黄巢在长安的时间一共是两年又五个月。在这两年多，长安老百姓是在大齐王朝的治下；在这之前与这之后是在大唐王朝的治下。究竟是哪一家好一点，长安的老百姓应该是“如人饮水，冷暖自知”。当然，专制王朝都是压迫老百姓、剥削老百姓的，都不是什么好东西。但是，两害取其轻，认真比较一下，还是会比得出一个结果来。
在黄巢初进长安之时，老百姓听了尚让的宣传，见到黄巢部下的士兵还有接济穷人的行动，对“黄王”的印象还很不错，大家高高兴兴，但愿从此安居乐业。但是仅仅过了三四天，大齐王朝的军纪维持不住了，烧杀淫掠的事情逐渐增多，黄巢并非不管，而是管不住。老百姓当然失望。紧接着就出现了粮荒，饥饿更使混乱加剧，黄巢束手无策。881年3月，尚让出兵进取凤翔，遇伏大败，逃回长安。唐军跟踪追击，直抵长安城外。在皇宫里过了几个月神仙生活的黄巢这时已经变得十分虚弱，一听说唐军打到城下，六神无主，手足无措，立刻带领一部分随从弃城逃走。城中一片混乱，少数唐军乘乱攻入城中。老百姓听说“官军”进城，纷纷欢呼迎接。可是这些“官军”也不争气，进城之后，不顾百姓的欢迎，立即抹下脸来，大抢金帛妇女，引起一场大乱。因为这一乱，黄巢及其部下才发现进城的唐军人数很少，于是又从城外杀回，两军大战于闹市之中，逢人便杀，遇屋就烧，在一片大火中间，满街都是尸骸，道路完全堵塞。黄巢回宫，对于百姓欢迎唐军一事，切齿痛恨，下令“洗城”（也就是屠城）。屠城之后，未死的老百姓纷纷逃入深山，筑寨自保，苟延性命，谁也不再种田。黄巢的部下困守在长安城里的，只好“以人为食”。当时唐军四面合围，城中无粮，鼠雀俱尽，长安城里这种“以人为食”的局面居然延续了一年多，真是惨绝人寰的大悲剧。
883年年初，各路唐军和李克用所率领的沙陀兵共同围攻长安，黄巢部下屡战屡败。这年4月，黄巢狼狈逃出长安，临行之前，下令纵火，千年古都，一炬成灰。黄巢经过蓝田，进入河南，目标是他的老家山东。对于打仗，黄巢并不内行，但是对于逃跑，他是颇有经验的。每逢进了城池，他们总是尽量掠夺金银珍宝；一旦打了败仗，又把这些金银珍宝沿途抛弃，以阻追兵。因为追兵只顾拾取和争夺财物，就无心穷追他们了。经过一年多的逃跑，黄巢部下逐渐散去，到了884年6月，抵达山东兖州之时，只剩千人左右。众叛亲离，势穷力蹙，他实在无路可走，只好逃进了泰山东南的狼虎谷。他最后是怎么死的，说法不一。有的说法是：他的外甥林言杀了他去请功。但是唐军不接受这种请功，把林言也杀了，提了他们的头一起去报功；有的说法是：黄巢是自杀身亡。