内讧之后，太平天国首义六王之中只剩下洪、石两人。石达开年方26岁，文武全才，深得天京内外全体军民的拥护，连清方一些将领对他也非常佩服。大家都认为，如果能由石达开主政，太平天国也许中兴有望。在这种形势之下，洪秀全不得不封他为“通军主将”（全军总司令），综理国政，其地位一如过去的东王。洪秀全既不得不封他，又很不放心，惟恐他把国家治理好了，会威胁到自己的天王宝座，又开始对付他：一方面重用自己两个哥哥——洪仁发、洪仁达分他的权，事事对他掣肘，使他无法放手办事；另一方面又沿用对杨、韦的老办法，想暗害他（见石达开《五言告示》初稿中的“重重生疑忌，一笔难尽陈，疑多将图害，百喙难分清”等语）。当时石达开的处境十分为难，似乎只有两种选择：一是被杀，二是杀人。所谓“被杀”，就是坐等洪秀全的“图害”；所谓“杀人”，就是杀掉洪秀全，取而代之，也就是再掀起一场内讧。对于坐以待毙，他不甘心；对于杀掉洪秀全，再引起一场内讧，他又极不愿意。于是他作出了一种出人意料之外的选择——离京出征，另图发展，继续为推翻清廷而奋斗。1857年5月底，也就是天京内讧的8个月之后，石达开离京出征。对于天京内讧的时间，我们一般只指1856年9月2日及其以后1个多月的大屠杀而言。如果说得更全面些，也可以说是从1856年9月2日至1857年5月底，因为石达开的被逼出走，也是内讧的一种表现形式——不流血的内讧。
