天京内讧所造成的巨大损失至少有三个方面：
一是人员的损失。太平天国的老兄弟、高级官员、各地投奔太平天国的人才，也可以说是太平天国的精英，十之八九死于这次内讧。从此，太平天国人才缺乏，办事效率降低。内讧之前，军事上虽然有胜有败，但是从未出现过守军举城降敌之事；内讧之后，举城降敌之事屡见不鲜。不论是军中官还是地方官，由于提职太快，混进了一些素质很差的城市地痞、游民，以致军纪废弛，迅速腐化，极大地损害了太平天国的声誉。
二是物质上的损失，包括天京内外房屋的损失、军用民用物资的损失与文物、古迹的损失。太平军打下南京的时候，并没有经过多少激战，所以损失有限。内讧一个多月，双方构筑街垒进行巷战，许多繁华街市打成一片焦土。在古迹中最令人痛惜的是被韦昌辉所炸毁的天京南门外大报恩寺的琉璃塔。大报恩寺原是南朝古寺，其中有塔，为梁武帝时所建，后毁于火。明成祖时为报母恩而重建，历时19年才完工。按《大英百科全书》记载，此塔实测高260英尺①，全部以特制的五彩琉璃砖瓦建成，在阳光照射之下，光芒四射，五彩缤纷，为他处所未见，所以有天下第一塔之称。塔外四周悬风铃152只，悬灯145盏，彻夜通明，距离南京数十里外的地方都可以望见。清朝末年，西方传教士和商人东来，必以一睹南京大报恩寺琉璃塔为快，他们称此塔为世界七大奇观之一，可与罗马大戏场、比萨斜塔媲美。可惜此塔在天京内讧中，被韦昌辉下令炸毁。韦昌辉为什么要炸琉璃塔，确实令人觉得莫名其妙。传说是有人向韦昌辉建议，为防石达开的靖难大军据琉璃塔以攻天京南门，所以最好是把它炸毁。传说并不可靠，但是韦昌辉下令“深挖塔基，埋火药轰之，霹雳一声，化为乌有”则是事实。当时的南京有民谣曰：“拆宝塔，自相杀！”这个“自相杀”自然是指天京内讧。韦昌辉的这一行动，引来一片谴责之声，有些西方人就指责太平天国是个不懂人类文明的野蛮团体，对于后来西方国家帮助清廷打击太平天国一事起了推波助澜的作用。
三是精神上的损失。内讧的后果，有些是眼睛看得见的，如几万人的无辜惨死，河里浮尸，日夜不绝；如繁华街巷成为废墟，明代古塔化为乌有。但是有些损失是眼睛看不见的，那就是精神上的损失。内讧造成了神话破产、人心涣散。过去被太平军视为神圣不可侵犯的天父、天兄竟然自相残杀起来，那还有什么神圣之可言（杨秀清能代天父传言，自然是天父的代言人；按宗教位次排列，耶稣是天兄，洪秀全是二兄，杨秀清是四弟，互相之间的关系是天兄天弟）。于是，江南一带就传出一首首的新民谣，例如：“天父杀天兄，江山打不通；长毛非正主，依旧让咸丰。”这后面两句也许是由清方文人进行修改了的，但是整个民谣所反映出来的对内讧的不满、谴责，以及带有嘲笑口吻的说法，则是显而易见的。另有一首近似的民谣是：“天父杀天兄，江山打不通，收拾包袱回家转，依旧做长工。”这就反映了许多穷人因为内讧而对太平天国彻底失望的情绪。
虽然在内讧以后太平天国还拖了8年才兵败国亡，但是这一场大内讧已经对太平天国下了病危通知书，已经决定了天国必亡的命运。在内讧之前，大家总还有那么一股进取的精神，能为一种哪怕是模糊的理想而去牺牲奋斗；内讧之后，大家的进取精神丧失了，美丽的梦想也破灭了，虽然还在行军、打仗，那只不过是混日子，苟延残喘而已。常常是各自为战，败不相救，终于在漫长的时间里把自己的力量消耗殆尽。虽有后起之秀陈玉成、李秀成的努力协调，仍然无济于事，无法从根本上扭转走向覆亡的命运。
至于对天京内讧一事有关人员的功过是非，太平天国官方都已作了结论，可供我们参考。
内讧的主要矛盾虽然在于洪、杨两人，但在内讧开始之时，杨秀清即被袭杀。不管他过去如何专权、如何跋扈，如何压制洪秀全，但在这次内讧中，他是一个毫不知情的受害者，也就是说，他是没有罪的。后来太平天国官方公开为他平反，恢复他的职衔，定他被杀的那一天为“东王升天节”（东升节），说明他是被诬告而遭到错杀，这也足以证明他的无罪。
引起天京内讧的责任在于发动袭杀杨秀清的一方，主要人物是洪秀全、韦昌辉、秦日纲、陈承 4人。洪是袭杀行动的指挥者；韦是袭杀行动的执行者；秦、陈则被指为诬告、陷害杨秀清的人。这4个人中间，除洪秀全外，其他3人都被作为罪犯公开处死，职衔永远革除。虽然在内讧以后洪秀全抓到了实权，没有人处理得了他。但在他派人持韦昌辉之头到石达开军前谢罪的时候，他自己处于什么样的地位，狼狈到什么地步，这是想像得到的。
至于石达开，他不仅没有参与内讧的任何一方，而且事后能够组织靖难大军制止自相残杀，稳住局面，及时挽救了摇摇欲坠的太平天国，当然是无过而有功。他后来的离京出征，是一种既免遭无谓牺牲又回避了再次内讧的明智的选择。他走后，洪秀全与太平天国官方一直对他“敬礼如故”，始终都说是“翼王远征”，没有人敢对他随便加以指责。洪秀全从来就愧对石达开，他根本不敢说石达开的出走是“分裂”或“叛变”。既然洪秀全都不能说这样的话，后人还去指责石达开“分裂”、“叛变”，那不太可笑了吗！
总而言之，古往今来，在任何时代，任何地方，任何集体，任何场合，内讧都是一种成事不足，败事有余，损人不利己，甚至于害人害己，最后都会令人后悔的事。正是：
从来内讧最可悲，
江山不改事已非；
煮豆燃萁窝里斗，
熏天事业化为灰。