然而，凡事都在变化之中，红枪会本来是为了抗匪保家而建立的农民武装组织，但随着红枪会势力渐大，各地的红枪会又有所分化，有的仍然保持纯朴的本色，继续保护家园，而有的则变得灰暗，甚至有的已经与土匪同流合污，这些人被称为会匪。一度将刘黑七这个悍匪打得文风而逃的山东无极会最后竟然就成为一个会匪组织，而且，随着日本人的入侵又变成了协助日本人的组织。
1929年3月，李光炎、王传仁领导的山东无极会已经下台的军阀张宗昌和日本浪人的策划、支持下，发动了反对国民政府的暴乱。无极会集结了数万会徒，先后进攻滕县、济宁、鱼台和江苏丰县、徐州，要求打倒三民主义，恢复教会活动，反对男女平等和妇女天足。无极会拆毁铁路，破坏交通，直到后来被冯玉祥的第二集团军所平定。
1928年4月间，妙道会在河南郊县、襄城、长葛、新郑等县掀起暴动，进攻禹县县城，进攻失败后，转而与当地土匪合伙，号称“黑虎道”，于是成为一个标准的土匪黑社会组织。黑虎道随后在禹县周围地区大肆劫掠，攻击了70多个村庄，以后又攻破新郑县。
又如豫北林县天门会，起初同样是一个对抗土匪的组织，因而参加者甚众，周围的安阳县和河北省的武安、涉县、辉县、临漳等县都在这个组织的范围，但后来，会首韩欲明开始利用这个组织为非作歹，一方面为了扩张势力，竟采用暴力手段，胁迫各县农民参加；另一方面向会员派粮、派款；而为了加强武装，就命令会员收缴农村防卫土匪用的枪支，如无枪者须出钱，天门会因而已经变成了一个黑社会组织。
当然，许多红枪会还是保持着本色，因为参加者根本的目的还是为了保卫家园，当有红枪会变质后，就开始四处劫掠，而由此红枪会之间也开始互相争斗。如天门会为了扩大地盘，开始频繁四处出击，在林县，与清道会械斗；在安阳，与白枪会争打；在武安，与红枪会、黄纱会枪战，而天门会依仗势大，最后均将这些红枪会组织一一击败，此后，这些地区归属天门会。当时，在直豫边界数县流传着这样的民谣：入了天门会，吃馍不嫌贵，脚踏哩服呢，头带松三亏。张口就骂人，翻眼枪杆捶，三天就出差，五天就归位，孩子叫人爹，老婆给人睡。其他地方也大致如此，如江苏宜兴，那里的大刀会后来也与太湖湖匪合流，由农民自卫变为扰民害民。而且，由于民国期间党派林立、军阀混战、外国入侵，因而红枪会后来变得更加复杂，也广泛参与各种政治、民间争斗，由此也产生了许多血腥案件，如1926年河南部分匪化红枪会受地主、土匪的挑拨利用，竟将荥阳农民协会委员长李虎臣一家老小11口人全部杀光。
其实，民国期间任何组织都无法保持单纯，互相之间错综复杂，即使是敌对势力之间也可能今天为敌明天为友，或者是台上觥筹交错，台下拳打脚踢。如在临城劫车案中，1923年6月，孙美瑶股匪派人到枣庄与官府谈判时，有记者问山中“军火从何而来？”
土匪代表坦然回答：“皆由军队方面供给。我等既无制造局，全靠各处供给。大概大批由军官处设法，小批向兵士中零购。”随后又解释说：“军队与我等开一次火，即我辈多一批军火。盖捉住一兵，仅扣留其枪械，而另给金钱以送还之。且官兵用去子弹百颗，即可向上峰报称用去千颗，所余之九百颗，即售与我辈。”而兵匪之间的交易其实也早已不是什么新闻，老百姓早就知道兵匪表面上势不两立，但实际上兵匪自古一家。1923年，因山东临沂附近七县匪祸相连，田中玉派第五旅所部在各县剿匪，但屡剿不禁，后来听到民谣：“五旅不去，沂难未已。”一查才知，原来土匪的枪弹均用重金向第五旅购得，五旅不来，土匪子弹匮乏；五旅来后，土匪子弹充足，匪势更盛。