嘉庆十八年（1813年），河北、河南、山东等地爆发天理教农民起义，有一支起义队伍竟然里应外合，攻打进戒备森严的紫禁城。嘉庆帝大为光火，颁谕旨斥责百官昏庸无能，没有良心。龚自珍因此写出有名的政论文章《明良论》，对嘉庆帝的谕旨进行了针锋相对的批驳。
1813年上半年华北地区大旱之后又大雨，天理教两地首领见时机已到，决定起义。却因首领之一李文成被捕，起义提前，而又来不及通知另一首领林清，使其也被捕等原因导致起义失败。起义虽然失败了，但它沉重打击了清王朝，起义爆发时山东等地也纷纷起兵响应，可见刀光剑影对封建统治造成的威胁。为此，嘉庆帝在起义爆发后由热河赶回京城途中下达的《罪己诏》中表示要“返躬修省，改过正心，上答天慈，下释民怨”，但是他把引起农民起义的责任全推在群臣身上。
事实上，清朝统治机构臃肿庞大、官吏昏庸无能、吏治腐败是引发农民起义的根本原因，也即根子还是在皇帝那里。例如，乾隆帝好大喜功，喜欢臣下奉承，这就为官员们以孝敬皇上为名进行贪赃枉法创造了条件。
面对这样的形势，22岁的龚自珍写了著名政论《明良论》（共4篇），针对嘉庆帝的《罪己诏》提出自己的异议，用传统说法立论，从“君不明因而臣不良”的角度探索动乱的根源，批判吏治腐败的同时，也批判君主专制。
例如，在《明良论》二里，龚自珍说当今读书做官的人，官当得越久，精神面貌也越卑下，各种恶习就越顽固，龚自珍特别对官员们无耻的心理活动进行了揭露。
今政要之官，知车马、服饰、言词捷给而已，外此非所知也。清、暇之官，知作书法、赓诗而已，外此非所问也。堂陛下之言，探喜怒以为之节，蒙色笑，获燕闲之赏，则扬扬然以喜，出夸其门生、妻子。小不霁，则头抢地而出，别求夫可以受眷之法，彼其心岂真敬畏哉？问以大臣应如是乎？则其可耻之言曰：我辈只能如是而已。至其居心又可得而言，务车马、捷给者，不甚读书，曰：我早晚值公所，己贤矣，已劳矣。作书、赋诗者，稍读书，莫知大义，以为苟安其位一日，则一日荣，疾病归田里，又以科名长其子孙，志愿毕矣。且愿其子孙世世以退缩为老成，国事我家何如焉？
文中龚自珍不仅形象细致地刻画了这些官员的无耻，而且指出这是君主专制的结果，君主要巩固自己的独裁地位，势必就要摧残官员的廉耻之心，使之变成听命的奴仆。
君主专制造就昏庸无耻的官吏，昏庸无耻的官吏维护着君主专制，这样的国家政治怎么会不腐败？对此，龚自珍作了这样一个比喻：
人有疥癣之疾，则终日抑搔之，其疮痛，则日夜抚摩之，犹惧未艾，手欲勿动不可得，而乃卧之以独木，缚之以长绳，俾四肢不可以屈伸，则虽甚痒且甚痛，而亦冥心息虑以置之耳，何也？无所措术故也。
清王朝是中国封建社会的末期，君主专制造成的腐朽性，已为许多思想家认识，他们把批判的矛头指向君主专制。如清初的黄宗羲说：“天下之大害者，‘君’而已矣！”龚自珍继承了这个传统，一直都对封建纲常的核心“君为臣纲”提出非议，“抵制专制”。
这在中国思想发展史上有重要意义，反映了近代民主主义思潮的兴起。他在《乙丙之际塾议》第二十五中说：“居民上，正颜色，而患不尊严，不如闭宫廷……”可见他对君主专制的痛恨。
在《明良论》中，龚自珍还只是对封建统治的各种具体腐败现象进行批判，而在他其后所著的《乙丙之际箸议》中他已上升到历史的高度来看待这些问题，对现实政治的发展趋势进行议论，把现实社会断定为由“乱世”转变为“衰世”。
在《乙丙之际箸议》第九里，他提出自有文字以来“世有三等（治世、乱世、衰世）”的说法，对“衰世”情况进行描述，并提出衰世社会最严重的问题是缺乏人才，统治阶级用种种思想观念、规章制度对人来进行精神扼杀，使其失去历史责任感，社会开始衰败。龚自珍对衰世极为忧虑，提出貌似稳定的社会行将解体的警告，他的观察是深刻的，认识是敏锐的。
在这个时期龚自珍以象征手法写政论文《博隐》，文中他以“日有三时”，即早时、午时、昏时作比喻，说明社会历史的变迁，警告封建统治“衰世”的到来。在象征性的描写中他大胆、坚决地对封建衰世进行批判，并预言一种新的封建力量的兴起，对未来反对封建斗争风暴的来临充满憧憬。
龚自珍在向统治阶级发出警告之后，又鼓动统治者赶快进行社会改革，他希望清王朝统治者主动改革法令、政策，进行“自改革”，以扭转衰败局面。
25岁在上海时，龚自珍把以前所做的文章汇编成集，命名为《泣序文》，意思是集中的文章都是忧世伤时之作，他要为现实社会政治的危机而痛心哭泣。积学之士王艺荪及龚自珍的朋友看了这本集子后，都大加赞赏，但又都劝他放弃这些批判性太强的文章，以免遭迫害。但他不甘愿就范于统治者而为腐朽统治粉饰太平，做俯首帖耳的奴隶，毅然坚持“批判”这条路，这正是他的可贵之处。
嘉庆二十三年（1818年），龚自珍27岁，第四次参加乡试，中浙江乡试第四名举人。两年后，以举人资格任内阁中书之职。此后的20年中，除因母亲去世，回南方小住三年以外，他一直长住北京。中举之后，他以为再通过会试中进士，可谋得较高官职，施展政治才干，却直到38岁第六次参加会试和殿试时，才中三甲第19名，成为进士，但在其后朝考中以“楷法不中程”之因未能列为优等，因而未能进入翰林院，又不愿到于国家政治不会有大的补救的地方任职，便在京任内阁中书共15年。道光十五年（1835年）才改任家人府主事，1837年以改任礼部主事祠祭司仪行走，后又补礼部主客司主事，仍兼祠祭司。
这是龚自珍京华议政，呼吁改革的20年，他虽一直只担任冷署闪曹的小官，却始终保持着关心国家大事的热情。通过朝廷考试答卷、向高级官员上书，与有识之士交游、撰写政论文章等形式，批评时政，急切呼吁改革。他在“自古及今，法无不改，势无不称，事例无不变迁，风气无不移易”的思想指导下，针对当时的社会问题，提出一系列改革建议、“医国”方案，以图挽救国家危机。这些建议方案虽然并未超出封建主义的范畴，是在现在秩序上作些改良，但毕竟与当时现实政治处于对立地位，这样做是很需要勇气的，在当时和以后都发生了振聋发聩的作用。
龚自珍这时在学术思想上坚决抛弃了乾嘉学派的考据之学，而接受了《春秋》公羊学派（刘逢禄、左存与）的影响，以“三世说”社会发展观点呼吁改革，巧妙地借考史讲经形式来议论时政，使学术研究与现实社会政治联系起来，而能经世致用。研究的课题也很广泛，即研究所谓“天地东西南北之学”，其中特别注重于当代典章制度和西北边疆民族地理研究，因而得以对现实社会政治问题提出较为中肯的改革建议。
由于屡考屡败，久居下位，改革主张不被接受，因而龚自珍悲愤的心情愈见沉重，他常用诗歌的形式来表现这种心情，形成他诗歌创作的第一个高峰期。此间诗作，如《能公公少年行》《十月廿夜大风，不寐，超而书怀》《夜空》《秋兴三首》《咏史》，都表现他对黑暗政治无法调和的敌意抗议，和从挫折失望中产生的悲哀，跃动着一个极其动人的封建社会叛逆者、改革者的形象。
他认为，一个衰败社会的主要特征就是缺乏人才，“左无才相，右无才史，阃无才将，庠序无才士，陇无才民，廛无才工，衢无才商，抑巷无才偷，市无才驵，薮泽无才盗，则非但鲜君子也，抑小人甚鲜”。人才困乏的原因在于整个社会嫉才妒能，遇有“才士与才民出，则百不才督之，缚之，以至于戮之。”由是他大声疾呼：“九州生气恃风雷，万马齐喑究可哀，我劝天公重抖擞，不拘一格降人才！”