崇祯十七年（1644年）五月，王夫之听到李自成指挥大顺军攻入北京、崇祯帝自缢和宁远总兵吴三桂引清兵入关，以及清统治者进入北京等消息，非常震惊，“数日不食，作《悲愤诗》一百韵，吟已辄哭”。不久，王夫之听说福王朱由崧在南京即位（即弘光帝），感到十分激奋。十月，他赴东安访友，了解到弘光朝廷的君臣对占据北京并调兵南下的满洲贵族缺乏警戒，不禁发出了“击楫意不伸，臣浪终难弭”的慨叹，表现了对时局的深忧。在这种心情的支配下，他决定继续在南岳的深山中隐居，并在那“层峦耸翠，瀑布飞溅”，“景色清幽，人迹罕至”的莲花峰的半山腰建造“续梦庵”，作为自己和父母等的“避兵常居之所”。
顺治二年（1645年）夏，明湖广提学道堵胤锡兴修南岳的二贤祠（祀朱熹、张栻），嘱咐王夫之和王介之、夏汝弼经营其事，增建前栋。不久，王夫之听说清军攻破南京，弘光帝在芜湖被俘，续写了《悲愤诗》一百韵。闰六月，南明驻扎于衡山燕子窝的黄朝宣部和驻扎于攸县的张先壁部，肆行抢掠，“弱肉强食”，当地和邻近地区的人民，备受荼毒。王夫之和二哥参之侍奉父亲王朝聘到耒阳、兴宁（即资兴县）和永兴避难。十一月，他们才回到南岳“续梦庵”。适堵胤锡重建方广寺，便托王夫之和王介之、管嗣裘、夏汝弼襄助。
顺治三年（1646年），王夫之开始研读《周易》。他将研读《周易》的一些心得，分别写成札记（后编为《周易稗疏》），为以后进行系统的探索作好准备。接着，他编纂《莲花志》五卷，对南岳莲花峰的“沿革”“形胜”“古迹”“名游”“祀典”“禅宿”“物产”等，都作了简明的叙述。三月，王夫之到湘乡访友。他通过耳闻目见，觉得湖广地区存在着危机：南明湖广总督何腾蛟于上年九月接受了大顺军将领刘体纯、袁宗第、郝摇旗等联合抗清的要求。
不久，何又同意与统率大顺军主力部队的李锦、高一功和李自成之妻高氏联合抗清，并奏准隆武帝（南明第二任皇帝），将这一部分大顺军称为“忠贞营”，由提学道堵胤锡负责“节制”。隆武帝擢堵胤锡为佥都御史，巡抚湖广。由于湖广地区驻军近百万（包括南明部队和大顺军），筹划粮饷，极为困难，因而何腾蛟便创办“义饷”，增加租税，每亩田地较原额增加五倍多，仍不敷开支，又预征两年的钱粮。“赇吏承风，追呼每剧，又开告讦，籍没民财充饷，旦夕倾数十家以为常。”弄得物议纷腾，人心动摇。同时，何腾蛟和堵胤锡各为督师（何为湖南督师，堵为湖北督师），存在矛盾，互相倾轧，这对于开展抗清斗争，是极不利的。王夫之了解到上述情况，非常焦急，就冒着“盛夏”的酷热，前往湘阴，会见了湖北巡抚章旷（王夫之于崇祯十五年参加乡试时的房考官）“指画兵食，请调和南北督师，防溃变”。对于筹划“兵食”一事，章旷只是点点头，而对于王夫之请求他调解何腾蛟和堵胤锡之间的矛盾，他却有所讳忌，竟对王夫之说：“本无异同，不必过虑。”王夫之不敢再说，就失望地回去了。
王夫之提出的意见，章旷并未付诸实现（当然，也难以实现），所以他忧虑的问题终于发生：一方面，苛峻的征敛仍未能满足境内驻军的粮饷的需要，那些驻军（主要是南明原有的军队）就肆行劫掠，大失民心，而刘体纯、袁宗第率领的大顺军，则因缺乏粮饷而考虑脱离何腾蛟（冬，刘、袁率军离开长沙北上）；另一方面，何腾蛟和堵胤锡之间的矛盾未能解决，而“两府幕宾，半无赖士，益相构煽，遂成猜离，湖南北不相协应，而瓦解之形势成矣”。
九月，王夫之得到隆武帝于汀州（治今福建长汀）被清军擒杀的消息，又续作《悲愤诗》一百韵。此时，王朝聘也很悲痛，为了假经术以议政，他命王夫之记录他关于《春秋》的学说。他认为胡安国所著《春秋传》中的一些内容，如强调“兵权不可以假人”，旨在重“内防”而“削指臂之势”，乃是“以赵普猜制之术说《春秋》”，对后世十分有害；又如沿袭刘向、刘歆“尚变复”的观点而“核灾异，指事应”，也是荒谬的。因此，他要王夫之把他这些研究《春秋》的见解记录下来，以期有裨于世。当时王夫之只录其梗概，作为以后撰写专著的基础。十一月初四，王夫之的妻子陶氏病故，年仅25岁。
顺治四年（1647年）四月，王夫之听说永历帝（南明第三任皇帝）因清军的追攻而辗转来到武冈，感到很兴奋，就和好友夏汝弼商量，决定奔往辰、沅（今湖南辰溪、沅陵一带），寻找督师堵胤锡，想通过堵的推荐，然后前往武冈，在永历朝廷供职，为抗清事业出力。不料刚走到车驾山（在湘阴县西南九十里），因大雨连绵，风雷交加，道路泥泞，难以行走，就被迫停留下来。正当他们困顿不堪时，忽然遇到当地士人萧常赓。
萧和夏汝弼是旧相识，就邀他们到自己家里去，“破壁相容”。由于孔有德率领清军经长沙攻入湘潭，侦逻四出，人人自危，王夫之就和夏汝弼“披榛径”，登上了“特立于群山之表”的白石峰，在那里躲藏。八月十四日，王夫之的二哥王参之病亡。王朝聘于悲伤之际，写信将此事告知王夫之，并叮嘱：“汝若自爱，切不须归，勿以我为念。”寄出这封信的第二天，王朝聘也病倒了。王夫之收到父亲的信后，获悉家中变故，心里非常不安，就日夜奔波，回到了家里。他的大哥王介之已“踉跄先归”。王朝聘见两个儿子都冒险回来，很不高兴，立刻叫人抬了他，和妻子谭氏及两个儿子到南岳潜圣峰居住，以免儿子遭受清统治者及其爪牙的迫害。
十一月十八日王朝聘逝世，年78岁。他病危时叮嘱王夫之兄弟：他死后，要把他葬在这“幽迥远人间”的山麓，勿载“遗形过城市，与腥臊相涉”。这几句话，充分表现了王朝聘仇恨清统治者的思想，这对王夫之兄弟产生了深刻的影响。
王夫之自父亲死后，就和母亲谭氏及侄儿王敉（王参之长子）隐居于南岳莲花峰的“续梦庵”。他遵礼“守制”，一面潜心研究《周易》，一面注视着时局的发展，期待着出现有利的时机去参加抗清斗争。
顺治五年（1648年）十月，湖广总督何腾蛟趁着清江西提督金声桓、副总兵王得仁和广东提督李成栋先后叛清归明、牵制了清统治者的很大兵力的机会而发动反攻，收复了湖南很多州县。王夫之见抗清形势好转，也和夏汝弼、管嗣箕、管嗣裘及僧性翰密商，在南岳方广寺组织起义，成立了起义军（夏汝弼因母病和母死后办丧事，没有在军中）。但机事不密，起义军正要进行战斗，却被那充当清统治者鹰犬的湘潭人尹长民袭击，致遭溃败。性翰受重伤，王夫之脱逃。这次起义失败，王夫之受到很大的刺激，他后来追忆此事，还说：“虽云与仇战者，败亦非辱，而志事不遂，亦何荣耶！”
王夫之在衡山起义失败后，为了避免清统治者的缉捕，就带着侄儿王敉奔往永历帝的都城——肇庆。王夫之到肇庆后，堵胤锡（当时以武英殿大学士督师常德）奏荐他为翰林院庶吉士，但他因正在“守制”，同时看到永历朝廷的一些官僚，苟且偷安，营私舞弊，感到很失望，就坚决地推辞了。
顺治六年（1649年）春，王夫之了解到永历朝廷的大臣，只有以文渊阁大学士、太子少保督师于桂林的瞿式耜，力主抗清，锐意兴复，他甚为钦佩，就离开肇庆，赴桂林暂居。这时，江西金声桓、王得仁兵败身亡，而从广东率军赴赣支援的李成栋也在信丰战败渡河时溺死，致使江西又被清军占领。
与此同时，何腾蛟在湘潭被清军袭擒杀害，南明各军相继溃退，致使湖南又遭沦陷。王夫之了解这种情况后，不仅忧心国事，而且对处于清军践踏下的家乡和他的母亲，非常挂念。因之，他便于初夏时和王敉离开桂林回家乡去。他先到南岳莲花峰的“续梦庵”，清理残书，然后携带自己近数年来所写的诗稿《买薇集》，前往衡阳县西长乐乡石仙岭。
这时他的母亲谭氏居住在岭下很荒僻的“耐园”，由其长子王介之赡养。不料到达那里时，“土人弄兵”，欲杀害王夫之，虽然王夫之逃匿脱险，但家中财物却被抢劫一空，连诗稿《买薇集》也被抢去了。谭氏担心王夫之的安全，命他立刻离境。他只得又和王敉前往肇庆。不久，到了桂林，寓居于曾和他“相雅善”的张同敞的“小东皋”里。张同敞是瞿式耜的好友，由于他的宣扬，因而瞿式耜便推荐王夫之和汪郊等一起参加“阁试”，以便永历朝廷正式授予官职。王夫之闻讯后，上疏请准“终制”。他在桂林，结识了富有爱国思想、精研自然科学的有名学者方以智。当时方隐居于平乐之平西村，王夫之与之“常相闻问”。
顺治七年（1650年）二月十八日，王夫之守丧期满，瞿式耜推荐他为永历朝廷行人司行人。这时，永历帝因清军攻破南雄和韶州，已仓皇地逃到梧州，以舟为宫殿。尽管时局极为动荡，但永历朝廷的党争却趋于白热化。
二月初旬，“吴党”中的吴贞毓、郭之奇、程源、万翱等，在党魁朱天麟（东阁大学士、礼部尚书）、王化澄（东阁大学士、兵部尚书）的指使和梧州总兵陈邦傅的支持下，对主张“厘纲纪，慎黜陟，重名器”的被诋为“五虎”的“楚党”袁彭年、刘湘客、丁时魁、蒙正发、金堡进行猛烈的攻击，上疏控告他们“把持朝政，罔上行私，罪当死”。永历帝以袁彭年劝李成栋“反正有功，置勿问”，而将其余四人廷杖各八十。金堡被杖时，“受刑独重”，腿竟残。廷杖后，永历帝命将四人下锦衣卫北镇抚司狱，并写下“密旨”给主持审讯的张凤鸣（都督），令其将金堡杀害。
王夫之听说“楚党”遭受这样的灾难，连忙从桂林赶到梧州就职，决定尽力营救。他和好友管嗣裘（中书舍人）同去谒见比较清廉正直的内阁首辅严起恒，请求严向永历帝进谏，不要杀害金堡等，否则，“志士解体”，谁也不会奔赴国难了。严起恒听了这话，很受感动，就立刻“请对，不得入”。又“跪沙滨申救”，谓“谏臣非今所宜谴，严刑非今所宜用，请贷堡等”。永历帝不理睬。与此同时，瞿式耜也“亢疏申理”，永历帝仍“不听”。
三月，王化澄“入直”（官员入宫值班），他为了排挤严起恒，就于四月间和朱天麟（时永历帝敕召入直）一道唆使刑科右给事中雷得复奏称严起恒“奸逾严嵩，结虎招权，谋危社稷，买黄金通虏，拒杀诏使”。眼看严起恒就要遭受迫害了，王夫之“悲愤有怀，不能自匿”，决定进行“死诤”，就和董云骧（亦任行人司行人）上疏，谓“大臣进退有礼，请权允辅臣之去，勿使再中奸毒，重辱国而灰天下之心”。
不久，永历帝下诏，以王夫之“职非言官”而奏事，严词加以指责。“吴党”中的万翱、鲁可藻又奏请逮治王夫之。这时，握有兵柄的焦琏、马进忠、赵印选、曹志建等相继上疏反对大兴党狱；而“忠贞营”统帅高必正，在五月间入见永历帝时说，“阁臣严起恒虚公，宜专委用，金堡等处分过当”，并面责王化澄“徇私植党”。对于万翱、鲁可藻的奏请逮治王夫之，高必正也“力争不可”，这样才使万、鲁的阴谋未能得逞。
由于焦琏、高必正等将领力救金堡等，永历帝不得不免除金堡的死罪，改为削职远戍，同时释放刘湘客、蒙正发、丁时魁。但是，“吴党”对于同情金堡等和支持严起恒的王夫之，却切齿痛恨，决定伺机构陷。恰巧攸县一狂人作《百梅诗》一首，假冒王夫之的名义为之作序。王化澄看了这篇序，认为词语不逊，就想制造文字狱，把王夫之害死。王夫之受冤难伸，“愤激咯血”。幸亏高必正极力营救，永历帝才批准王夫之休假，事实上就是撤销他的“行人司行人”的官职。
七月，王夫之和侄儿王敉，离开梧州，前往桂林投奔瞿式耜。他经人介绍，与郑氏（襄阳郑仪珂之女）结婚。不久他接到家信，知道母亲谭氏害病，就在清军逼近桂林时，决定和妻子郑氏及侄儿王敉一道返湘，但因“霪雨六十日，不能取道”，延至次年（顺治八年）正月返家，母亲早已去世。
他遵礼守制。顺治九年（1652年）二月，他和大哥介之避居耶姜山（又名大云山，跨衡阳、祁阳、邵阳三县）。四月，大西军对清朝发动猛烈的进攻，李定国在率军横扫广西后由永州攻入衡阳，他派人邀请王夫之参加抗清工作。王夫之虽然对李定国“屡有克捷，兵威震耳”表示钦佩，但他认为大西军的首脑孙可望挟制永历帝，“拂君臣之大义”，因而不可“托足”。于是，他辞却李定国的邀请。次年正月，又有人邀他赴安隆。他经过深思熟虑，觉得孙可望还是不足有为而不愿贸然前往。他作《章灵赋》，抒写自己“退伏幽栖，俟曙而鸣”的思想感情。