康熙四十二年（1703年）正月，皇上突然以“议论国事，结党妄行”为罪名拘捕了索额图，不久他便死在幽所里。其实，拘捕索额图的真正原因是他卷入了宫廷内的储位之争。
依清朝旧制，皇帝生前不立皇太子，康熙却打破了这一旧制，预立储君。他这样做，出于两个原因：一是鉴于前朝皇帝身后为争夺皇位兄弟子侄之间互相残杀的血的教训，二是受汉民族传统制度的影响，深知立储君有利于皇权的连续与稳固。
康熙十四年（1675年）十二月十三日，康熙亲御太和殿，按汉族立嫡的原则，册立方满周岁的皇二子、嫡长子胤礽为皇太子。
胤礽是索额图的亲侄外孙，胤礽出生时，其母孝诚仁皇后就去世了，索额图作为外叔公，对胤礽格外疼爱和关怀，在宫中争夺储位时，他极力维护太子的地位，成为太子党的首脑人物。
太子册立之初，为抬高太子的地位，索额图在内阁会议上倡议，凡皇太子服御诸物，俱用黄色，所定一切仪注（关于某些重大活动的行为规定）要与皇上相似。康熙三十二年（1693年）三月，礼部拟奏祭祀奉先殿的仪注，规定太子的拜褥与皇上一起摆在门槛之内（但康熙没有同意，并革了礼部尚书沙穆哈的职）。内务府所属的膳房和茶房有四人私自出入太子府，侍候太子（康熙命斩其中三人）。
太子册立之后，宫中并未平静，觊觎皇位的皇子们把矛头一齐对准了太子及太子党，他们造谣诽谤，无中生有，向康熙进谗言，攻击太子及太子党，索额图自然也在其中。
胤礽自从当了太子，身居一人之下，万人之上，自幼时时处处与众不同，这种特殊地位，加上人们不时的奉迎，献殷勤，天长日久，胤礽便忘乎所以，目空一切，妄自尊大，奇骄至奢起来。他暴戾不仁，任意凌虐，恣行捶挞诸王、贝勒、大臣、官员，鞭笞检举他行为不端的人。他追求奢华，任意勒索地方官员，南巡江宁时，知府陈鹏年供奉简单，险些被太子处死。他胡作非为，纵容属下，派人截留蒙古王公进贡的驼马，放纵乳母的丈夫、内务府总管凌普敲诈勒索属下。
太子的不仁，康熙尚可容忍，其不孝，康熙却不能原谅了。康熙二十九年（1690年），康熙亲征噶尔丹，病在途中，令皇太子和皇三子驰前来迎接。胤给父皇请安时，没有一点忧戚之色，康熙“心甚不怿”，认为胤“绝无忠爱君父之念”，心口结了一个很大的疙瘩。
康熙听信谗言，把太子的不仁不孝归罪于索额图，认为与索额图的影响有关，因为索额图是太子最亲近的人。索额图身为大学士，在朝中位高权重，势力日渐膨胀，引起康熙的警觉。康熙十六年（1677年），康熙把户部尚书明珠提拔为大学士，以牵制索额图。明珠的妹妹是康熙的惠妃，生皇长子胤禔，身为舅舅的明珠，自从当了大学士之后，与内阁的一些重臣，结成反太子朋党，与索额图的太子党争权夺势。但由于他倚权胡为，徇私舞弊，结党排陷，贪赃枉法，卖官纳贿，于二十七年被罢大学士职。虽然明珠朋党被去除，但在索明两派的较量中，索额图也受到影响，使康熙认识到其势力不可忽视。
但对索额图致命的一件事，则是康熙四十一年（1702年）在德州陪护太子养病。这年太子随康熙南巡归来，行至德州时身染重病，康熙让他在此养病，并召索额图来德州陪侍他。也许是康熙的精心安排，借此观察索额图与太子的关系以及他们的活动，不然的话，为什么在拘捕索额图的上谕中提到，索额图在德州陪太子养病时，乘马至皇太子中门方下，并质问“尔自视为何等人”。可见，康熙曾派人监视他。从上谕中我们可以看出，康熙认为索额图和太子的关系不正常，即不分尊卑，不分里外，亲密无间，指责索额图把自己摆在了不适当的位置。另外，康熙给索额图定的罪是“议论国事，结党妄行”，主要指的也是索额图在德州陪太子期间有一些不轨行为，虽然没有真凭实据，但康熙认为索额图借此机会筹划发动宫廷政变，怂恿皇太子提前夺取皇位。康熙的猜疑虽然没有根据，但却把索额图置于了死地，那些太子党的对立派，却是借康熙的猜疑，达到了其铲除最大劲敌的目的。
索额图生前荣耀万分，身后却得了一个“本朝第一罪人”的恶名。