明清更迭，天崩地裂，王夫之独有的遗民人格和遗民情结，使得他具有一种强烈的“民胞物与”的儒者情怀和拯救民族文化的使命。确切地说，明王朝的覆灭，落后民族对先进民族的征服，迫使他重新认识、重新定位，并试图重新建构自己的民族文化。然而，他所面对的是到处潜伏的清政府缉捕的危险，是极其恶劣的物质生活条件和写作条件，以及颠沛流离的流亡生涯。
顺治十年（1653年），李定国遭清军进击、孙可望逼迫，率军撤离湖南，清王朝恢复了在湖南的严酷统治。不仅一些曾经响应大西军的百姓和怀有抗清复明之志的明遗臣遭缉捕杀害，而且谕旨“留发不留头，留头不留发”，清统治者严令每个汉人男子仿效满族的习俗剃发蓄辫。王夫之誓死抵抗剃发，于顺治十一年（1654年）八月，泛宅避居于零陵北洞钓竹源、云台山等处。冬至，徙居常宁县西南小祗园侧西庄源。为避清政府耳目，他改姓名，变衣着，自称是瑶人。从这年到顺治十四年（1657年）春，前后约三年，他辗转迁徙，艰苦备尝，常常不得不蜷伏藏匿在荒崖绝壑的苗、瑶山洞中。虽然幸亏有当地隐士王文俨接济，但还是不得不赖采集野菜勉强维持生计。
王夫之在其流亡中最艰辛的岁月，却慨然兴起，实现了人生中最重大的一次思想转折。流寓常宁西庄源时，他已经开始以教书为生。次年，又转徙到晋宁山中，借住在僧寺庙宇里，为从游者说《春秋》，授徒讲学，主要阐述《春秋》中的民族大义。在这种孤独、困苦的流亡生活中，王夫之逐渐锤炼了自己的心境，顺治十二年（1655年）在晋宁荒山破庙中，王夫之一面教书糊口，一面开始撰写《周易外传》，这也是他多年来在忧患中研求义理的第一部成果。这本书以哲学思辨的形式，深刻地反映了明清之际复杂的社会矛盾运动以及王夫之个人“出入于险阻”的生命体验。这一年的八月，王夫之又写成了《老子衍》。康熙四年（1665年）三月，王夫之更是写出了《黄书》这部深入总结民族败亡的历史和现实教训的政论著作，猛烈抨击“孤秦”“陋宋”等君主专制政体，提出“公其心，去其危，尽中区之智力，治轩辕之天下”的政治改革主张。
顺治十四年（1657年）四月，清朝统治者在其所占领地区基本上巩固了政权之后，就一方面“大赦天下”，诏行“轻徭薄赋”；另一方面调集兵力，进攻永历政权所据的云南、贵州。在这种情况下，湖南地区的社会秩序得到了相对的稳定。于是，王夫之就带着妻子郑氏和出生不满一岁的儿子回到了南岳莲花峰下的续梦庵。次年九月，他40岁，写出了叙述家世情况的《家世节录》。
顺治十七年（1660年）初夏，他迁居湘西金兰乡高节里，在茱萸塘营筑茅屋。南明永历帝于顺治十六年奔缅。永历帝奔缅以前，船山名其居为“续梦庵”，表示希望未绝；奔缅以后，名其居曰“败叶庐”，则无疑心灰已极。十七年冬，吴三桂穷追永历政府到缅甸，逼迫缅甸国王献出了永历帝。十八年四月，吴三桂弑永历帝于昆明，几位斗争到底的民族英雄，如李定国、李来亨、白文选，都先后殉国。至此，南明永历政权历时15年。在败叶庐惊闻南明最后一个政权从此覆灭，王夫之悲痛至极，又写了《续悲愤诗》一百韵。同年六月，还发生了一件不幸的事，就是几年来与他共度忧患、对他关怀备至、年仅29岁的妻子患病逝世。王夫之不胜悲伤，登岳峰悼亡妻，痛吟《岳峰悼亡四首》《续哀雨诗四首》。这一年，王夫之44岁。
康熙七年（1668年），王夫之50岁，成《春秋家说》三卷、《春秋世论》五卷。次年，成《续春秋左氏传博议》二卷、《姜斋五十自定稿》一卷。据《春秋家说》王夫之自序可知，其大义得于父亲，故名为《家说》。康熙十年（1671年），王夫之53岁，成《诗广传》初稿五卷。这是王夫之读《诗经》时写下来的一些杂感性文字。从个人的哲学、历史、政治、伦理和文学的观点出发，对《诗经》各篇加以义理引申，所以叫做《诗广传》。次年，重定《老子衍》。可惜，这部定本于次年被学生唐端笏携归家后，不慎遭火灾焚毁。今本《老子衍》为其37岁时初稿。康熙十二年（1673年），王夫之55岁，成《礼记章句》初稿，并于四年后详为整理，成四十九卷定稿。康熙十五年（1676年），王夫之58岁，成《周易大象解》一卷。本书是其义理派易学的第二部重要著作。距前作《周易外传》已有21年。在这么长的岁月之中，他对《周易》研究已经十分成熟，所以本书虽薄薄一卷，而内容包罗甚广，精义也多。
康熙十七年（1678年）三月，正当他埋头于《庄子》研究时，吴三桂称帝于衡州，准备祀天即位，并示意部下物色名手撰写《劝进表》。有人推荐王夫之执笔，吴三桂立即派人去请他。幕僚刚刚说明来意，王夫之便言辞激烈地拒绝了那人，来者只好悻悻地走了。
康熙十八年（1679年），王夫之61岁，在避清兵于穷山之中时仍不懈著述，成《庄子通》一卷。这是王夫之研究《庄子》的第一部著作。《自序》说：“凡庄生之说，皆可因以通君子之道。”“然而予固非庄生之徒也。”这是说，儒与庄是可以相通的，但自己毕竟不是庄生之徒。《庄子通》的主旨即是援儒入庄，阐扬和发挥《庄子》的思想。
康熙二十年（1681年），王夫之63岁，虽春夏之间两度卧病，仍成《庄子解》三十三卷。这是王夫之研究《庄子》的第二部著作，也是王夫之关于《庄子》的最详尽的著作。王夫之解说《庄子》，注意的是《庄子》的思想内容及其思想方法。每篇之首，冠以篇解，综括全篇大意；每段之后，加以解说，企图把庄子的思维过程描绘出来。他认为，《寓言》篇和《天下》篇为全书的序例，非庄子本人不能写出。他断定，内七篇是庄子原著；惠施是庄子的唯一知己，二人生平相互辩论，可能这七篇文字就是因惠施而作。关于《外篇》，他认为不是庄子之书，也非出于一人之手，而是庄子的门徒后学各以己意引申发挥而成。
康熙二十一年（1682年），王夫之64岁，成《说文广义》三卷、《噩梦》一卷。次年正月，成《经义》一卷。此书收王夫之晚年所作科举文字三十九篇，前三十篇题出《学》《论》《庸》《孟》，后九篇题出《易》《书》《诗》《春秋》《礼记》，统为九经，因此题名《经义》。王夫之一生与会试无缘，深恶铨法大坏，但因系儒家经典，至晚年也未完全否定科举之业。
康熙二十四年（1685年），王夫之67岁，成《张子正蒙注》九卷、《楚辞通释》十四卷，并抱病为从游诸子撰《周易内传》六卷、《周易内传发例》一卷。王夫之哲学思想，受张载的影响最大。王夫之对《正蒙》一书，推崇备至，并将张载比之孟子。
康熙二十五年（1686年），王夫之68岁，又大病垂危，幸免于死。然而，王夫之仍奋力笔耕：五月，跋《耐园家训》。六月，书《传家十四戒》。七月，追忆29岁以前十余年诗作，成《忆得》一卷。八月，重订《周易内传》《周易内传发例》。秋，撰《石崖先生传略》。冬，抱病赴长兄石崖公殡事，归作《哀鸿赋》。次年，王夫之69岁，始撰《读通鉴论》。这一年，他的咳喘病愈益严重。九月，抱病送长兄介之灵柩入土，归后再也没有离开过草堂。
康熙二十七年（1688年），王夫之70岁，成《南窗漫记》一卷、《姜斋七十自定稿》一卷，重订《四书训义》三十八卷。次年，衰病之中又著《识小录》一卷，重订《尚书引义》六卷。九月，长沙刘思肯专程来为其画肖像，船山词《鹧鸪天》自题肖像云：
把镜相看认不来，问人云此是姜斋。龟于朽后随人卜，梦未圆时莫浪猜。
谁笔仗，此形骸，闲愁输汝两眉开。铅华未落君还在，我自从天乞活埋。
随后，自撰墓志铭：
有明遗臣行人王夫之字而农葬于此，其左侧其继配襄阳郑氏之所祔也。自为铭曰：
抱刘越石之孤愤而命无从致，希张衡渠之正学而力不能企。幸全归于兹丘，固衔恤以永世。
显然，王夫之在为自己准备后事。同时，也在为自己后半生所寓志的学术著述作最后的、也是最艰难的努力。康熙二十九年（1690年），王夫之72岁，在整理汇编各种诗文评选的基础上，成文学批评概论《夕堂永日绪论》二卷，并重订《张子正蒙注》九卷。次年，咳喘中定稿《读通鉴论》三十卷、《宋论》十五卷。完稿时，距其长逝仅八个月。深秋之际，作《船山记》，深深表达了他对人生最后选定的住地、并居住长达17年之久的石船山这山这水的无限眷恋：
船山，山之岑有石如船，顽石也，而以之名。其冈童，其溪渴，其靳有之木不给于荣，其草癯靡纷披而恒若凋，其田纵横相错而陇首不立，其沼凝浊以停而屡竭其濒，其前交蔽以鬫送远之目，其右迤于平芜而不足以幽，其良禽过而不栖，其内趾之狞者与人肩摩而不忌，其农习视其塍埒之坍谬而不修，其俗旷百世而不知琴书之号。然而予之历溪山者十百，其足以栖神怡虑者往往不乏，顾于此阅寒暑者十有七，而将毕命焉，因曰：此吾山也。
就这一点来说，他可没有预料到。人以山名，山因人名。由于寓居石船山著述以终，且自号“船山”，学者尊王夫之为“船山先生”；石船山则因“船山先生”在中国学术史上的卓越贡献、享誉青史而名播海内外。
康熙三十一年正月初二日午时（1692年2月18日），王夫之长逝于湘西草堂，享年74岁。十月，葬衡阳金兰乡高节里大罗山（距草堂约8里）。旷世大儒王夫之就此离开了人世。
总之，从36岁决意林泉，潜心学术，到74岁与世长辞，王夫之在极其艰难苦险的条件下刻苦研究、勤恳著述近40年，虽饥寒交迫，生死当前，从不改变自己的志向。由于贫困买不起纸张，只好四处向朋友求借。晚年，他体弱多病，甚至不能起床，手腕麻木，不能握笔，却依然把笔墨纸砚放在卧榻旁，十分费力地写作。王夫之学识极其渊博，举凡经学、史学、子学、哲学、文学、政治、经济、法律、伦理等学问造诣无不精深，天文、历数、医理、兵法乃至卜筮、星相也旁涉兼通，且留心当时传入的“西学”。他对整个中国文化的影响可谓是空前的。