出于对祖国和民族的责任感，黄宗羲隐居家乡即“毕力于著述”，总结历史经验教训，探讨经世学问，整理祖国文化遗产。这以后，他曾多次回绝了清政府的礼聘，终身不仕，表现了一个爱国志士的民族气节。为悉心著述讲学，黄宗羲对所有庆吊吉凶礼节尽皆废除，就连两个女儿也拒之门外。他学识渊博，著述宏富，据余姚梨洲文献馆统计，计其著作约为72种，1300多卷，内容涉及史学、政治、哲学、经学、数学、地理、天文、历法、音乐、诗文等各个方面。
黄宗羲在史学上的独特贡献，在于他编著了中国历史上第一部系统完善的学术思想史——《明儒学案》。这部著作对明朝近300年间各个学派学术思想的发展经过，每个学派的时代背景、代表人物、学术宗旨，都作了介绍和评论。在编写《明儒学案》的基础上，他接着撰写《宋元学案》，但未能完成。后经黄宗羲幼子黄百家及史学家全祖望等人继续修订、整理，成书100卷。《明儒学案》和《宋元学案》均被收入《四库全书》，成为后人研究宋元明思想史和学术史的必读之书。黄宗羲写这两部著作不仅为后代留下宝贵的思想资料，而且开创了尊重事实、注重实用、反对空疏、强调实践（践履）的良好学风。
黄宗羲的哲学思想，大都见于《宋元学案》和《明儒学案》，主要有两个方面。一方面，在理气问题上，宣扬“理在气中”的唯物主义观点，批判了宋儒程朱学派的客观唯心主义；另一方面，他又接受王阳明“心外无理”的主观唯心主义，宣扬“一切皆心”，认为世界是气的世界，又是心的世界，心才是最高实体，坚决反对“理在心外”的唯物主义观点。从这里可以看出，他的哲学思想摇摆于唯物主义与唯心主义之间。在中国哲学发展史上，他的思想是主观唯心论向后来的唯物论过渡的重要环节。