对于封建君主专制的批判，是黄宗羲学说的核心部分，《明夷待访录》就是代表他的社会政治思想的一部力作。“明夷”是《易经》中的一个卦名，离下坤上，象征着希望。卦辞为“夷之初旦，明而未融”，黄宗羲借用“明夷”表明对现实的认识，从周敬王甲子年到现在，都在一乱之运，是黎明前的黑暗时期，而“大壮”的太平盛世就像黎明曙光已经从黑暗中隐隐薄出。“待访录”是借用箕子受到周武王见访的典故，表示对“大壮”时代到来的信心与热切期待，并暗示他的学说必将有用世之时，作此书是为了等待着人们的访问。
《明夷待访录》全书共21篇，重点在《原君》《原臣》《原法》《置相》《学校》等篇。在这些文章中，黄宗羲突破了纲常名教的束缚，提出“天下之治乱，不在一姓之兴亡，而在万民之忧乐”；专制君主“荼毒天下之肝脑，敲剥天下之骨髓，离散天下之子女，以奉我一人之淫乐”，“然则为天下之大害者君而已矣”！他说，在上古时代，君主的最初确立，是由于天下兴“公利”、除“公害”的需要，有人“不以一己之利为利，而使天下受其利；不以一己之害为害，而使天下释其害”，于是被人们推戴为君主。君主与万民的关系是“以天下为主，君为客”，君主所做的一切都是为了有利于天下人民。随着封建专制主义的发展，这种关系颠倒为“以君为主，天下为客”，君主“以为天下利害之权皆出于我，我以天下之利尽归于己，以天下之害尽归于人”。这样，君主实际上就成为天下人民的大害。“向使无君，人各得自私也，人各得其利也”，因此，人们怨恨君主是应该的，把君主看成寇仇，称为独夫，也是应该的！“岂天地之大，于兆（一万亿）人百姓之中，独私其一人一姓乎？”
黄宗羲对封建君主专制的否定是大胆的。梁启超曾就此评论说：“此等论调，由今观之，固甚普通、甚肤浅；然而在二百六七十年前，则真极大胆之创论也。”的确，在封建君主专制根深蒂固的时代，这种言论如千钧霹雳，猛烈地冲击了黯然窒息的思想界，成为中国民主思想的先声。
在批判君主专制的基础上，黄宗羲提出了自己的社会改革方案。他主张实行虚君制，扩大宰相职权，设立政事堂，下设吏房、枢机房、兵房、户房、刑礼房。政事堂及五房任用新科进士及待诏者作为办事人员。宰相由德才兼备的人担任，职务不能世袭，他可以以平等的地位与君主讨论国家大事，可以规劝和批评天子的过失。宰相权力大于君主，凡经宰相批准的决定，可以直接下达执行。
黄宗羲还提出以学校为议政机关的设想，认为学校不仅是为了培养人才，而且应该成为独立的舆论机关。根据这一设想，最高学府中的长官祭酒“其重与宰相等，或宰相退而处之”，祭酒可以当面直指朝政得失，“政有缺失，祭酒直言不讳”。这样，学校就在政治上具有判定是非的最高权力，“天子之所是未必是，天子之所非未必非，天子亦遂不敢自为非是，而公其是非于学校”。各地方郡县学官，也应请著名学者担任，他们对地方官同样有批评监督之权。每月初一、十五学官讲学，地方官应“就弟子列”。如果地方官政事上有过失，“小则纠绳，大则伐鼓号于众”。这样学校就成为名副其实的议政机关，颇类似于后来西方资产阶级的议会制。尽管这一设想在当时不可能实现，但却具有反对封建独裁的进步意义。
黄宗羲还对专制主义法制提出批评，明确提出三代以下无法，因为这种法把天下福利藏在筐箧之中，从不考虑百姓的利益与幸福。这种法“不过是一家之法，而非天下之法”。真正的法应当不为一己而立，一切为天下百姓的利益，人们的地位不分朝野应一律平等。黄宗羲认为只有打破封建君主的一家之法，才能产生公天下之利的“天下之法”。“有治法而后有治人”，只有建立正当的法制，并选贤任能，依法办事，才能达到天下大治。
在经济上，黄宗羲主张授田于民，并提出了“工商皆本”的思想。他主张平均政府支配的“官田”，每户授田50亩，剩余部分“听富民之所占”。应当说，在长期“重本（农）轻末（商）”的思想束缚下，“工商皆本”的经济主张表现了黄宗羲的远见卓识，反映着时代前进的要求。
在教育及选官制度上，黄宗羲反对八股取士，主张实行广开才路，任人唯贤，反对桎梏人才的用人制度。在教学内容上，他十分强调要重视实践，要学习自然科学等。
黄宗羲的思想主张，反映出一个时代的大转折，代表了明清之际我国江浙一带资本主义萌芽的新思想。与黄宗羲同时的思想家顾炎武致信黄宗羲说：“大著《明夷待访录》读之再三，于是知天下之未尝无人，百王之敝可以复起，而三代之盛可以徐还也。”
时间推移到200多年后的戊戌变法时期，一直被清代列为禁书的《明夷待访录》成为维新变法的兴奋剂。“梁启超、谭嗣同辈则将其书节抄，印数万本，秘密散布，于晚清思想之骤变，极有力焉。”即使在资产阶级民主革命时期，资产阶级知识分子也仍把黄宗羲的《明夷待访录》及其民主思想，作为反对封建专制主义的重要思想武器。
1695年，黄宗羲以85岁高龄与世长辞，生前曾留下遗嘱：不更衣服，死后即敛，一被一褥，安放石床，不用棺椁，不做佛事，不做七七，凡鼓吹巫觋铭旌纸幡纸钱一概不用。这一遗嘱充分体现出黄宗羲高尚的情操和大无畏的战斗精神。