是与其解答之道路。由此而来者，则将为‘大的行动’。”因为遭遇历史的巨变，牟宗三的治学方向由原来的西方哲学，转向内圣之学以解决外王问题，努力将“大的情感”与“大的理解”融合贯通，将儒学视为安身立命的价值泉源。
初莅台湾生计上毫无着落的牟宗三，却于困苦中写成《儒家学术的发展及其使命》，发表在9月《民主评论》第一卷6期上，重提“儒家第三期发展”的问题。此文延续了他在1948年《重振鹅湖书院缘起》一文所说：“自孔、孟、荀至董仲舒，为儒学第一期，宋明儒为第二期，今则进入第三期。儒家第三期文化使命，应为‘三统并建’，即重开生命的学问以光大道统，完成民主政体建国以继续政统，开出科学知识以建立学统。”
当时像牟宗三这些亡命他乡之士的处境凄凉，好友唐君毅沉痛地披露：“现在在台湾与海外的知识分子，其出逃，事先既非出于政府之计划，多皆只身离家，仓皇奔走。至今，或者父母妻子，皆在大陆……或者平生师友，族人亲戚，噩耗频传。而流亡之际，日常生活，多复在朝不保夕之际。”
家亡国破此身留，留滞孤岛又过秋。刚到台湾的牟宗三两眼一抹黑的四顾苍茫，除了生活上是艰苦的，在精神上也是凄苦的，他的妻子和两个孩子还丢在山东栖霞老家，长子伯璇15岁，次子伯璇才11岁，“吾一身飘流海外，家破、国亡，一切崩解。社会的、礼俗的、精神的、物质的，一切崩解。吾之生命亦因‘离其自己’而破裂。”好在这时徐复观创办了《民主评论》杂志，在台湾设立了分社，牟宗三暂时可以托身于此，有时也寄居在徐复观家中。
此时牟宗三就像抗战时期一样颠沛流离。抗战时间他先是流落到广西南宁教书，然后四处漂泊，昆明一年，重庆一年，大理二年，北碚一年，此五年间为牟宗三最困阨之时。牟宗三在昆明，日处斗室之中，在上顿不接下顿的境况下创作《逻辑典范》一书，闲暇时他依然能气闲心定地散步于公园之中。有一天他遇到一个熟人，看到牟宗三如此洒脱，就不解地问他：“你没有职业，状况还颇为自得，是不是有别的办法？”牟宗三懒得跟他罗嗦，就佯称是的。其实牟宗三那时是毫无办法，唯一的依靠就是张之洞的曾孙张遵骝的资助。
张遵骝当时没有很多钱，同样是寄人篱下的逃难，但其人很讲义气，竭尽全能地帮助这位很有才华的朋友。张遵骝解衣以衣之，牟宗三坦然衣之；推食以食之，牟宗三坦然食之。牟宗三洒脱地接受而没有愧疚之色，反正他觉得生在这个世上就有生存的权利，并以李白的“天生我才必有用”来宽慰自己。其实此刻牟宗三内心何尝不是愁苦的，堂堂七尺男儿在这世上却无立足之地，这是何等的窝囊！
1941年牟宗三的70岁老父卧病在床，被日本侵略者推置门外通宵达旦，最后含恨而殁。而牟宗三此时却流落在大理，未得尽人子丝毫之职。空间上的远隔，造成时间上的永别。国仇家恨，牟宗三痛楚凄惶。牟宗三禁不住向唐君毅发出疑问：“我们是不是落到王船山、朱舜水的处境？”抗战没让他们达到那个底线，没想到时隔多年后的今天却真沦落到王船山、朱舜水的处境。
抗战后期熊十力受马一浮的邀请在乐山复性书院讲学，熊十力向马一浮推荐牟宗三，被拒以并无余款。熊十力写信给汤用彤直言：“宗三出自北大，北大自有哲系以来，唯此一人为可造，汝何得无一言，不留之于母校，而让其飘流失所乎？”汤用彤回答说胡适那通不过。胡适这时远在美国担任大使，但西南联大的校事他犹能遥控，校中人都比较慑服于胡适的威望。
胡适是熟悉牟宗三的，1931年春季胡适重返北大开了一门《中国中古思想史》，牟宗三其时是哲学系二年级的学生，选修了这门课。胡适在日记中记录了七十五个选修生的成绩，牟宗三的分数是80分，但胡先生在分数后面加上了一条注语说：“颇能想过一番，但甚迂。”
胡适能特别注意到牟宗三“颇能想过一番”，毕竟还算别具慧眼。牟宗三的思力曲折幽深，在大学时便已开始发用了，有次他写好《清胡熙的生成治学之易学》给胡适看，胡适很客气的说：“你读书很勤，但你的方法有危险，我看易经中没有你讲的那些道理。”牟宗三理直气壮地答以：“我讲易经是当作中国的一种形而上学看，尤其顺胡熙的讲法讲，那不能不是一种自然哲学。”胡适说：“噢，你是讲形而上学的！你恭维我们那位贵本家，很了不起，你可出一本专册。”两人话不投机不欢而散。可能这位天才横溢的乡下青年由于不通世故地说了不客气的话，得罪了学术界如日中天的巨擘，恐怕初出茅庐的牟宗三自己当时还没意识到。
牟宗三那时还没有遇见熊十力，但可以看出他对中国思想传统的根本态度已与五四以来的潮流格格不入，这大概是胡适说他“迂”这一字的根据。牟宗三从不作回北大想，因为他根本厌恶北大的学风与士习。牟宗三后来和熊十力一见深相投契，实由他特具才性的禀赋所促成，这一切决不是偶然的。
生我者父母，教我者熊师
熊十力是牟宗三一生相契最深的导师，对牟宗三的生命与学问影响至大至深。牟宗三与唐君毅、徐复观同为熊十力的三大弟子，但要数牟宗三跟随熊十力的时间最久，受教最多。对于熊十力，牟宗三的感念之情经常是呼之欲出。牟宗三曾说过一句凿凿的肺腑之言：“生我者父母，教我者熊师，知我者君毅兄也。”以生身父母相比，足见对熊十力感念之真情。
牟宗三出生于山东栖霞一个耕读世家，父亲虽是一个地地道道农民，但受到典型的儒家文化熏陶，闲暇常诵读曾文正公家书之类，中国文化中的那些义理教训在其父身上是生了根的。一个默默无闻的乡村农夫以“义理教训之存在的见证者”的身份，在牟宗三内心确立起养志立身、治学为人的道德准则和人格风范，使牟宗三慢慢升腾起对儒家文化的尊崇。
牟宗三在北大哲学系读书期间，曾因年轻生命的膨胀掀起了思想观念的泛滥和浪漫，那时“科玄论战”中吴稚晖的一篇文章深深打动了他，使他感到浩瀚生命和纵横才气没有回环曲折地直接向外膨胀，只是一个大气滔滔在那里翻腾。从此以后他的思想文字都受到吴稚晖影响，粗野放荡得几乎不可收拾。
然而假期回家时父亲对此却大为震怒，责问其何以如此。牟宗三回答说外面风气即是如此！父亲严辞教训道：择其善者而从之，不善者而改之，即使风气如此，你也不可如此！
父亲的一番顿吓使牟宗三当下惊醒，他心思忽然间觉得凝聚，受吴稚晖影响所形成的“浩瀚和纵横”如同一匹“奔驰的野马”的情绪却被父亲“赤手”搏住，牟宗三即刻从漆黑一团的混沌中超拔出来。父亲的教训起了力挽狂澜的作用，其对于儒学传统“义理教训”的秉承深深地影响了牟宗三。
事实上，真正使牟宗三回到儒家传统文化的并不是他的父亲，而是乃师熊十力。牟宗三的父亲只是使牟宗三避免了年轻人的“轻狂”与“无根”，而熊十力却使得牟宗三真正确立了文化生命与根基。大学时的牟宗三先是浸淫于逻辑学和西方哲学，对中国哲学多持批评和不屑之态度，不过他在大三时遇到了熊十力，命运的轨迹从此发生了偏移。1932年冬季，23岁的牟宗三正在北大读三年级。有天哲学系任教的邓高镜向他推荐了熊十力的《新唯识论》一书，他拿回去一个晚上就读完了，虽然说读得磕磕绊绊的不是很懂，但感觉文中有一股清新俊逸之气，文章的义理美极了。让牟宗三感到特别的是这本书署名为“黄岗熊十力造”，“造”字只有佛教里菩萨用的，这样特别的署名让牟宗三对作者产生了兴趣。
牟宗三向邓高镜打听熊十力的情况，邓高镜告诉他若想见这位先生，明天可以到中央公园今雨轩吃茶。第二天牟宗三按约赴会，发现除了邓高镜外，尚有林宰平、汤用彤、李证刚诸位北大哲学系的老师。不一会一位胡须飘飘的先生在瑟瑟寒风中走了进来，他头戴瓜皮帽，面带病容，好像一位走方郎中。牟宗三心想这便是那“黄岗熊十力造”的熊十力？！
这帮先生在那里闲谈，牟宗三在旁边吃瓜子，也不甚注意他们谈些什么。性格孤傲的牟宗三向来就是眼光颇高，没几个人能入他法眼。忽然听见熊十力用力把桌子一拍，正颜厉色地大吼道：“当今之世，讲晚周诸子，只有我熊某能讲，其余都是混扯。”
在座诸位先生只是附和地喝喝一笑，牟宗三当时却耳目为之一振，心想到这位先生果然气度不凡，直恁的不客气，凶猛得很！牟宗三便多看这位先生几眼，但见他瞪起的目光清澈而锐利，前额饱满，颧骨端正，笑声响震屋宇，直从丹田发出。
当时牟宗三所处的校内校外，学生们个个自命不凡，实则碌碌昏沉无所知；一般名流教授曲学阿世，笑面相迎地恭维青年。熊十力凸现出鲜明的颜色，反照出一些所谓名流教授皆是卑陋庸俗。牟宗三在这里始见了一个真人，只觉得熊十力身上有股清气、奇气、秀气、逸气，能爽朗坦白地直对着那纷纷攘攘，挑破卑陋尘凡。
没想到这次见面竟引发了牟宗三思想的巨变，自此以后他经常拜访熊十力，向他请教儒家义理之学，治学亦由逻辑学和西方哲学渐而转向中国哲学。之后牟宗三从23岁到41岁一直追随熊十力，其中至少有七、八年亲炙于熊十力左右，因此无论为学还是为人熊十力都对牟宗三产生了巨大感染。牟宗三自称：“我之得遇熊先生，是我生命中一件大事。”
“你不要以为自己懂得了，实则差得远，说到懂，谈何容易！”熊十力一次次给年少轻狂的牟宗三当头棒喝，熊氏狮子吼对牟宗三犹如醍醐灌顶，使他的眼睛心里在浮泛向外追逐中回光返照，让他反省出平日里那些只是浮薄杂乱的一知半解，全说不上是学问，这时牟宗三开始嗅到了学问与生命的意味。
有一次冯友兰访问熊十力，那时冯氏《中国哲学史》已出版。两人谈这谈那，熊十力随时指点说：“这当然是你所不赞同的。”最后他又高声喝道，“你说良知是个假定。这怎么可以说是假定。良知是真真实实的，而且是个呈现，这须要直下自觉，直下肯定。”这句话冯氏不以为然地不置可否，可对在旁边闲听的牟宗三不啻于一声振耳发聩的霹雳。良知是真实，是呈现！这在是牟宗三从前闻所未闻的，自明亡后三百年多年以来，滔滔者天下无人心思知有此。熊十力这“向上一机”的一声霹雳，把牟宗三的觉悟提升到宋明儒者的层次。之前他只是在昏沉的习气中翻滚，无法契悟到良知的存在，熊十力直复活了中国的学脉。
基于熊十力的影响，牟宗三虽对西方哲学研究颇深，年轻时也曾梦想过做一个“经济学研究者”，甚至还对文学和数学发生过浓厚兴趣，但最终坚定地选择了中国哲学。熊十力给牟宗三的生命与思想带来了一个大转变，使他从西方哲学复归于中国哲学，接续了儒学的慧命。
牟宗三一生里，前辈中只有熊十力这位老先生能了解他。牟宗三是个貌不惊人，言不雅重的年轻人，谁会来欣赏他呢？别人都觉得熊十力欣赏他是怪事，所以梁漱溟就觉得不可思议，有一次问熊十力：“宗三坐无坐相，站无站相，走路没有走路相，你到底欣赏他哪一点？”熊十力轻轻回答说：“宗三有神解。神解也者，目击道存，一语中的，其解悟特异超俗，能悟人之所不能悟，见人之所不能见。北大有此可造之才，而不能容之用之，岂不可惜可憾？世人无有熊老夫子之巨眼，又如何能知人论世？”
在牟宗三无依无靠的时候，是熊十力一次次帮助提携他。1948年2月熊十力应浙江大学文学院院长张其昀和哲学系系主任谢幼伟的邀请，赴浙江大学教授哲学，但熊十力坚持校方把学生牟宗三也聘请来，这样牟宗三离开江南大学去浙大追随老师左右。
影响牟宗三一生为学及思想最大的是熊十力，从熊十力的学术和人格里他才体会到生命和价值的意义。没有熊十力的启发，牟宗三可能一辈子治逻辑及认识论里打转，而不会折返儒家的道路。牟宗三不负师望，承接了熊氏的衣钵，在熊氏的所有后继者中，牟宗三绝不作第二人想，是真正的最具有原创精神力量的代表。
1968年80余生的熊十力遭遇文革大变，减食以求速死。仿佛是一种感应，身处海峡那一边的牟宗三，在文章里深情地写道：“我常瞻望北天，喃喃祝问：‘夫子得无恙乎？’他住在上海，究竟能不能安居乐业呢？今已八十多岁，究竟能不能还和当年那样自由讲学、自由思考呢？我们皆不得而知……”
熊十力逝世的消息传来后，沉痛万分的牟宗三于1968年7月在新亚书院举行“熊十力先生追悼会”，他敬献挽联曰：“天将以夫子为木铎，任乾坤扭转，率兽食人，常运悲心存大理；时适逢大易之明夷，痛南北隔离，冱阴锢世，无由侍教慰孤衷。”
1993年1月11日，在牟宗三生命最后一段时间里，躺在台大医院病床上犹向看护他的学生发出感怀，忆及他当年侍陪熊十力的情形说：“侍师亦不简单，既要有诚意，又不能太矜持。当年我服侍熊先生……那时没有一个人能服侍他，只有我……他脾气那么大，许多学生都怕他，唐(君毅)先生也不敢亲近他……其实，我并不聪明伶俐，也不会讨巧……”
牟宗三说到此哽咽不能言，久之又感慨云：“熊先生一辈子就想我一个人能传他的道，我的聪明智慧都不及他甚多，但他知道自己有见识而学力不及。我所知虽只一点点，但要到我这程度也不容易，其它的人更差多了。熊先生知道我可以为他传……”说到这牟宗三老泪纵横，掩面叹息，久而方止。
以文会友，以友辅仁
1950年的省立台湾师范学院(台湾师范大学前身)的讲坛上多了一位奇怪的老师，他身材矮小精瘦，满脸皱纹横布，宽袍大袖的布衣，土气得像个乡巴佬。这位怪人上课竟然从来不带课本，只是旁若无人地站在讲台上，用一口改良的胶东方言天马行空，从孔孟之道到宋明理学，清机徐引、娓娓道来。
这人一开口就让学生如沐春风，开头学生们亦步亦趋还可以跟上，但不一会儿他就开始纵放盘旋，渐转渐高，弥高弥细，学生往往愈跟愈落后，正想提神加紧，忽已戛然而止。他两三个小时马不停蹄地一路讲下来，显然是一个主题的完整表述。有心的学生把老师上课的讲辞整理出来，发现即成了一篇架构俨然、义理焕发的哲学论文。学生们纷纷惊呼这位其貌不扬的老师学问是如此的高深，于是这位老师大名在台湾师范学院里人人皆知。每次国文系的新生入学，老师和学长们介绍系里的教授，总会要说到——“怪杰，牟宗三老师”。
牟宗三在台湾师范学院教授一年级的理学，三年级的诸子学课，四年级的中国哲学史。他对青年学子的培养兢兢业业、不遗余力，认为师友是人伦关系之一伦，师友之关系是人格与人格相接之关系。因此彼此要处得亲切、相知，要常见面问学，如此方能敦品励学，陶铸人才。
1951年牟宗三有感于大学教育专业分割，专以知识为务，而于生命性情、精神志趣、观念方向、文化理想等反相隔阂而不相贯通。他发起了“人文讲习会”，本着开放独立之精神，采取师友聚会之方式，进行课外之人文讲座。
这个学术团体在学生中非常有号召力，不久发展成为“人文学社”。对于此会的讲学情形，牟宗三的弟子记述道：“聚会之人，无分校内校外，自由参加。凡有起趣者，皆敞开心怀，以礼相见。”该社旨在通过师生之间的国学、文化思想的讲习，相互切磋、共同讨论中国的前途和命运，探求中国文化乃至中国社会的出路。
1954年，牟宗三发觉人文学社成员在精神上浮泛，参社人员亦多杂而不纯，决定另行发起了“人文友会”。人文友会取自《论语》“以文会友，以友辅仁”之意。友会的聚会讲习，既不同于学校上课，也不同于公开演讲，而是借聚会以激发志趣，凝聚心志。由师友之间团聚，进而扩大友道精神；由友道精神扩大，接通文化血脉，担当历史文化的传承。
牟宗三这时已经从校园里的宿舍里搬了出去，住在台北罗斯福路的公馆里。这座砖砌的小屋坐落在山顶上，门前挂着的“东坡山庄”的小木牌。人文友会除了正规些活动，一般隔周一次在牟家的客厅举行。牟宗三独居生活不甚讲究，他家客厅中央有方很厚重的木制棋盘，平常他就在棋盘上加个小木板作为餐桌。学生基本是下午4点以后去拜访，聚会人数常在30人左右，多时可达40人以上，有时有的学生还会过来找老师蹭饭吃。
会上由牟宗三主讲中西哲学，主要在对比中突出中国哲学的特点和精义。人文友会有点类似于中国书院的氛围，课堂上学生对老师的尊重和讨论问题的氛围与学校完全不同，学生经常和牟宗三互动，有答疑，有讨论，有辩难，解经都是与现实生活结合起来，气氛很宽松自由，形式也灵活多样。讲论的内容由学生记录整理，刻成蜡版分发给各个会友，并辑成“人文讲习录”发表在香港的《人生》杂志上，所得稿酬留作聚会与印发讲录之资用。
在牟宗三的主持下，人文友会渐渐成为台湾师范学院学术磨砺和文化探讨的重要形式，人文友会的那种超拔流俗的精神，使青年人有人生的意义感，历史文化的使命感。国际汉学界和当代新儒家的代表人物杜维明那时还是中学生，也被吸引去参加人文友会。当时的许多参加者比如蔡仁厚、韦政通等，日后均成为了台湾哲学界的核心人物。
牟宗三对学生与晚辈总是平等相待，即使对于学生写就的不成熟的文章，他都会认真地一字字地看，并且能够记住其内容。在台大哲学系读书的刘述先曾拜访牟宗三，牟宗三听说他国文课有《孟子》，就试探问他孟子的思想纲领是什么？在台大给刘述先上《孟子》的是胡适派学者的毛子水，毛子水讲《孟子》只是逐字逐句，采用“科学方法”遇疑存疑，咬文嚼字地断章取义。刘述先当然无法回答牟宗三。牟宗三批评刘述先这样读《孟子》是不行的，孟子的思想无外乎“仁义内在，性由心显”八个字。
1955年夏，牟宗三的《历史哲学》出版，这时远在香港的唐君毅也完成了《中国文化之精神价值》，两人在选题和视角方面不谋而合。牟宗三把历史看成倚重精神实体的运动过程，而不尽的过程正是人皆有之的向善的道德之心。书中牟宗三解释历史上的天才，要有大气磅礴的生命力，要才情洒脱和风姿。刘秀太内敛，李世民太成套，朱元璋太阴狠……而惟有刘邦才够格。当牟宗三去台大讲授《历史哲学》，大谈刘邦是个“综合尽气”的英雄，底下师生茫然不知所云。
当时台湾风行的是胡适派学风，为求“客观”而怯于用心灵与故人进行交流，与牟宗三所主张的大相径庭。胡适是考据派，上接程朱学派的精神，再加上杜威的实验主义、西洋的语言学、校勘学、考古学、高级批判学等。牟宗三是义理派，上接陆王学派的精神，再加上罗素、怀海德的数理逻辑、康德哲学、黑格尔哲学等。由此可见牟宗三与胡适一派的学术分歧。
牟宗三由于秉承了中国文化的士气，亦由于他对天爵地苦苦追求，使得他性格孤傲得难以融入周围，在台湾师范学院的校园里独立特行。唐君毅说他“天梯石栈，独来独往，高视阔步，有狂者气象”，对看不上眼的人牟宗三从不知道含蓄。
有次在校园聚会上，一位行伍出身的人大谈自己读《大学》的心得，可能是他长期受到“党国”的奴化教育，一开口就不着边际的引用孙中山和蒋介石一些言论来附会。牟宗三一听火冒三丈，大声斥责那人道，做学问就要一心做学问，不要留恋过去的包袱，也不能将学问和政治混在一起，这是不尊重学问，学问一定不能做好，学问的纯洁性和客观性就这样被污染了。牟宗三说得虽字字是实，但太不给对方的面子，让那人非常难堪。如此的性格让牟宗三在学校里很容易惹是生非，树敌太多。
1956年台湾师范学院升格为台湾师范大学，在大学大发展之际，牟宗三却因为对“科学的学庸”得罪太多，学校不再发给他聘书。而牟宗三因为对某些庸碌之辈不满，早已经去意浓浓。
正好此时在台中的东海大学已经建好，在此校任中文系系主任正是熊门弟子徐复观，经过同门徐复观的推荐，1956年8月牟宗三转任该校任职。东海大学坐落在远离台中市区的大度山麓，作为一所教会承办的学校，东海大学待遇优厚，汇集了岛上各路优秀的学人，牟宗三又可以在相对宽松安静的环境里教书立说。任职以前牟宗三为人文友会做了一次告别讲话，持续两年的人文友会聚会宣告停止。人文友会结束，并不意味着牟宗三这种讲学方式的终止。
1957年夏初，台中农学院校长程兆熊邀请牟宗三举办一个类似人文友会的聚会，程兆熊意思是让牟宗三把中断的人文友会重新衔接起来。这次参会的除了新生外，以前的学生如蔡仁厚依然追随而来，担任讲课的笔录工作。1959年暑假，韦政通和几位同学还从外地赶了过来，住在牟宗三在东海大学的宿舍里。这些学生白天听牟宗三讲课，下午集体讨论，晚上就睡在地板上。韦政通回忆说，牟先生是个真性情，有时会把人骂得狗血喷头，谈得兴起则会开怀大笑，学生们对他敬而不畏。
而杜维明正由于牟宗三智慧德行的影响，使他在当时台湾重理轻文极其严重的气氛下，选择报考了牟宗三所在的东海大学。杜维明回忆跟牟宗三在东海大学学习哲学，大半的学习都是在课堂之外。当时杜维明经常到老师的家里，就他们师生两个人，有时中午去，有时晚上去，简单吃点东西，一谈就谈到深夜。比如读《史记》，牟宗三一句句断句、释意。牟宗三的教诲让杜维明一方面是让感觉到了学习的乐趣，另一方面确实感到儒学有意义与价值。在牟宗三的引导下，杜维明走上儒学研究的道路，并成为牟宗三之后当今世界推动新儒家运动最有力的学者之一。
1958年，牟宗三与移寓港台地区的新儒家学者张君劢、徐复观、唐君毅居危处困，“在四顾苍茫，一无凭借的心境情调之下”，抚今追昔，灵根自植。他们反思传统，检讨现实，消化西学，试图以创造性的理想与意志来谋求中国文化，尤其作为其核心的儒家思想的现代发展。四人联合署名发表的《为中国文化敬告世界人士宣言》，再次强调要发展儒家的“心性之学”，并“要使中国人不仅由其心性之学，以自觉其自我之为一‘道德实践的主体’，同时当求在政治上，能自觉为一‘政治的主体’，在自然界、知识界成为‘认识的主体’及‘实用技术的活动之主体’。”这也就是所谓的儒家当前使命主要是要从“内圣外王”之学中开出“外王事功”这一面的具体内容。
《宣言》的结论是：“近日中国之民主建国，乃中国历史文化至今之一大事业”；“中国文化中须接受西方或世界之文化”；西方文化亦有须要向东方学习者；“这个时候，人类同应一通古今之变，相信人性之心同理同的精神，来共同担负人类的艰难，苦难，缺点，同过失，然后才能开出人类的新路”。
宋明义理，魏晋人物
1958年农历4月25日，乃牟宗三50大寿的日子，人文友会的学生们纷纷向老师祝寿，《人生》杂志上编发了文化专号为牟宗三祝寿。这年秋天牟宗三与赵惠元女士结婚，重新获得了家庭生活的温暖，并于次年喜添一子，取名元一。
“五十而知天命”，活了大半辈子的牟宗三开始回顾自己前半生的生命历程，他不是想要树立什么供人瞻仰的高大形象，觉得自己也没有可供吹嘘的丰功伟绩，有的只不过是这么多年一个孤独的灵魂地奋斗和挣扎。
在《五十自述》里，牟宗三顺着心境和感触写下生活忆述，用悲情的笔调写出自己成长历程，从中让人清晰看到这个农家子弟怎么一路风尘仆仆地走过来。
牟宗三是生长在山东胶东半岛的栖霞，那是一个多山的小县，四季气候分明。丘长春当年说：“走遍天下，不如小小栖霞。大乱不乱，大俭不俭。”牟宗三出生于一个耕读传家的农民家庭，父亲起初经营一家骡马店，家到中落后主要靠土里刨食。
属于牟宗三的村庄处在环山的一块平原里，这里的农民在春耕、夏耘、秋收、冬藏的岁月里为了收成而奋斗，过的是质而无文的生活，然而却乐天知命不以为苦，苦中作乐地享有丰收后的欢乐与美好。对于牟宗三这个终日为求生存而劳苦度日的农家子弟而言，现实环境中的物质匮乏无碍于他，他以纯真朴实的心灵去体验世界的一切。
牟宗三在回忆家乡和童年时，以充满着浪漫诗意的笔触游走，流露着一阵阵亲切而温馨的感受，这样心态得自于其少年时期对农村生活的依恋与爱。正因为少年时代生活“无任何拘束，无任何礼法”，所以在“知天命”之年纪，牟宗三感叹到：“我现在想，我只有一段少年孩童的生活。”
但农民世世代代拥有的是凝重而悲苦的人生，只有脚踏实地谦卑而坚忍地以体力去换取物质生存。牟宗三作为农民的儿子，“我的情感生活是受伤的。我无家庭之温暖。我的家庭是一个苦寒的大家庭，兄弟姊妹多，父母为生活劳苦终日，无暇照拂子女，亦无暇给子女以情感上的培育。多在自然状态中拖过。”
从八年抗战到解放战争的战乱，大地到处有啼痕，怨毒流遍于人间，乡间的诚朴农民无辜遭殃。对父亲对于兄弟姐妹乃至子侄之命运的观察与预感，让牟宗三亲身感受着家庭骨肉之遭难与受苦，所识与不识的一切家庭骨肉之遭难与受苦。
《五十自述》呈现了在现实苦难中对自我与他人的生命观照，一方面恐怖于自我生命的虚无与痛苦，另一方面也哀怜人活在世界上不能免于命运的纠葛，身不由己地在人性的浩劫中挣扎，有其不可豁免的悲剧性。由此牟宗三契入儒家“德润身”的意义，为人生之悲剧找到出口。凡他所述皆由实感而来，以“证苦证悲”。他的悲苦与其说是因个人的心性所致，还不如说是一种时代的冲突。
牟宗三追求的是良知“在自家心身上作主观的、内在的、润泽的表现”，追求良知在自己生命上受用，即智仁勇“收回来安服自己”。其人也一如他的学思，给人以一种孤峭悲怅的感觉。余英时称牟宗三为“宋明义理，魏晋人物”，最典型的例子莫过于他和梁漱溟的恩恩怨怨。
1936年牟宗三大学毕业后南下广州在学海书院教书，后学校因故解散，熊十力看学生有失业之忧，推荐他到正在山东邹平办乡村建设的梁漱溟那，请梁出资供牟宗三继续深造。梁漱溟答应了，但要求必须答应三个条件，到邹平住些日子，须读人生治学，不是被政治利用。牟宗三一听就反感，感觉好像被几个条件“买断”一样。
熊十力劝牟宗三去一趟看下，牟宗三趁回老家之机去了趟邹平见梁漱溟。梁漱溟问牟宗三来参观后感觉如何？牟宗三直言说只此不够。梁漱溟听闻此言大怒道：“说什么不够！你只观表面事业，不足以知其底蕴。你不谦虚。”牟宗三好不示弱说：“如事业不足凭，则即无从判断。”两人几个回合针锋相对，牟宗三不辞而别，从此终生难以相互沟通。牟宗三曾给梁漱溟八个字评价：“契入有余，透脱不足。”
1946年时，牟宗三在南京办了份《历史与文化》杂志，这份杂志引起了梁漱溟的注意，来信要求订阅。牟宗三写信给梁漱溟，让他警惕左倾实力，秉公以谋国家民族的前途，并对梁漱溟“亲共”提出了规谏。梁漱溟觉得牟宗三所言极为荒谬，将来函加以批答寄回。牟宗三岂肯屈服，于是将梁的批答剪下来，重新寄还给他。牟宗三这孩子气般倔强的行为，给梁漱溟留下了深刻的影响。30年后一香港教授来访时说起牟宗三，梁漱溟依然重提当年往事：“他把我写给他的字，一片片剪下来寄还给我，脾气真大！”沉默片刻说，“没想到他今天以哲学家名于世矣。”
事实上，单说牟宗三平易与单说牟宗三孤傲都有所偏颇，牟宗三自己曾说：“普通都说我傲慢，实则这是不恰当的。我在谦虚或傲慢方面，实在是没有什么意识的。”牟宗三的一生规行矩步，有儒者风范，但与此同时又常表现出忧怨与孤愤，具有明显的狂者性格。所谓平易或孤傲都只不过是牟宗三“真人型范”的方面表现。这种以“真人”为底子、以儒者风范和狂者性格相结合的人格特征构成了牟宗三的人格风骨。
有人说就牟宗三的性格而言简直可以入《水浒传》，不过牟宗三的确写过一篇短文《水浒世界》研究《水浒》境界。在其中他说道：“酸腐气，学究气，市侩流氓气，皆不足以言《水浒》。”“洒脱一切，而游戏三昧，是《水浒》妩媚境界。没有生命洋溢，气力充沛的人，不能到此境界；没有正义感的人，也不能到此境界。”他别有见地说：“红楼梦是小乘，金瓶梅是大乘，水浒传是禅宗。”在这些话语中，可以看出牟宗三性格中所洋溢着的狂气、逸气和灵气。牟宗三还喜欢闲谈，仿水浒传序意说：“人生之乐，莫若于谈。谈有谈的境界，不会谈者，书也读不好。”如果几天没学生来谈谈，他就觉闷气。
牟宗三日常喜欢下雨天的清爽。喜欢绿荫浓浓的阔叶树，因为绿油油的树木很有生机。他有一个爱好是散步，虽然还没像康德的准时，但几乎每天总要走个把小时，这是牟宗三的运动，他还有另外一种运动是写书，每天早上起来写书校稿，就是做手指头的运动。
牟宗三也有自己独特的嗜好，就是喜欢下棋和看戏。下棋的水平不是很高，不过输赢他倒不在意，反正是为了好玩。在戏剧方面他倒有点痴迷，不管是京剧还是各种地方戏，能看的都一网打尽。也许跟他小时候经历有关，在老家农闲时常常唱大戏，他那时就场场不落。乡间草台班子演出虽说技艺不会好，但有它的体统和行规，总能贴合着人情人性，所以牟宗三从那时就喜欢看戏。文革前常过大陆的戏班来香港演出，牟宗三每每都去捧场。晚年的牟宗三有一次看完了戏，天真地说：“凭什么统一中国？倒不如用地方戏统一中国算了，这是文化所在。”
内圣外王的哲学典型
1960年11月，牟宗三应香港大学聘请，离开东海大学赴香港大学中文系任教。牟宗三之所以离开东海大学是因为文化立场的冲突，东海大学是基督教教会学校，而牟宗三与徐复观“要为中国文化当披麻戴孝的最后的孝子”，引发了和基督教校方的反感。性格刚烈的徐复观因为揭发“文化汉奸”而被迫离开后，牟宗三自然也呆不在了。
正好港大校长林仰山与唐君毅是好友，来港大是好友唐君毅极力玉成。本来按唐君毅的意思让牟宗三直接来新亚书院，但当时新亚书院正在紧锣密鼓地和香港中文大学谈合并之事，唐君毅考虑到新亚书院的待遇当时不如港大，所以“忍痛割爱”，成全好友去港大教书。
牟宗三与唐君毅的朋友之情是最可称道，牟宗三在平生肺腑之言后还有一句话说：“知我者君毅兄也。”他和唐君毅一生患难与共，他们是谈学问与性情最相契的一位朋友。
抗战前牟宗三并不认识唐君毅，但曾见过他几篇文章，并不喜欢他那文学性的体裁。唐君毅是中央大学出身，受方东美、宗白华诸先生的影响，富有文学的情味；牟宗三是北大出身，认为哲学必以理论思辨为主。熊十力常在牟宗三面前称赞唐君毅说：“你不要看不起他，他是你的知己。”
抗战时牟宗三在重庆编辑《再生》杂志，唐君毅力来访。当时牟宗三觉得他有一股霭然温和的学人之相。第二次相见，唐君毅约略讲了几句，牟宗三就体味到他有强度的内在心力往外喷，确有理论的思辨力和哲学家的气质。自此以后，牟宗三把唐君毅视为知己，常和他谈学问谈性情。他们有同一个理想，同一项事业。
他们在那场人生抉择共同离开大陆。唐君毅落根香港，和钱穆等流亡之士创办新亚书院，在风雨交加的日子里怀抱着一种忧患意识，在香港这个英国殖民地树立一个以宋代书院为格局的学院。而牟宗三则去了台湾，力求在外部的巨变中保有一条源远流长的文化命脉。流亡这二三十年，他们秉持着对中国文化坚毅不屈的信念，在海外顶持住发扬中华文化的事业。
唐君毅着重于正面疏通中国文化之精神与价值，使人对于中国文化有恰当理解，以纠正五四以来的民族文化虚无主义之弊；牟宗三运思的重点在批抉中国历史文化之症结，以期荡涤腥秽，开出中国文化健康发展的途径。虽然而唐牟两人形式有别，但精神实质是一致，使得现代新儒学在1949年以后的海外逐渐滋生发展了起来，并终于成为引起世人普遍关注的一大思潮。
唐君毅非常欣赏牟宗三，赞曰：“方今之世，唯牟先生著书讲学，能树立标准，有泰山岩岩气象。而牟先生平日之学亦由翻山越岭中得来，故在牟先生之一般学问及人格生活上，皆有大开大合之历程，而艰难之处，天梯石栈，牟先生皆能独来独往……”
牟宗三来香港后，住在背靠垄道唐楼四层公寓里，离新亚只有一墙之隔，和唐君毅来往非常方便。1962年8月26日，孔子诞辰2513年前一日，牟宗三与唐君毅等人发起了“东方人文学会”，这个协会是这帮群流亡学人们在儒家文化面临狂风暴雨下惨淡经营，诚如牟宗三所言，“断潢绝港，只差一篙”，他们发起这个组织以讲学凝聚青年人，也可以相互支持鼓励。
不过牟宗三来港大教书这几年，多少是让他泄气的，他不客气的说：“香港的学生不行，不能苦学，又没有好的根底。”香港大学的确没有多少文化气氛，是一座批量市场公务员的学校。牟宗三生命的学问、文化的理想讲得再好，学生也会质疑“它能找饭碗吗？”
上个世纪60年代的香港青年，没有二战时民族灾难意识，没有经历大陆天翻地覆的改朝换代，也没有台湾岛那种紧张与沉重氛围。“机不至，感不切，心不开，因蔽不通，激越反动，则虽舌蔽唇焦，亦无益也。”牟宗三在香港再也难遇到在台北台中办人文友会，一些学子从善如流般跟随周围了。师门萧条的牟宗三未免茕茕孑立，所以有人问及他在香港教学境况，他说自己像《牡丹亭》里的那位老夫子，只是两眼注定看六经。
此地学生没有热情去追寻孔孟之道，乐天知命的牟宗三以爽快地态度由他去，正好可以有闲暇著述。在1966年到1967年这两年，牟宗三的名字几乎从报刊上消失，原来他都是边作文边发表，《民主评论》、《人生》这些杂志都是他的主要阵地，之前的《才性与玄学》和《中国哲学特质》等著作和论文就是这样出来。而这两年牟宗三这个名字却销声匿迹，他到底在做什么？原来牟宗三躲进小楼成一统，一门心思做“学究”，精心构思《心性与性体》，对宋明儒学进行深彻的梳理。此书后来由哈佛燕京社资助在台北正中书局出版，分论了周敦颐和张载之学。
1966年唐君毅因视网膜脱落，去美国日本等地寻医问药却不见好转，一时有失明之忧，他这时候极力劝牟宗三来新亚哲学系，万一他失明之后，对新亚和学生好有个交代。1968年，应唐君毅的邀请，牟宗三由香港大学转任香港中文大学研究院及新亚书院哲学系任职，主讲魏晋玄学、南北朝隋唐佛学、宋明儒学、康德哲学、知识论等课程。在讲授康德和知识论时，引发了牟宗三《智的直觉与中国治学》和《现象与物身》等书的写作。当时新亚书院刚从农圃道迁到沙田新址，哲学系所分配到的办公室恰恰是在一个最不理想的地方。牟宗三认为这不是偶然事件，而是香港中文大学与新亚总务处方面对哲学和中国文化完全不知尊重的表现。
牟宗三在新亚从不介意个人的名位、待遇。当时香港中文大学对教职员的房租津贴提得很高，不少人都因此依照津贴的最高额，迁居到较为高级的寓所，牟宗三却仍然住在农圃道附近一所十分简陋的房子里，从没有想到要改善自己的生活。但为哲学系的办公室，他却不惜全力抗争。
硕果仅存的新儒家
1974年牟宗三与唐君毅一起从新亚书院退休，退休后的牟宗三写信给在台弟子蔡仁厚道：“新亚退休之后，当略师孔子归鲁之意，返台作数年讲学，以培养青年，留一个线索，于愿足矣。”
孔子自卫返鲁那年是68岁，牟宗三此时也恰好是这个年纪。牟宗三来台湾后，从郊区的华冈一直讲学到市区的台湾师大，各界来听课的人士骆绎不绝。“老来多慈心”，牟宗三这时声容笑貌和他中年时期的严毅比起来不大一样，让人感受到儒者的蔼然意态，犹如春阳之和煦。
晚年的牟宗三在台湾讲学带出一批孔孟之徒，在他的扶植下《鹅湖》月刊问世了。《鹅湖》杂志社是纯民间的儒学社团，杂志《鹅湖》于1975年7月创刊，刊名出典于南宋淳熙二年(1175年)江西上饶鹅湖寺举行的一次学术会议，乃朱熹和陆九渊之间一场堪称典范的哲学辩论会。牟宗三在刚流亡台湾时提出“第三期发展”的“重振鹅湖书院缘起”就是刊物的主旨，此刊物目的在于重续先贤之志，探索宇宙人生的真谛，为这易动荡时代树立一精神支柱。
《鹅湖》杂志的实际编辑运营者都是一群二十来岁的青年人，是牟宗三麾下的新儒家“第三代”，他们在牟宗三影响下，认同儒学并不是一种对象性的客观存在，而是一种赖以安身立命的价值系统。牟宗三从1974年以来在台湾各地讲学的专题，整理成稿后均发表在《鹅湖》上。学生蔡仁厚编撰的《牟宗三先生学思年谱》也在此杂志连载。
1988年是牟宗三80大寿之年，台湾诸多报纸对他进行了采访，台北的弟子在饭店为老师设宴庆祝，中央大学校长代表本校和明德基金向他递送了荣誉讲座的聘书。席间牟宗三感慨地说：“自大学读书以来，六十年只做一件事，是即反省中华民族之文化精神，以重开中国哲学之途径。”
牟宗三从大学之时便走上哲学之路，反省中华民族的文化生命。文化不是一兜包的大杂烩，而是一条通贯古今的生命之流。在文化生命演进的过程中有何症结和短缺？中国和西方文化到底有何异同？今后又将如何持续发展？这些都是牟宗三谋求解答和解决的。
这一年大陆正因为电视政论片《河殇》闹的沸沸扬扬，此片宣扬蓝色文明即海洋文明战胜黄色文明即黄河文明，目的在于指出外国文明的强盛和中华文明的颓势。牟宗三站在中华民族文化立场给这部电视严厉的批评：“最近大陆流传《河殇》，说中国黄河流域的奶水给吸干了，不能再创造文明，这时妄言。奶水并没有吸干，用佛教的讲法，奶水没有干，是你自作孽的结果。佛教有所谓饿鬼，饿鬼并非没有饭吃：明明是大米饭，你看来却是沙，不能吃，因为你造的业，没有福；你口渴，明明是水是奶，而你看来却是土，不能喝。再此，是你的文化生命通不上去，隔断了。”
牟宗三说《河殇》的观点是西方斯宾格勒《西方的没落》的观点，斯宾格勒说一个文化只开一次花，黄河流域已经开过了，所以没有了。牟宗三坚决反对如此的观点，他说：“文化不是自然生命，不是一棵草，一棵花，所以我们要离开自然生命看文化生命看历史。中国文化从秦汉大一统后，经过辛亥革命，民国创建，以至今日，是否已经没有了呢？西方人业想到这个问题，各个古老文化如埃及巴比伦希腊罗马都完了。为何单单中国没有完，原因在哪里？他们想的结果是：中华民族恨奇，多子多孙，故此长寿。这不中肯，但不是值得大家想一想的吗？”
1993年1月6日，香港《星岛日报》刊出《新儒家第二代：硕果仅存——牟宗三》的访问录，报道配发了牟宗三的照片。照片上牟宗三精神矍铄，仰坐在沙发上，左手握着拐杖，右手放在腿上，食指伸出，整个人有股硬朗刚健之气，好像准备随时起身出行。
这时和牟宗三一起战斗过的师友一个个却早归道山：好友唐君毅早在1978年2月，因癌症而逝世。唐君毅去世后牟宗三著文誉之为“文化意识宇宙的巨人”，高度赞扬“忠于人格，忠于理想”的精神。
1982年徐复观在台北病逝，牟宗三写了《悼念徐复观先生》一文，发表在《鹅湖》杂志第82期。文中他回忆和老友“忧患同经”的往事，称徐复观乃斯世之豪杰，彼已尽了其鸣时代之艰难与民生之疾苦的责任。
和牟宗三有过不快的梁漱溟也于1988年去了，牟宗三以“我所认识的梁漱溟先生”在台湾《中央日报》发表讲话，肯定了梁漱溟一以贯之地坚持中国文化，不走苏联和西方路的理想。
新儒家第一代与第二代传人都熟悉凋落，只剩下牟宗三一个人独撑大局。老骥伏枥，志在千里；烈士暮年，壮心不已。这时的牟宗三仍旧保持多年的生活习惯，固定早晨五点左右起床，看书或写书直到八点，早餐后略事休息，从十点再工作到下午一点，然后下午及晚上不再工作。
对于“新儒家”这个说法，牟宗三并不是太认同，他说是“外面”的人取的，尤其是顺着洋人的习惯取的，洋人好分别，把宋明儒称作“新儒家”，又把现代讲儒家学问的人称作“当代新儒家”，也简称“新儒家”。
这个称呼有其方便，也有其麻烦。方便的是它很能切中此中学问本质，“新儒家”当然是以中国文化为本位，而中国文化又以儒家为焦点，简明地标示出“儒学”在当代并未完全窒息，其实即是表示中国文化之真精神在当代尚有所奋斗与发展，“当代新儒家”这一词是可以用得上的。
而此词也会带来一些不必要的麻烦，它容易使一些不明究里的人误以为“新儒家”是在团聚一个什么“学派”，甚至是在酝酿一个什么“教”，甚或以为有人想当“教主”，其实这完全是出于一种不明儒学之本性的心态而来的误想。
一生著作古今无两
1977年，牟宗三79岁时，香港大学颁赠荣誉文学博士学位给他，该校哲学系F。C。M00re博士致推介词有云：“牟教授由儒家的心性之学作起点。建立起一套形上学的思想……此一勇敢而有原创性的思想线索有深远的成果。在牟教授看来，传统的儒家道德哲学是内圣之学，但他亦发展出其自己的外王之学，由儒家的起点产生一政治哲学，维护民主政体以及尊重科学，牟教授关于政治与社会秩序的看法实形成其思想之重要部份，盖因他视哲学为一基本地实践的学问之故。”
又云：“校长先生，诗人豪芮斯好久前即宣说，人类天才的成就比一黄铜纪念碑更为永久。因此，在我确认牟宗三教授的成就之后，把这位理论与实践的知识维护者，以其弘扬儒家传统而扬名于世者，一个经历过长期心灵前进之人，出身是农家而职业是学者，学问的友朋，生命的爱护者，信仰于幸福与德行者，这样一个哲学家，推荐给你校长先生，以便赠与以荣誉文学博士之学位。”
一般认为这一篇推介词甚为真切，出于客观的理解和批判，没有主观情结的夹缠，也没有师友情谊的偏爱，可以视为国际间对牟宗三的公论。
1994年12月14日，一代大哲牟宗三因病住进台大医院，同月25日，其门人蔡仁厚、王邦雄等前往探视，牟宗三在医院病房索纸笔写下这样一段话：
你们这一代都有成，我很高兴。
我一生无少年运，无青年运，无中年运，只有一点老年运。无中年运，不能飞黄腾达，事业成功。教一辈子书，不能买一安身地。只写了一些书，却是有成，古今无两。现在得了这种老病，无办法。人总是要老的，一点力气也无有。
你们必须努力，把中外学术主流讲明，融和起来。我作的融和，康德尚作不到。
学生蔡仁厚以《一生著作古今无两》为题，将这段话作为牟宗三的病中垂语公布天下。其实牟宗三不止一次这么说自己，在1984年7月14日由台湾回港，在新亚研究所与同学作为“平生与学问”的讲演也这么说：
我的一生，老实说，从来没有得志过，飞黄腾达过，也可以说一生没有走过运。但若要说一生没有走过运，完全没有运气也不然，否则为何可以写这么多的书？逃难时也写书，这是我的运气。我未有飞黄腾达过，所以心境和你们青年人差不多。我也不是个要人，从来没摆过要人的架子。我也不会做事，连个系主任都不能作，只是挂个名字而已，其实甚么事情也不管。我是关起门来作事的；从学生时期就写书，写了那部易经，就一直写书写到现在。
“只写了一些书，却是有成，古今无两”，聊聊数语成为牟宗三学术生命的最终遗言。病中的牟宗三说的轻轻松松，但对整个学术界而言，其气势之大犹如雷霆万钧，席卷一切横扫一切。牟宗三在中国学术界地位究竟是否“古今无两”呢？
牟宗三对儒、道、佛三教之义理系统，分别以专书作通盘之表述，是古今第一人。他虽归宗于儒家，但对中国的佛道两家，所采取的态度却尤异于宋明儒者之辟驳。他为道家写了一本《才性与玄理》，为佛家写了一部《佛性与般若》，而其中所讨论的都是两家最根本最难理解的问题，牟宗三曾自诩说“我于道家有贡献，我于佛家有功劳”。
儒家一贯地要求由内圣通外王，要求修德爱民，推行仁政王道，但“天下为公”的理想，却始终只靠圣贤来倡导，而未能真正体制化。如何落于体制以开出客观化的外王事功，这正是中国文化生命的症结所在，也是当代新儒家所面对的时代课题。牟宗三所著新外王三书，《历史哲学》、《道德的理想主义》、《政治与治道》，是真能贯彻晚明顾、黄、王三大儒之心愿遗志，而开出外王事功之新途径者。
康德三大批判世界上有多国译本，但独自一个人翻译出三大批判的，牟宗三是世界上唯一的一个。牟宗三对康德三大批判翻译，效法古人吸收佛教的气魄，他自己边读边译，又不只是翻译而已，同时作注释。一条注文有时洋洋数千言，无论疏解观念或发明义理，都可以和康德原典相互印证，相互映发。
牟宗三通过有关中国哲学史的著述来表达并阐释其自己的哲学思想，还高扬陆王、贬抑程朱，一反传统旧说地提出以《大学》为主旨的程朱是“别子为宗”，认为陆王才是真正承继了孔子，又借助康德、罗素、怀特海等近现代西方哲学家的思想来推扬中国哲学的精神价值和思想传统，把现代新儒学推向了一个理论发展高峰。
文化必须交流，思想应求会通。但数十年来有关中西会通的种种言论，多半都是一些零散的意见，很少具有系统性的学术价值。牟宗三继《中国哲学十九讲》之后，讲述了中西哲学会通的分际与限度，对中西哲学的种种问题，提出层层的比对和深入的疏解。这个思路必将对人类文化的融合，开显一条常态的康庄大道。
牟宗三说“少年要有聪明，中年要有功力，晚年要有境界。”牟宗三不论讲学写书都有明确的文献可据，言不虚发，笔不苟下，步步为营，确实可信，就是这样长远积学所致。此种为学的方法，被称为“文献的进路”。牟宗三的著作亦如他的生命一样，元气饱满，酣畅淋漓，理性与激情始终是交织在一起的。
经过牟宗三长期坚忍不拔地努力，他在学术方面取得多成就，不仅使现代新儒学逐渐在世界范围内获得反响，而且使西方文化人士不得不对之刮目相看，并进而重新认识、评估中国哲学和中国文化的价值。
一个时代的终结
牟宗三自己说他一生无少年运，无青年运，无中年运，只有一点老年运。他在年老时的确否极泰来，和留在大陆的亲人团聚应该是老年运。
1984年开春，牟宗三留在大陆的次子伯琏与长子伯璇之子来香港看他，当年牟宗三离开大陆一晃40年过去了。现在两岸关系缓和了，如今终于可以儿孙终于可以团聚，让牟宗三喜极而泣。
亲人团聚自然要谈到牟宗三留在大陆的妻子王氏老夫人，她老人家还健在。丈夫走后她一个人拉扯两个孩子长大成人，还要背负一个“海外关系”的罪名，在政治和生活上受到歧视。这么多年熬过去了，如今骨肉终于可以团聚了，她和老伴却破镜不能重圆，但王氏老夫人却看得很淡很淡，因为太多的经历太多的沧桑，只要牟宗三能过得好比什么都强。
1997年初夏，牟宗三的弟子蔡厚仁等一行数人趁去济南机会，去栖霞看望了师母，老人还健在，说起多少年前的往事依然历历在目。牟宗三离开大陆后给家里写信，她找了一位算命的先生算了卦，说往南走，走的越远越好。多少年的生死分离，在老人眼里仿佛只是命中注定的似的。
1994年3月，牟宗三以东方人文学术研究基金会中国哲学研究中心讲座教授的身分，在鹅湖文化讲堂主持每周一次的学术讲座，主讲治学基本的问题。这一讲座一直持续他生命的最后几个月。牟宗三在1995年时病情好转，他移居台北。离开前他把家中的藏书全部散尽，让学生们都来挑选。
1995年4月12日，牟宗三走完了他87年的人生旅程，长眠在新店市竹林路长乐墓园。牟宗三逝世后治丧委员会的敬撰挽词，悬挂在灵堂之上有四句赞词：
光尼山之道统 弘黄冈之慧命
扩前哲之器识 发儒圣之光辉
尼山，指孔子。黄冈，指熊十力。熊十力是当代新儒家开宗的代表人物，在中华民族文化生命存亡绝续之际，熊十力独能穿透历史之烟雾来畅通文化大流。牟宗三乃熊门嫡传弟子，他力振孔孟之学脉，以挺显内圣外王之宏规，实实能够光显孔子之道统，弘大黄冈之慧命。“开扩前哲之器识”则通指中西双方的先哲而言，由于宗三地精诚奋斗，不但中国哲学得以充实开扩，而康德所代表的西方哲学，也可获得中国哲学智慧的融通提升。
相对仁者型学者唐君毅、勇者型学者徐复观而言，牟宗三属智者型哲人。就其一生的学思历程来看，尽管牟宗三埋首于儒释道及西方哲学经典之中，于上述诸家之会通做出了巨大贡献，但牟宗三的思想是中国传统文化式的，他一生坚持中国传统文化的道统，为儒学开出了一片新天地。
牟宗三的逝世，不仅标志着当代新儒学一个发展阶段的结束，在一定意义上也标志着一个时代的终结。我们正日益深入一个多元化的时代，有人试图再像牟宗三那样创立一种庞大体系，估计是不再可能了！