黄宗羲，字太冲，号梨洲，因曾建书屋“续钞堂”于余姚南雷里，后人尊称他为南雷先生。1610年出生于浙江余姚黄竹浦一个官僚地主家庭。父亲黄尊素进士出身，明朝天启年间御史，是著名的东林党人。他铁骨铮铮，刚正不阿，在同阉党的斗争中惨遭杀害，对黄宗羲的成长产生了重大影响。
黄宗羲幼年好学，不喜章句之学与八股文，对诸子百家、历史典籍却情有独钟。母亲为此焦虑不安，父亲却认为开卷有益，让他自由发展。13岁时，黄宗羲考中秀才，随即跟父亲进京，耳闻目睹东林党人所作所为，“尽知朝局清流浊流”，对阉党怀有强烈的仇恨。杨涟、左光斗冤狱发生，黄尊素为此弹劾阉党首领魏忠贤，被削籍南归。1626年3月，黄尊素和东林领袖高攀龙等7人先后被特务锦衣校尉逮捕，临别嘱黄宗羲师从同乡学者刘宗周。黄宗羲回到故乡，发奋读书，两年时间，把家中二十一史等书籍全部精读一遍，学业上大有长进。
1627年，黄尊素在京遇难。第二年，祖父病死家中。黄宗羲遂决计北上京城替父报仇。他写好申冤文稿，随身藏有一把锋利的铁锥，只身赶赴北京。这时，崇祯皇帝已经即位，魏忠贤伏诛，阉党凶焰暂时收敛。黄宗羲大胆上书，为父鸣冤，先后在公庭上和狱门口，用铁锥击伤阉党许显纯、李实，拔下崔应元的胡须，与天启年间死难忠臣的后裔在诏狱中门设祭，哭声响彻宫廷。黄宗羲因此名闻天下，已然成为东林子弟领袖。
从京师回到家乡，黄宗羲遵从父亲遗嘱，去刘宗周创办的绍兴证人书院读书。在刘宗周的指导下，黄宗羲折节厉学，遍读十三经、二十一史、明十三朝实录及诸子百家，这使他在天文历史、地理、律历、象数、算学、佛教、道学等方面都有极深的造诣，为他成为一代硕儒奠定了深厚的学术基础。
20岁时，黄宗羲在南京参加复社。复社前身是知识分子为准备科举考试以文会友的文社，1629年由太仓人张溥、张采集合江北匡社、中州端社、松江几社、莱阳邑社、浙东超社、浙西应社而建立。建社之初，即以“重气节，轻生死，严操守，辨是非”为宗旨。黄宗羲加入这个社团不久，被公推为主要负责人之一。与此同时，阉党余孽阮大铖在崇祯皇帝的纵容下，死灰复燃，在南京成立“中江社”和“群众”两个社团组织。黄宗羲与东林后裔、复社名士140多人，联合发出《南都防乱公揭》，揭露阮大铖的阴谋活动，迫使阮大铖暂时收敛劣行。
1644年，李自成攻入北京，崇祯皇帝吊死煤山，福王朱由崧在南京建立弘光政权。阮大铖、马士英等阉党借拥戴之功再次得势。阮大铖上疏说：“东林老奸如蝗虫般遮住明日，复社小丑像蝻虫般在田间乱窜。蝗虫是现实之灾，蝻虫是将来之祸，应该立即一网打尽。”于是编写《蝗蝻录》，列黑名单，谋兴大狱。黄宗羲因此在南京被捕，后因延期提审，清兵又攻下南京，他才侥幸脱险返回浙江。
清兵入关后，刘宗周避居山间，严词拒绝清政府的劝降，绝食13天壮烈殉国。恩师的崇高民族气节给黄宗羲以莫大的鞭策，他毅然变卖全部家产，与两个弟弟在浙江余姚黄竹浦组成几百人的抗清义军“黄氏世忠营”，从此开始了长达八年的抗清武装斗争。在这八年中，黄宗羲在南明小朝廷先后任兵部职方司主事、监察御史、左副都御史等职，筹谋策划，呼号奔走，其艰难困苦诚如其自述所说：“自北兵南下，悬书购余者二，名捕者一，守围城者一，以谋反告讦者二三，绝气沙者一昼夜，其他连染逻哨之所及，无岁无之，可谓濒于十死者矣。”然而由于南明诸政权腐败无能，无所作为，抗清斗争终告失败。