与上述的常规模式相比较，我们不难看出，太平天国的模式是畸形的。不仅对于神权、君权、相权、兵权未能妥为分配，而且四大权力产生复杂的交叉情况，纠缠不清，分拆不开。
就太平天国人物而言，是否可以设计出一套符合常规模式的方案，来妥为分配四大权力？可以说，作这样的设计并不困难。如果由洪秀全掌握神权与君权，冯云山掌相权，杨秀清掌兵权，这样鼎足而立，正好符合常规模式。简又文在《太平天国全史》第十七章中所拟的正是这样一个方案。他说：“洪氏创业，固以一己曾升天受命诛妖建国之神话为基础，万不容将此至高无上的神圣权威轻易落在别人之手，以致太阿倒持，为人挟制。其次，以冯氏之道德、人格、功业、才能、见识及亲情（为洪氏中表、契亲、通家及 角交），本应掌握政权为天王之宰辅（首相），而以秀清任统帅，操军权，专征伐。如是三权鼎立，而仍以教权为上，主宰全局，则后来内讧之祸庶可得免，而革命全功亦可得成矣。”
为什么做不到这一点，简氏推测其原因为：“或者洪、冯当时确受杨氏之多方挟制，实具万不得已之苦衷，而为实现革命宗旨计，故不得已而妥协让步。”
说太平天国立国之初不能妥为分配四大权力，是确有苦衷，事非得已，这个论点是不错的。但是其“苦衷”绝不止“杨氏挟制”这一项。笔者认为：不能实现理想方案的原因，至少有以下这一些：1 神权过于膨胀，本来就不利于建立常规模式。2 洪秀全缺少从政经验，掌握不住君权。3 对杨、萧实力派让步，冯云山放弃了相权。4 既有能力，又有野心的杨秀清不满足于只掌兵权。
因此，太平天国对于四大权力的分配模式就逐渐形成一种古所未有的畸形模式：1 神权明归于洪，实归于杨。2 君权虽归于洪，已被架空。3 相权全部归杨。4 兵权全部归杨。
这样的模式不能使各种权力起到互相配合而又互相制约的作用，只能使被架空的洪秀全时时受制于人，使洪、杨之间事事皆可能发生摩擦，无法维持一个稳定的局面。即使暂时勉强维持，其中不稳定因素逐渐增长，也就是内讧危机，与日俱增。
冰冻三尺非一日之寒，太平天国四大权力的复杂交叉绝不是一时的处理不当，而是长期形成的。我们现在不妨回溯一下其形成的过程。
在当时的紫荆山根据地，洪、冯是外来的，杨、萧是本地的。洪、冯的手中只有宗教上的号召力量，而杨、萧手中有群众、有实力。天父天兄下凡事件发生之前，洪、冯享有全部神权，足以号召群众，杨、萧必须服从；但是天父天兄下凡事件发生之后，神权已为双方所共有，杨、萧实力大增，洪、冯必须作适当的让步，双方的权力始能取得平衡，以利合作。从金田起义到永安建制，双方一直保持相对的平衡，是由冯云山精心设计而取得的。试看他们双方的位次。1 宗教位次：洪（天父第二子）、冯（天父第三子）、杨（天父第四子）、萧（帝婿）；2 政治位次：洪（天王）、杨（东王）、萧（西王）、冯（南王）。
颇有远见的冯云山既然能够“谋立创国”，就不会不考虑到四大权力分配问题。但是力求双方保持平衡更是当务之急。不取得暂时的平衡就难以真诚合作，难以发动起义，就是发动了也难以进行下去，因此他不得不把精力首先放在保持平衡的工作上。至于四大权力的合理分配固然十分重要，还可以在日后徐图补救。可惜，后来局势的发展他已难以控制，四大权力的复杂交叉愈来愈严重。就是冯云山不早死，他也无法力挽狂澜。
在四大权力中，最早出现交叉的是神权。洪秀全作为教主，本应掌握完整的神权，这是不应该有争议的。可是出乎意外地发生了杨、萧代天父天兄传言的“奇迹”，这样，神权的交叉首先出现，即由洪、杨、萧三人共掌神权。平时，洪是教主，高于杨、萧；天父下凡之时，杨高于洪、萧；天兄下凡之时，萧又高于洪、杨。三人分掌神权，上下尊卑，随时变化，交叉关系，极为复杂。萧战死后，交叉关系似乎简化；其实洪、杨矛盾更加激化。后遗症不仅难以挽回，而且症状越来越重。
其次谈到兵权。金田起义之初，不管实力掌握在谁的手中，从形式上看，还是洪秀全自掌兵符。辛开元年（1851）七月十九日洪秀全在茶地发布的《行营铺排诏》，规定了前、后、左、右、中五军主将的职权，仍由洪秀全本人发号施令。而《天命诏旨书》收录此诏时，却加上这样的附注：“此是前时行营铺排如是，今宜听东王将令。”这就是说，已经把兵权正式授予杨秀清了。为什么会作此决定，只能有两个原因：其一，洪秀全自知指挥能力不如杨秀清，自愿交出兵权。其二，实力在杨秀清手中，洪秀全指挥不灵。二者必居其一，或者兼而有之。总之，兵权是由洪秀全公开授予杨秀清的。从此以后直到天京内讧为止，杨秀清独掌兵权，发号施令。在封建社会中，手握兵权的大将在战略问题上也得请示君主，不敢自专。所谓“将在外，君命有所不受”只是特殊情况，不是正常现象。而杨秀清此后指挥作战，一切都是自己做主，愿意奏报洪秀全才奏报，不愿意就不奏报，成了“将在内，君命有所不受”。这就造成了兵权侵犯君权，兵权和君权有所交叉。
再次谈到相权。在中国的封建社会中，皇帝尊重相权，给宰相一定的权限，让他独立工作，这比一切事情都由皇帝自己决定要好得多。大致是：皇帝是国家元首，是“权”的主体；宰相是政府首脑，是“能”的班子的负责人。处理日常政务，由宰相执行，对皇帝负责。罗尔纲先生说太平天国是“军师负责制”，军师也就等于宰相。前期军师虽有四人，但是实权只在左辅正军师杨秀清手中，其他三人挂名而已。金田起义之时，是“军事第一”，杨秀清虽已受封为左辅正军师，没有什么国家政务需要处理，还无所谓相权不相权。永安建制之时，国家粗具规模，就有把相权与兵权分开的必要。这时，洪秀全在《永安封王诏》中说“以上所封各王（西王、南王、北王、翼王），俱受东王节制”，正式把太平天国的相权授予杨秀清。这种“节制”诸王，“管治”“各国”之权，只能理解为相权，至少是接近于相权。封建社会的宰相虽有一定的相权，但是只能以皇帝的名义管治臣民，不能以自己的名义管治臣民。而太平天国“传檄天下”之时，竟以军师的名义发布，而不以天王的名义发布。定都天京以后，杨秀清又常以自己的名义发布文书，管治臣民。这就造成了相权侵犯君权，相权和君权有所交叉。
最后谈到君权。太平天国的君权实在小得可怜，它首先要受到神权的制约。因为天父下凡可以指挥一切，从国家大事到君主本人的私生活。其次又要受到兵权与相权的侵犯，实权已被剥夺殆尽，仅剩一个虚名。从这种意义上来讲，洪秀全的确是一位货真价实的“虚君”。
从四大权力的分配来说，洪、杨两人的交叉情况是：杨掌握了神权、君权的实权，兵权、相权的全部；洪只保留神权、君权的虚位。从洪、杨两人之间的关系来说，也存在复杂的交叉。从政治上来说，洪是君，杨是臣，二者是君臣关系；从宗教上来说，洪是二兄，杨是四弟，二者是兄弟关系；在天父下凡的奇迹出现之时，杨是父，洪是子，二者又是父子关系。这些形同儿戏的荒唐的复杂的交叉关系，竟然是真正的历史事实，内讧的大悲剧，正是由这种复杂的交叉关系所引发的。