在多级法人治理结构下，子公司的产权多元化决定了子公司的独立法人地位。在集团过分看中规模扩张理念支配下，子公司不仅工商注册登记为独立法人，实际运营也完全是独立法人的模式。子公司的独立法人表现为各子公司独立的财权、物权、人权等，每个子公司都有独立银行账号及独立财务管理权、独立员工招聘和人事管理权、独立的采购权、独立的员工工资福利等。与此相适应，每个子公司都要设立财务、人事、行政、经营等部门。各子公司权力的独立，虽然节省了母公司总部的管理成本，却使控制权与利益向子公司层面不断下移与扩散。
一、子公司经理人对本公司所使用资源的实际控制
无论母子公司的链条如何延伸，子公司都只能是使用资源的一个环节。但是，随着子公司经理人完成对本公司所使用资源的实际控制，子公司不仅是使用资源，而且也控制资源，子公司成为资源控制权与资源使用权合一的一个交易平台。
1.子公司经理人通过偏离总部指令或有折扣执行总部指令而完成对子公司的控制
为扩张规模而设立的子公司尤其是异地子公司，主要是依托子公司经理人而经营及控制。子公司独立的财权、物权、人权等，直接体现为子公司经理人的财权、物权、人权等，子公司经理人成为权力尤其是管理这一级次子公司权力的象征，与权力相关联的资源，要通过子公司经理人行使的权力进行使用及配置。集团公司在设立各子公司时，无论形式上还是实质上都要求各子公司要按总部的指令进行资源的使用及配置，子公司占用的资源仍然隶属集团公司。在子公司设立之初，各子公司基本上能够按总部的指令使用及配置子公司所辖的资源，随着子公司规模扩大，子公司所辖及其在母子公司体系内可以使用的资源越来越多，子公司经理人往往运用手中的权力使子公司的资源使用及配置稍稍偏离总部的指令，或者是有折扣地执行总部的指令，由于信息尤其是财务信息不对称，这种偏离或折扣不易引起总部的察觉。如果总部职能部门管理人员岗位素质较低或责任心欠缺，子公司经理人对总部指令执行中大力度的偏离或折扣，也不能引起总部的注意。正是这样一种由小到大的偏离或折扣，子公司经理人逐渐完成了对子公司所使用资源的控制，成为子公司所辖资源的实际控制人。对子公司资源的实际控制，也就变成了对子公司的实际控制，无论子公司的股东是谁，无论集团是不是子公司的大股东，子公司已经脱离了集团的控制。当然，子公司经理人完成对子公司的实际控制后，顾忌子公司的法律形式及法律上的保护，不可能再去追求完全法律形式的控制，只是通过实际控制来实现个人动机。当然，动机并不一定完全都是个人物质利益，有时也可能是子公司经理人利用这种实际控制来实践个人的管理理念或管理意志。
2.子公司资源使用权与资源控制权的合一降低了资源配置效率
在子公司经理人按照总部指令进行运营或者完全按照集团发展战略进行运营的条件下，子公司仅仅拥有的是资源使用权，但是，随着子公司经理人对本公司所使用资源的实际控制的完成，子公司同时具备了资源控制权，子公司资源使用权与资源控制权的合一，大大弱化了总部的控制能力。子公司资源使用权与控制权的合一，在母子公司体系内产生两个方面的负面效应：其一，子公司间接或直接地拒绝执行总部的指令，导致集团的资源配置战略无法实施。大多数情况下，子公司不会直接对抗总部的指令，但是，在实际运营中子公司经理人可以通过权力的调控使总部的指令达不到预期的结果；只有在子公司经理人公开与集团反目以后，子公司才可能直接对抗总部的指令。其二，子公司的资源与集团母子体系以外的资源进行配置，导致集团的部分资源闲置。子公司资源使用权与资源控制权合一后，子公司经理人可以控制子公司执行自己的决定或决策，直接在母子公司体系以外寻找替代资源比如原料采购、销售网络等，而且这一过程往往是私下完成的，等到总部发现时，总部几乎已无能力再调控。
二、子公司管理人员与员工利益的统一与强化
在子公司具有相对独立人事权的条件下，子公司管理人员与员工工资福利的不断增加，不仅加大了劳动力成本，降低了资源使用效率，而且容易形成子公司骨干员工与经理人的结盟，弱化总部对人力资本的控制力。
1.增加收入的无形压力与内在冲动导致了子公司管理人员与员工利益的统一
子公司独立的财权、物权、人权等的模式，往往也被分公司所采用，当然，对分公司主要是让其与子公司一样，具有独立员工工资福利权。在子（分）公司具有招聘员工并自行决定员工工资福利条件下，一方面行使实际控制权的子（分）公司经理人会把与自己有血缘关系甚至其他关系的社会成员录用到公司，形成并加大个人控制的势力范围；另一方面独立的员工工资福利权会使子（分）公司经理人不自觉地逐渐提高劳动力成本。应该说，大多数子（分）公司经理人管理的本能是通过提高收入而刺激公司员工的工作积极性，而这样一种管理本能往往产生两个方面的效应：其一，本公司的员工会不断比较母子公司体系内其他子（分）公司员工的收入，形成员工驱使经理人不断增加员工收入的无形压力；其二，经理人的收入会随着本公司员工收入的增长而增长，导致经理人自身也有不断增加本公司员工收入的内在冲动。员工要求增加收入的无形压力与经理人增加员工收入的内在冲动，实现了子（分）公司管理人员与员工利益的统一，在统一利益下，经理人的行为是受到员工理解与支持的，即使经理人的行为损害了集团利益，员工也是容忍与认可的。内部人利益的统一进一步强化了子（分）公司经理人实际控制力，无论子（分）公司是否产生收益或是否创造价值，首先要保证内部人利益。因此，在集团母子公司体系内，利益会随着母子公司链条的延伸不断向子公司层面下移并向各子（分）公司扩散。
2.管理人员与员工的结盟会日渐弱化公司意志的作用
利益的统一尤其是子（分）公司内部人利益被不断强化后，管理人员与员工尤其是骨干员工会形成结盟。虽然集团公司价值观的导向是以公司意志替代个人意志并用公司意志改造员工行为，但是，在子公司经理人完成了对子公司的实际控制后，往往影响子公司员工行为的不是公司意志，而是子公司经理人的个人意志。大多数子公司经理人都清楚，实现子公司资源使用权与资源控制权的合一，只是对子公司的初步控制；只有实现了对员工尤其是骨干员工的控制，才能实现对子公司真正的完全控制。因此，子公司经理人会有意识地、自觉地用个人意志影响其所管理的员工。即使公司意志仍然可以发挥作用，但是由于子公司经理人与其手下员工的近距离的接触，并辅之以权力使用，必然导致公司意志的作用日益弱化。在母子公司链条的延伸中，各子公司经理人的个人意志在各子公司的作用越大，公司意志的作用就越小。可以说，个人意志替代公司意志并发挥作用是一个缓慢过程，但是，这一缓慢过程比各子公司效益缓慢下降的过程带来的后果更严重，产生的风险更大。许多集团公司因不可控因素而出现危机时，大多数员工跟随子公司经理人反叛的现象，就是子公司经理人个人意志缓慢替代公司意志的结果。