龚自珍把他所处的衰世比作一个全身长满疥癣的人，大发议论说：“人有疥癣之疾，则终日抑搔之，其疮痛，则日夜抚摩之，犹惧未艾，手欲勿动不可得，而乃卧之以独木，缚之以长绳，俾四肢不可以屈伸，则虽甚痒且甚痛，而亦冥心息虑以置之耳，何也？无所措术故也。”
为挽救这种衰世，龚自珍疾呼“更法”“改图”。他在《尊隐》一文中以寓言的形式将统治者所在的京师比作行将崩溃的“鼠壤”，与之对立的有一种“天地为之钟鼓，神人为之波涛”的“山中之民”，一啸百吟，将要起来冲破清王朝统治的堤岸。他希望统治者能够振作起来，“一祖之法无不敝，千夫之议无不靡，与其赠来者以劲改革，孰若自改革？”龚自珍认为造成社会黑暗的一个重要原因是“政要之官”昏庸腐败，不务国政。因此主张“裁损吏议”，特别对于那些贪官污吏要坚决革职，对于极为恶劣的要像捕捉熊罴鸱鸮豺狼一样捕杀之。
在中国，有所谓“天不变，道亦不变”的形而上学思想；长期为腐朽的封建统治者所拥护，“祖宗之法不可变”的思想已经在人们头脑中根深蒂固。因此，龚自珍呼吁改革，必须先寻找一种有权威性的理论，给改革的主张披上一件合法的外衣，使自己的改革主张立于不败之地。28岁的龚自珍从著名公羊学派学者刘逢禄那里接受来了“公羊学”，并以此作为改革的理论武器。
“六经”（《诗经》《书经》《礼经》《乐经》《易经》《春秋》）是封建社会法定的儒家经典，阐发“六经”的工作叫“经学”。“经学”是中国封建统治学说的总称，是中国封建社会学术研究的主体。自汉代以来，这“经学”内部存在不同的学派：古文学派，偏重于“名物训诂”，特色为考证，流弊为繁谈；宗学派，偏重于讲“心性理气”，特色为玄想，流弊为空疏；今文学派偏重于“微言大义”，特色是功利，流弊为狂妄。在三个学派中，孔子分别被认为是史学家、哲学家、政治家，而“六经”又分别被认为是孔子整理古代史科之书，孔子载道之具，孔子政治之说。在龚自珍那代，宋学派、古文学派受统治阶级优宠而成正统，龚自珍的长辈及青年时代的自己本是古文学派（考据派），但进入中年后，从宣传其社会批判与社会改良思想出发，他改而赞成今文学派，即认为孔子是政治家，要在孔子等先圣著作中探求政治斗争的“微言大义”，从那里获得议政的理论依据。
最受今文学派重视的儒家经书是《春秋》，最受重视的解释《春秋》的典籍是据说由公羊高传写下来的《春秋公羊传》，因为该书对于史实的记叙少，而大力阐发孔子的政治思想。公羊学曾在汉代衰微，清代重新兴旺，一批眼光敏锐的学者企图在学术研究中找出一条挽救社会危机的道路，通经致用。龚自珍就是在这时向刘逢禄学习“公羊学”的。
刘逢禄，字甲受，江苏武进人，当时任礼部主事，著有《春秋公羊经何氏释例》等书。龚自珍被他们的高言快论所倾倒，被今文学派公羊学的“经世致用”观点所折服，而决定“从君烧尽虫鱼学，甘作东京卖饼家。”因为当时古文学派搞考据训佐之学，往往钻到鸟兽虫鱼等琐碎事物解释中去，故被讥为“虫鱼学”，而东汉时有人把《春秋公羊传》讥讽为“卖饼家”，是被人瞧不起的。龚自珍的此两句诗显示了他寻找到了自己需要的理论武器时喜悦痛快的心情。
龚自珍从“公羊学”那里接受的议政的思想武器主要包含着辩证发展观点的历史观：“张三世”“通三统”“绌周王鲁”“托古改制”的观点。即认为历史是按照“据乱世”“开平世”“太平世”3个阶段，循环向前发展的，任何一个王朝如果不能明修政治，都会衰败而被新兴的王朝所替代，中国古代的夏商周三个王朝的改朝就是如此。孔子编写《春秋》的目的，是通过记叙鲁国的历史来贬绌衰亡的周朝，尊崇新兴的鲁国，宣扬政治变革思想。因此，“公羊学”的这种观点尽管有历史循环论的缺点，但毕竟能支持龚自珍去批判现实，支持他改革现实，为他所欢迎。早在他青年时代所写的《乙丙之际箸议》第九和《尊隐》的议论里，已有这一观点的初步运用，但在学习“公羊学”之后，这种观点才理解运用得更加透彻与明确，成为他呼吁改革的理论基础。
龚自珍第二次参加会试落第之后，以举人资格任“内阁中书”之职，当时的“内阁”仅是个起草一般诏令，批答一般奏章，抄录和保存文件档案的事务性机关，没有什么实权。“内阁中书”的品级很低，为“从七品”。
但是内阁大库有丰富的藏书，内阁官员可以随便翻阅，龚自珍对这些典籍和档案资料很感兴趣，经常进库阅读，甚至带去蜡烛，挑灯夜读。他如此勤奋阅读，是为了深入了解世情民隐，熟悉政治、经济、文教等方面的各种典章制度，以便自己议论时政、提出改革方案时，做到有的放矢、切实有效。
龚自珍很注意从经济角度探索衰落的根源和设计社会改革的方案。在他看来，先有经济，特别是先有农业生产，然后才有国家和礼乐、刑法等制度，因此，要治理好国家先得从经济改革下手。
龚自珍早在25岁时，就写有《平均篇》一文，认为一个朝代的兴起，财富分配一定比较均匀，帝王取一孟（大碗），大臣取一勺（大勺），众民取一卮（小酒盅），大体相齐。而财富高度集中，贫富悬殊，这个朝代就会衰亡。他认为当前的情况是两极分化很严重，民怨沸腾，动乱四起，统治者面临“丧天下”的危险。因而他主张用损有余以补不足的办法解决社会危机，维持不引起动乱的大体“平均”。所以，他说：“有天下者，莫高于平之之尚也。”
七年之后，龚自珍对“平均”的具体办法，有了进一步的考虑，写了《农宗》一文，提出反对土地兼并引起贫富不均的改革建议。我们知道，清军初入关时，各族统治者疯狂掠夺土地，清政府还颁布了圈地令大规模占地，引起直隶人民的强烈反抗。失去土地的农民生计困难，当然就引发起义。于是龚自珍“渊渊夜思”，考虑“定民生”的方案，就不能不首先筹划土地分配办法。
在《农宗》中，龚自珍主张按封建宗法关系分配土地。他把每个家族中的人划分为大宗、小宗、群闲和闲四个等级，按等级分配土地，四个等级继承父田的亩数依次减少，他还以为佃户也是必须有的。龚自珍希望用这样的办法限制土地兼并，使各封建等级安于本分，互不侵犯，且把无地农民吸引为佃户，固定在故乡的土地上，解决当时已经突出的流民问题。这样在其他人维持温饱的基础上，保持血缘的长子在经济上的绝对优势，从而保证等级制社会秩序的稳定。
很明显，龚自珍的土地分配方案不是把中国向前推进到资本主义，而是企图用落后的宗法制来维持封建主义，并没有触动地主阶级土地占有制，与农民阶级的均田思想有本质不同。因而，它的价值不在于它能真正实行，而在于它的矛头指向官僚地主兼并势力，反映了群众要求限制土地兼并势力以解决社会危机的愿望。
在龚自珍那个时候，新疆天山南北的广大地区还是叫“西域”。自17世纪以来，那里先后发生了好几次少数民族分裂主义者的叛乱，不过都被清政府平定了。如1690年，新疆天山北路准噶尔地区的漠西蒙古贵族噶尔丹，在俄国唆使下，公然向康熙帝提出“圣上君南方，我长北方”的狂妄要求，并发动反对清朝中央政府的战争。1695年，噶尔丹在俄国支持下，又沿克鲁伦河东下，大举内犯。这两次叛乱被康熙帝率兵平定。1755年，在俄国支持下，控制新疆准噶尔部的反动贵族陈睦尔撒纲发动叛乱。1758年，新疆天山南路的维吾尔族反动贵族大和卓木和小和卓木发动叛乱。这两次叛乱是乾隆帝派兵镇压的，并在其后重新统一新疆地区。从1762年开始，清朝在新疆设伊犁将军，统治天山南北两路，又在新疆各地驻扎军队，设置哨所，加强西北边防。
但由于新疆地处边陲，情况复杂，一直到19世纪20年代，清政府对新疆只满足于一般的军事管理，地方实权仍掌握在当地少数民族上层贵族手里。这种情况对于清政府巩固多民族国家，以便抵御俄国等西方国家的侵略是不利的。
对于这样的军国大事，一般知识分子避而远之，以全其身。龚自珍不过是一个小小的内阁中书，却在刚入阁的那年（1820年）写了《西域置行省议》，向朝廷提出一整套在新疆建省、开发新疆、巩固西北边际的建议，显示了他的宏谋远略。
首先他肯定新疆是中国的版图，认为清代历朝皇帝西向用兵开拓西边、平定叛乱，是完全正确的。接着他认为朝廷当今的任务是在已有武功的基础上，采取种种措施大力开发新疆，有效治理新疆，使之安定繁荣，不能再消极地等叛乱发生再去征讨。为此，他提出了许多具体建议：
一是“移民”。把内地过剩的人口“招募西徙”，去开发新疆，增加财富，培养国基。二是“置省”。新疆要建省，成立各级政府，任命各级官员，龚自珍还因地制宜，详细提出行政区域的划分、各州府县的名称、各级官员的名额和驻地。三是“施政”。包括军事、农垦、财政、文教等方面的政策措施。军事方面，强调督察，农垦方面强调改屯丁为民户，财政方面强调保护当地生产，文教方面强调重视教育。
在文章最后，龚自珍的“自己”说，字字句句显示了他是多么希望自己的一片议政苦心能为当政者理解，把字面上的东西付诸实践啊！
当《西域置行省议》定稿时，新疆又发生了张格尔叛乱，英国派间谍充当张格尔的顾问，并向他提供新式武器，驻守新疆的清军兵力不足，嘉庆帝急忙远距离调军镇压，龚自珍认为这样劳师糜饰，不明智，更急于把自己主张“以边安边”的《西域置行省议》交给有权处理边事的官员“付诸实施”。