虽然东亚家族企业制度存在众多的竞争优势，但是，随着家族企业的发展，企业制度内在的矛盾与弊端也逐渐显露出来。与政府和银行形成的密切关系，在为企业带来好处的同时，也滋生了企业的道德风险。
一、获得金融资本和管理资本与家族控制权之间的矛盾
资金是企业发展的最重要的要素之一。随着家族企业规模的扩大或所从事产业的转型和升级，企业需要越来越多的资金。传统的依靠自我积累和亲朋好友帮助的筹资渠道已经远远不能满足企业扩张的需求。部分家族企业也采取了公开发行股份来融资的方式。但是，如果扩大股票的发行，就会导致家族所控制的股份比例降低，从而有失去对公司控制的可能性。当然，家族企业可以通过发行公司债券或者公司优先股筹集满足发展所需要的资本，由于公司债券与优先股通常没有投票权，因而不必担心家族控制权的失落。但相对于公司普通股来说，它们的融资成本都很高，风险也更大。并且，从股市融资，家族企业的财务状况和其他事情也要求被披露，因此，企业主为了保持对企业的控制权，往往不愿意采取控制权分散的股权融资形式。加之东亚经济发展初期股票市场不完善，企业主也担心市场投机色彩太浓，法规不健全，怕股票上市风险过大，家族利益受损，因此不愿通过股票上市直接融资。家族企业放弃了从股市融资的机会，导致企业资金不足，规模不大，缺乏竞争力，并且因为对股市的排斥，导致家族企业对银行贷款的严重依赖，造成企业负债率较高，财务风险加大。
企业内部体制的另一个矛盾是管理专业化与家族控制权之间的内在矛盾。为了保证对企业的控制，家族企业对管理人才的选拔往往局限于家庭血缘关系中，高级管理岗位一般都由家族成员占据着，不管他们是否具有足够的能力。这种用人制度中的家族主义虽然能在一定时期内降低代理成本，但是，家族主义信任不能或难以解决随着组织规模或交易的复杂性增加时出现的代理能力不足问题，李新春称之为“家族主义困境”。这种任人唯亲的用人制度不能在更大范围内选择优秀人才，不能由具有管理、技术、人力资源、市场营销等专业知识的人员来管理企业，必然影响企业的经营效率，成为其取得更大成就的障碍。
二、创业者有限的生命周期与家族企业可持续发展的矛盾
家族企业的人格化特征使其易受创业者的生命周期影响，当创业者年老垂暮或者身故之时，企业就面临着财产分配和继承问题，而这个问题是否能妥善解决直接影响企业未来的发展。华人世界历来就流传着“富不过三代”这个带有宿命色彩的说法，这也说明企业代继传承问题的难度之大。第一，家族企业是父传子，子传孙，假如儿孙满堂，自然香火日盛，但要是无子少孙，就很难做到“肥水不流外人田”；第二，即使家族有后代，当创业者身故后，若后辈志不在此时，便容易将企业分化、转让甚至结束，从而使企业不能延续；第三，华人分家业的习惯做法是将家产平分给几个儿子，这样造成的结果可能是企业规模因此而缩小，经过几代子女的分割，大的商业帝国可能逐步萎缩，甚至由于家庭纠纷而衰败；第四，确定接班人很难，在许多家族企业中，接班人的选择是企业创始人的个人决策，一般不与其他人商量，当创始人因故不能视事时，便开始物色接班人，但在众多的子女中，究竟选择谁来当接班人是很困难的，子女们可能会为继承财产、争夺权力而明争暗斗，家族凝聚力下降，在创始人去世后，后辈间因权力不平衡、利益不平均产生的家族纠纷甚至会闹上法庭；第五，即使家族企业实现了顺利的交接班，但若接班人的能力有限，也可能造成家业的衰落，一般情况下，第一代企业经营者久经风浪，因而处理各种事务，游刃有余，得心应手，到了第二代或第三代，由于各种原因，接班人可能是平庸之辈甚至是败家子，这样家族企业就很难发展或是毁于一旦。
三、家族式经营管理制度的弊端
家族式经营管理的核心是人治，即依靠家长权威和家族主义来管理企业。这与西方企业所遵从的依靠制度规章来管理企业的法治是迥然不同的。家族关系中的权威主义、上下尊卑和家族信任固然在帮助企业快速决策、降低企业管理中的代理成本、发挥家庭成员的积极性方面起到一定的作用，但同时带来许多弊病，成为家族企业发展的隐忧。
第一，权威型决策制度的高风险。家族所有权在保证家族企业家最大限度发挥积极性的同时，也潜藏了企业家由于个人能力有限而决策失误，从而造成企业利益受到重大损害的风险。家族领导有正确决策的动机，却不一定有相应的能力。企业内部缺乏完善的、科学的决策机制和民主管理机制，所有的重大决策都由企业领导人自己做出，主观性和随意性较强，其决策正确与否主要取决于领导者个人的能力，这实际上孕育着做出错误决策的较大风险。企业规模越大，这种危险性就越大。另外，还有一个重要问题我们应该重视，那就是权威型决策可以被家族用来为自己谋利益。尤其是在家族控股的股份公司中，家族的利益与企业的利益并不是完全一致的，家族控股股东与小股东的利益也存在冲突。如果一个项目能为家族带来更多的收益，却要牺牲其他小股东的利益，家族也可能会借用它手中的权威型决策机制去冒险开发这个项目。所以说，权威型决策机制是一把双刃剑，在带来高效率的同时，也隐藏着高风险。
第二，内外有别的用人制度带来企业内部的冲突和动荡。家族企业对家族成员、自己人和外人实行差别待遇，自己人和外人无论是在决策的参与、利益的分配还是信任的程度上都有着明显的不同。这在一定程度上固然可以对部分员工形成一种向中间层和核心层转换的激励，从而增强企业的向心力，但这种不公正、机会不均等，更多的是会造成士气低下、上下阻隔、不满情绪蔓延、内部矛盾激化，导致内部关系的紧张和不稳定，最终会影响经营效率。
四、家族上市公司中家族控股股东侵占小股东利益
东亚家族企业所有权结构的特点是家族通过绝对控股或者相对控股成为企业的控股股东，能够实质性地影响公司的经营决策。如前文所述，这种集中的股权结构有利于克服股东和管理者之间的代理问题，降低代理成本。这成为家族企业的一个重要的竞争优势。但同时这种股权结构自身也存在着严重的制度缺陷，即控股股东的责任不对称和激励不相容。在缺乏外部控制威胁，或者外部股东类型比较多元化的情况下，控股股东具有利用控制权以其他中小股东的利益为代价来获取私人利益之激励，从而对公司绩效产生负面效应，降低公司价值，并且由于不能对外部中小股东提供有效的保护，增加了公司融资的难度。
侵占小股东利益是东亚家族控制的上市公司所有权制度的内在要求。郎咸平认为，大的家族虽然可以有效地控制上市公司，但由于大家族完全没有办法分散股权集中所带来的风险，因此，只要有可能，有机会，他们肯定要从小股东那里掠夺利益。东亚家族上市公司中，低现金流所有权—高控制权的制度安排又为家族控股股东掠夺小股东提供了可能。控股家族可以以较小份额的股权从事偏离股东利益最大化目标的经营决策活动，将其道德风险行为所引发的成本大量外部化，从而实现其控制权私人收益最大化的目的。例如，控股股东具有从事高风险投资之激励，因为一旦成功，控股股东是最大的赢家。如果失败，控制者只承担部分成本。另外，控股股东有可能通过投资方案的选择、企业规模的选择、控制权转移的取舍、管理者的任命、转移价格、关联交易等手段获得巨额收益，这些收益并不按持股比例在所有股东之间进行分配，而只有控股大股东才能享有，因此，这是一种控制权的私人收益（privatebene-fitsofcontrol），是对外部中小股东的利益侵占。
家族获取控制权私人收益，必然使其他相关人尤其是小股东的利益受损。这是因为，公司可分配现金流与控制权私人收益之和可以近似地被看做是一个常量，控制权私人收益大，公司可分配的现金流就少，小股东的应得利益就会受到侵害。这种侵占小股东利益的行为使证券市场成为个别家族敛财的工具，损害了公平和公正的原则，破坏了金融市场的正常融资功能，会动摇投资者对家族企业的信心。从对公司价值的影响来看，控制权的私人收益则有可能在企业项目选择、多元化扩张、董事任命以及控制权转移等重大经营事项上产生代理成本，从而使公司偏离利润最大化目标，对绩效产生负向的侵害（壁垒）效应（entrenchmenteffect）。
五、家族企业的外部制度互补结构会滋生企业道德风险
在政府主导型经济体制和以关系为基础的信贷环境下，银行对企业信贷不但事前审查不严，而且事中和事后的监督也极不到位。由于比较容易从银行获得贷款，企业会大量借贷，负债率会普遍较高。并且，由于资金易得，在银行监督不力的情况下，家族控股股东还可能滥用贷款，盲目扩张，投资高风险项目，为自己牟利。
如果企业因此陷入困境，具有财务压力的银行为了不使过期贷款成为坏账不得不对企业发放新的追加贷款，以保证企业可以继续运转。在银行与企业的博弈中，银行的一次次救助行动不断强化着企业对银行未来也会继续追加贷款的预期，这样，在预期普遍化的情况下，银行不会坐视企业破产而不加帮助就成为一种非正式的制度，结果是，企业的道德风险更大了。由于大企业在国家经济中的重要地位，并且考虑到银行部门和企业部门的紧密联系，企业的失败会立刻对银行的稳定和生存能力产生影响，所以政府在商业周期里对企业的救助在许多东亚国家也是习以为常的事情了。政府的救助恶化了已经无力的市场约束并导致了更严重的道德风险。总之，畸形的政府、银行和企业间关系造成了企业的道德风险，其后果是企业负债率较高，容易滥用贷款，投资高风险项目，企业经营风险增大，当外部环境变化时，容易引发经营危机。