1943年，当官府再次围剿后，瞿伯阶见这次来的官兵并不多，于是与永顺巨匪彭春荣（彭叫驴子）合股，瞿自任司令，彭为总指挥，啸聚八面山，势力发展为五个大队，分别活动在来凤、龙山和四川边境。之后，这年2月，瞿伯阶在桑植九龙山卯子垭被国民党湖南省八区保安团围困在一个山谷里，保安团则占据着周围的几个山头，用机枪封住山口，瞿伯阶股匪几次冲锋都被打退了回来。而瞿伯阶则毫无惧色，他仔细观察了一下，然后命令将股匪集中于一个方向上，再等待风向变化，待风向一变，他立即顺风点火，而火借风势从山下一路烧上山顶，瞿伯阶则趁机命令土匪一起围攻该山头，顿时，枪声大作，匪势、火势相互呼应，山头上的官兵由于四面都燃起大火，又有土匪围攻，竟然全部被烧死、打死，其中包括保安团的副团长赵崇矩，也在受伤后被烧死。而瞿伯阶则一举突破重围土匪，转败为胜，还顺手夺得保安团三挺机枪。
而这一年，师兴周又被国民党关押，翟伯阶乘机收编师股的人枪，加之与彭春荣、杨树臣等股互为奥援，当师兴周被放出后，他的大部分部署已经成了瞿伯阶的人，而他省下的人只能控制龙山县南部的两个区。瞿伯阶由此不仅控制了县北的三个区，而且把活动范围扩大到湖北、四川以及湘西重镇沅陵等地。匪众也发展到一万九千多人，到处攻打保安团队，在湘鄂川边区三十多县纵横行劫，官兵束手无策。
击败八区保安团后，瞿伯阶又与酉阳巨匪杨树臣烧香拜把，委杨树臣副司令之职。与彭春荣、杨树臣二人结盟使得瞿伯阶更加难以对付，因三个巨匪已成三足鼎立之势，可以互相支援。
彭春荣绰号彭叫驴子，此人是一个十分毒辣的土匪，且极为残忍，当年，军统特务沈醉在抗日战争期间，曾担任过湘西常德军警稽查处处长，负责当地治安。而彭春荣就活动在常德、沉陵、永顺一带。但是国民党对湘西土匪的剿也无果、抚又不来，这两策均不能奏效，因而，湘西一些地方军政官员只得采取睁一眼闭一眼的政策，暗自与土匪签订密约，互予优惠，以保一时一地之安定。当沈醉来到湘西后，1939年，他只有25岁，任常德军警稽查处长时，年轻气盛的沈醉来到此地后就想大干一番，展示手脚，然后好立功受奖，向上升迁，故而，他一来到此地就开始大张旗鼓地打击土匪，而首当其冲的就是彭春荣。当沈醉打算狠狠彭春荣股匪、拿他开刀时，却不料此举遭到常德士绅商贾的一致反对。因为他们与彭春荣打交道日久，十分清楚就凭沈醉稽查处的那几十名军警根本不是土匪的对手；如果激怒了彭叫驴子，他会联络瞿怕阶、杨树成等股前来攻城，血洗常德的。因此，他们建议沈醉学习以前地方官吏的办法，与土匪达成协议，同意土匪的一些条件，然后要求匪徒不到常德来捣乱。沈醉是个精明之人，他虽年轻，却明白良药苦口，他见乡绅如此惧怕彭春荣，也就明白了彭春荣的威势。他思前想后，审时度势，最后还是决定派人与彭春荣联系。然后与他约定：官方允许土匪到常德地区购买物资、器材，不得捉拿、拘捕；但匪方亦要保证不在常德作乱。于是，沈醉在常德期间官匪相安无事。
彭春荣也是个极为好色之人，与师兴周可谓一丘之貉。他曾听说沅陵具城有个女子十分漂亮，于是几次下帖子要其家长把女儿交给他做压寨夫人，当然遭到此女家人拒绝，彭春荣大怒，于是在一个夜晚出动数百人进攻县城，将这女子奸污。而彭春荣股匪在湘西各县农村、山区劫掠的时候只要遇到年轻女人必然要强奸。在沈醉来到常德后，也正是抗战最艰难的时期，当时华北、华中大批学校受命向大西南迁徙，而湘西也是迁徙的必经之路之一，彭春荣有一次在沉陵公路上发现一辆汽车正载着42名大学女生，于是当即下令将车拦住，随后连车带人一起掠走。当彭春荣将这些女大学生押到他的山寨后，就命令任何人不得碰这些女学生，他要慢慢享用。于是，彭春荣这个丑恶的土匪日夜享用这些来自大城市白嫩的女孩子，42名女生他一一强奸。而在彭春荣肆意奸淫这些女孩子的时候，沈醉却头痛不已，因为这些学生的家长得知学生被劫后纷纷投诉湖南省府，省保安司令部责成沈醉设法处理。沈醉不得不紧急与彭春荣联络，艰难谈判，而彭春荣则根本不急，他急得只是要早点回到山寨去与这些女孩子淫乐。直到彭春荣奸淫够了，他才狠狠敲了沈醉一把，要求用数千发子弹换这些女学生。沈醉百般无奈，最后只好答应。
又有一次，彭春荣为了某事感谢沈醉，而他送给沈醉的竟然是一副人皮马鞍，包括马鞍，还有笼头、缰绳，马鞭等全部用人皮制成，鞍子四周还用人的大拇指甲镶成一圈边饰。彭春荣并非出于恶意，或是威胁，而的确是为了感谢，因为这种马鞍在土匪中象征着第一把交椅。沈醉欣然接受，而他的母亲是个虔诚的佛教徒，当她得知后，大怒，当即责令沈醉将马鞍烧毁，并烧纸安慰死者。
而瞿伯阶却是个十分善于笼络人心的人，因而能与阴险、狡诈的彭春荣结盟良久，有一件事就颇能说明他的本事。在对待匪首上，瞿伯阶善于以推心置腹、坦诚相见的面目，培植死党，网罗干将。边区另一匪首彭玉清，原为川匪张绍卿部下，此人枪法极准，且素喜杀人，以此为乐。有一次，他带匪徒洗劫一个村庄后，遥见田间有个农民正在锄地。他问手下人：“你们看那是个活人还是死人？”部下自然回答是活的。一语未了，彭玉清抬手一枪，那农民应声倒地。彭玉清吹吹枪口，说：“说是死的，不信，你们过去看看。”还有一次，他的夫人说：“你的眼睛有点发红。”他听了，立即跑出去，杀了个人回来，笑嘻嘻地问：“你再看看，眼还红吗？”从此以后，他自称眼一红，就非得杀人；杀了人，眼就不红了。而张绍卿看中了他这一天，于是派他带着二十余条人枪假意投靠瞿伯阶，伺机行刺。而瞿伯阶早已通过内线得知此人来意，但瞿明知其来者不善，却仍慨然收纳，随后三日一小请、五日一大宴。过了一段时日，瞿佯装酒醉对彭雨清说：“我知道你是奉命来杀大哥的，你杀不了我就回去交不了帐，张绍卿难免不怀疑你被我反派去杀他。”彭雨清听后十分惶恐，当即发誓：“大哥这样坦诚相见，小弟亦当肝胆相照，今后随大哥卖命，赴汤蹈火在所不惜！”瞿伯阶不仅不加罪责，反而任彭玉清为连长。彭玉清从此死心塌地跟随瞿伯价，日后离开瞿伯阶，也是受瞿之命进入国民党保安部队，为瞿充当内应。
1944年春，瞿伯阶匪势日大，湘西当局坐卧不安，只好又请求上方派兵剿匪。这次，国民党派遣了三个师，分别赋予代号为万安、万全、万盛，共2万余兵力前往湘西，实行清剿。而瞿伯阶、彭春荣、杨树臣三匪首配合默契，率部时分时合，昼伏夜出，东剿西避，弄得官兵万分恼火，却毫无办法。无奈，官兵只好采取坚壁清野的办法，因为大多数土匪都是在家乡附近活动，因此许多安分守己的农民往往与匪徒沾亲带故。为断绝土匪的粮食来源，官兵实行归村并寨，把小村小寨的居民驱往大的村寨聚居。把这些被迫离开自己家园的百姓被集中起来后，然后赶往一处。于是，官兵在乡民中大肆进行清乡并寨，结果闹得人怨沸腾，鸡犬不宁，乡民们不得不离开世代居住之地，而背井离乡，成千上万的百姓抛家舍业。不仅如此，官兵为了断绝土匪与民众的往来，隔绝土匪，但殊不知官兵本身也是一种“土匪”，当上方施行此政策的时候，地主豪强劣绅与军官勾结，趁势打击平日里的结怨者，一时间互相诬告通匪者迭起，而官兵则不问青红皂白，一律抓起来，他们自然是不想问，只想借机敲诈。因而到处都是以窝赃、通匪等罪名被抓的人。此时，官兵成了最残害百姓的人。官兵剿匪时，不问胁迫还是自愿，也不问有无联系，便给这些亲戚、本家、同族、同村，统统扣上通匪、资匪的罪名，吊打、拷问、敲诈勒索，甚至烧房子、杀人，一人为匪，株连全家乃至同族。这种株连的政策，顿时激起更大的怒火，不仅使山上那些土匪的心怀仇恨，而且不敢投降，更有些无辜百姓往往也索性上山入伙，报复官兵。而此时有个军官曾问乡民：“你们说，国军和瞿伯阶究竟哪个好？”百姓们气愤地回答说：“国军也好，瞿伯阶也好，就是我们老百姓不好！”民众们挖苦地说：兵来匪无影，匪来兵无踪；可怜兵与匪，何日得相逢！
当然，诸葛亮还有街亭之失的时候，瞿伯阶不是诸葛亮，因而也有惨败的时候。1944年10月，国民党又派朱鼎卿的86军来围剿。11月，朱鼎卿乃是多年战将，当他来到此地后，并不急于围剿，而是等待时机，他派出大批密探，侦查土匪动向，当得知瞿、杨二匪集聚八面山后，迅速行动，调军队将八面山团团围住。瞿伯阶、杨树臣被围后也只能作困兽之斗了，于是双方发生激烈战斗。而瞿伯阶、杨树臣尽管匪众甚多，但毕竟不是正规军的对手，因而损失惨重，打到第五天，瞿伯阶和杨树臣已经损失过半。这天黄昏，天忽降大雪，瞿伯阶立即利用此良机，匪部突围。此后，又经一天一夜激战，匪部尸横遍野，以大队长王家仁为首的数股土匪缴械投降，瞿伯阶则仅带数匪逃到来凤河东鱼灵堡藏身，此后瞿伯阶匪众仅剩二百余人。
但在1945年3月86军调走后，瞿伯阶又死灰复燃，再次扯起旗号，收集残部，匪势复起。当时86军驻防龙山一年多，认为土匪已基本肃清，遂将大部队调走，只留下一个团。不料瞿伯阶马上打出旗号，重新起事。86军的那个团长名叫侯振汉，他给瞿伯阶写信说：“我和你打了这么久的交道，估计你是搞不起来了，现在你居然又出头了，我真佩服你！”
是年11月，国民党再调川军潘文华部抵湘鄂边剿匪。1946年2月，瞿、杨两匪在河东聚会，川军派一个团前往清剿，双方激战半日，川军死伤百余人，丢失机枪13挺、步枪70余支。瞿伯阶首战告捷，认为川军不堪一击，遂连夜偷袭驻龙山县城一营川军，俘官兵200余人，缴机枪9挺，步枪170余支。结果，川军进湘西剿匪，反而差点被土匪围剿，屡战失利后，川军竟然龟缩在军营内不敢出击。无奈，国民党只好再派遣川军支援，5月，川军164师进入湘西，之后，川军为报一箭之仇而奋力追击，一路将土匪追进永顺县境内。之后，瞿、彭、杨三股匪再绕回龙山，而川军在途中设伏，巨匪彭春荣中弹毙命。瞿伯阶也被追得恼怒不已，于是率领两千匪众到来凤县，突袭该县卯洞、漫水、大河、新街等地，杀人越货，抢粮劫财，官兵剿匪，结果苦的还是百姓。
经过几次围剿仍然一无所获的国民党百般无奈，也只好另寻他策。1947年1月，国民党武汉行辕主任程潜鉴于瞿匪迭经清剿，愈演愈烈，只好改为招安，于是派人联络收编。此时，也正是国民党与共产党争夺天下的时候，国民党在全国形势渐呈不利，也希望收编大股土匪，一来可以腾出军队用于内战，二来也可以防止土匪倒向共产党。果然，3月，中国人民解放军江南游击纵队副司令员李人林率一支数百人的队伍队由宣恩板栗园挺进来凤县。3月11日晨，当获知游击纵队已行至三堡岭，来凤县县长丁裕超大吃一惊，急忙派兵堵击。但来凤县的那几个兵根本没有多少作战力，不堪一击，一经接战即溃散，游击队因而长驱直入，先攻克革勒车，进至大河坝，再击溃团防武装，紧接着接连打败新街、板土科、小坳警壮队。然后在洗车休整一夜，次日在新拱桥、麻柳塘再次击溃警壮队，从甘壁寨过河进入湘西。江南游击纵队一路高歌猛进，直挺湘鄂西，这顿时让国民党上层忧心如焚，他们十分担心此时瞿伯阶、杨树臣等倒向解放军，因而程潜提议加快收编，以便一举两得：收编后可以俄用瞿部阻挡游击队；如瞿部不肯与解放军游击队对抗的话，也可利用游击队的威势将其调离龙山、来凤老巢。于是在5月13日，瞿伯阶在龙山招头寨举行收编接印典礼。程潜根据瞿部实力，委其为第一纵队司令，后又改编为国民革命军暂编第十师，以瞿伯阶为师长，杨树臣为副师长，瞿闵盛为参谋长，下辖3个团，8000余人，4000多条枪，调宜都驻防。
而直到此时，瞿伯阶仍然不忘收拢人心，他在临走前以师长身来到来凤县城去拜谒地方乡绅达人，以表仁义。