天京内讧一事，因为缺少第一手材料，例如当时的公私文书，史实档案等等，所以真相难明。从表面上看，此事扑朔迷离，看不清来龙去脉；其实只要我们把视界放宽一点，认真探讨一下前因后果，也就不难看穿当时的许多内幕，而不会被一些表面现象所迷惑。
谈到太平天国的开国人物，我们习惯于洪、冯并称，其实这是一种误会。洪、冯只是共同传教而已。奋斗3年，在广西桂平紫荆山创立根据地的人是冯云山，洪秀全事前并不知情。所以罗尔纲先生称冯云山为“开国英雄”；《李秀成自述》中也说：“前做事者，皆南王也。”（注意一个“皆”字。）杨秀清、萧朝贵等人的入会，都是由冯云山去物色来的。当时没有洪秀全，起义的计划照样进行；如果没有冯云山，也就没有太平天国，洪秀全可能一事无成。
冯云山在根据地已经建立之后，一定要把洪秀全请来当第一把手，现成的教主，大概不外以下三个原因：
一、洪是自己的表兄，年长于己。
二、洪是创立“拜上帝会”的元老。
三、对于已有的3000会众来说，奉一位不大容易见面的神秘人物为教主，能够提高信心。
起义之前太平天国前4位领袖的宗教位次已经排定：上帝是天父，耶稣是长兄，洪秀全行二，冯云山行三，杨秀清行四，萧朝贵行五。如无外来的影响，这个位次不应再有变动。但是后来出现了冯云山被捕遣送回籍的问题，以致冯两次离开根据地长达一年多。根据地领导核心内部有了微妙的变化。杨、萧两人取得了能代天父、天兄传言的大权而威信上升，相对而言，洪、冯的威信下降。这就造成了日后这4个人宗教位次与政治位次的分离，难以保持平衡，以致引发内讧的远因。
金田起义，正号太平天国，洪秀全称天王，以宗教领袖兼任军政领袖，威信似乎上升了。但在苦战一年以后，洪秀全缺少指挥能力，处处依赖杨秀清的弱点暴露无遗，因此在永安建制之时，太平天国内部对人事进行了大调整。领导班子除了原有的洪、冯、杨、萧之外，又增加了韦昌辉、石达开两人。为了保持内部的稳定，领导班子的宗教位次不变，仍按原来的洪、冯、杨、萧次序排名，更增加了韦、石两人；为适应今后军事发展的需要，军政领袖的排列次序改为洪、杨、萧、冯、韦、石。这时候，冯云山为了保住洪秀全第一把手的地位，宁愿自己退让，从第二把手退居第四把手。可惜让步太多，除了兵权全部给了杨秀清之外，洪秀全还以一纸诏书（《永安封王诏》）说明“以上所封各王（西王萧朝贵、南王冯云山、北王韦昌辉、翼王石达开），俱受东王（杨秀清）节制”，连相权也给了杨秀清。开国英雄冯云山在领导班子中的地位下降太快，这时就已经造成了杨秀清独揽大权的局面。
攻下南京以后，洪秀全足不出户，像个木偶，一切军政大事都由杨秀清处理。我们不要以为杨秀清只是擅权而已，既然洪秀全是君，杨秀清是臣，杨秀清总得上朝请旨办事。其实太平天国另有一套制度，天王名义上虽然高于东王，其实大权都在东王手中。天王府的上朝不过是礼仪活动，并不处理国家大事，国家大事都在东王府中处理。东王府的六部尚书才是真正处理国事的高级官员。各地来的奏报必先交到东王府，由东王过滤一次，可以给天王看的才送到天王府，其余的一律自行处理。天王下的诏旨也要先交东王阅后，才能发得下去。一旦东王声称天父下凡，天王还要下跪听命，清方对于这种表演一直传为笑谈。
杨秀清的专横跋扈，使洪秀全终日惴惴不安。他惟恐一旦“事成”，杨秀清就会来收拾自己，“取而代之”。太平军第一次打破江南大营，天京解围。城里城外，到处锣鼓喧天，庆贺胜利。洪秀全顿时心情紧张，他误认为当时已是“事成”之日，与其坐等你杀我，不如冒险一逞，由我先下手为强。他暗地里开始行动，密召韦昌辉进京，对杨秀清发动袭击，点燃内讧的火药库。
杨秀清的想法和洪秀全完全不同。他对形势的看法比洪秀全清楚得多，打破江南大营只不过是一个阶段性的胜利，距离“事成”还遥远得很，他绝不会被一次小胜利冲昏头脑，所以在内讧爆发之前，东王府清静平安，一切如常，未作任何应变准备。他集太平天国军政大权于一身，手握兵符，可以直接指挥天京全城数万将士。他完全想不到会有人敢于袭击他，所以“大意失荆州”，竟让韦昌辉孤注一掷的袭击得逞，从而引发了这场空前的大内讧。
1856年9月2日，内讧爆发。韦昌辉率领的3 000人顺利地回到天京，顺利地进了城，攻入东王府，杀了杨秀清。洪秀全得到这个惊人的消息，心里的一块大石头才落了地。这本来是一件困难重重的大事，却出乎意外地顺利成功，真是十分侥幸。
内讧当夜，杨秀清即已被杀。按照一般情况，统帅已死，部下也就“树倒猢狲散”，不会再作多久的抵抗了。可是这一次内讧的情况却大不相同。杨秀清虽死，东王府的官员却顽强战斗了一个多月之久，在天京城里各街口都筑有街垒，节节抵抗。双方死伤的人数不断增加，最后估计为2万余人。太平军从广西打到南京，前后6年，长征万里，老兄弟的死伤不过4000余人；而在1个多月的内讧中，死伤人数竟有2万以上，足见内讧为祸之烈。为什么东王已死，东王部下还抵抗得如此激烈，这得从太平天国的体制上来回答问题。
洪秀全虽是国君，但只是一个象征性的元首，手中并无实权。天王府的官员不多，只办一些宗教性的集会，礼仪性的接见。太平天国的一切军政大事，全在东王府中处理。东王府才是太平天国的“实体”、实实在在的办事机构。这个机构如果不能运转，太平天国就会垮掉。比较而言，洪、韦袭杀杨秀清一个人容易，袭杀他一家人也容易，要想接管东王府这个机构却十分困难。从1 853年初太平军打进南京改名天京开始，国家大事都在东王府中处理，三年多以来从无变化。东王府的官员未必人人都迷信天父，未必人人都是杨秀清的心腹，但是一定有很多人都能做到尽职尽责，忠于职守。在遭遇到突然袭击的时候，奋起反抗，这是可以想像得到的事。天京城里大乱一个多月，混战一个多月，以致所有的精兵都死伤殆尽，这真是个令人痛心的大悲剧。
笔者并不认为洪、韦二人特别嗜好杀人，并不认为他们挑起内讧是以残杀2万余人为目的，他们的目的是夺权。夺了权之后，洪秀全还想当他的天王，韦昌辉则想代替杨秀清来执政。大杀太平天国政府官员，大杀天京军民，这对他们不会有什么好处，只能说是他们事先作了错误的估计，认为只要杀了杨秀清，群龙无首，对于东王府的部属不难收拾。不料后来冲突的范围越来越大，时间越拖越长，成了欲罢不能骑虎难下之势。他们铺开了这场内讧的大摊子，最后却收不了摊子。因为这次内讧的形式，是少数人以非法的手段（阴谋袭击）去反对去压服合法的太平天国政府实体，不杀得两败俱伤筋疲力尽是停不下来的。挑起内讧的人自己收不了摊子，最后还是靠石达开靖难之师的进京才完全制止了自相残杀，稳住了局面。
天京内讧噩耗传开，各地太平军自然悲痛万分，而又人心惶惶。为了制止天京城内的自相残杀，从覆亡的边缘上挽救太平天国，以石达开为首的一支4万人的靖难大军已在安徽组成，迅速向天京前进。靖难大军越来越近，洪秀全慌了手脚，他知道这支队伍进了天京，必然兴师问罪，追查发动内讧与滥杀无辜的责任，而应负主要责任的就是他自己和韦昌辉两人。为了求得石达开的谅解，他又暗地联络杨秀清的部属对韦昌辉发动突然袭击，杀了韦昌辉的头，派人送到石达开的军前，表示谢罪，恭迎石达开与靖难大军进京。