为了改变上述局面，有效推动国有资产管理体制改革，进而深化国有企业改革，2002年11月召开的十六大提出了新的改革要求，即“建立中央政府和地方政府分别代表国家履行出资人职责，享有所有者权益，权利、义务和责任相统一，管资产和管人、管事相结合的国有资产管理体制”，“中央政府和省、市（地）两级地方政府设立国有资产管理机构”。根据十六大方针，国务院于2003年4月将国家经贸委指导国有企业改革和管理的职能，中央企业工委的职能，以及财政部有关国有资产管理的部分职能等整合起来，设立了国务院国有资产监督管理委员会（以下简称国资委），并授权国资委代表国家履行出资人职责。之后，各省、市（地）两级的国资委也陆续设立。在职能分工上，国务院国资委负责对中央所属企业的国有资产进行监管；地方国有资产监督管理机构负责监管地方所属企业的国有资产。各级国有资产监管机构的设立，使得政府的国有资产所有者职能与社会经济管理职能在制度上得以分离，实现了管资产与管人、管事相结合，促进了国有资产的优化配置和国有经济布局和结构的调整。国务院还于2003年6月颁布实施了《企业国有资产监督管理暂行条例》（以下简称《条例》），明确了国有资产管理体制的基本框架和企业国有资产监督管理的基本制度，规定了国有资产监督管理机构的主要职责和义务，强调国有资产监督管理机构一方面要切实履行出资人职责，维护所有者权益；另一方面要切实保障和不干预企业经营自主权，促进企业国有资产保值增值。《条例》为深化国有企业改革、建立现代企业制度提供了法律保障，也为今后的国有资产立法、国有企业改革立法提供了基本依据。
尽管早在1993年，十四届三中全会的《决定》就已经提出了要改革和规范复式预算制度，建立公共预算和国有资产经营预算的改革目标，然而我国的国有资产经营预算制度并未立即建立起来，这就引起了两个方面的问题：一方面，随着国民经济发展与国有企业利润留存规模的不断扩大，一些企业盲目投资，重复建设，进而导致宏观经济比例失调，投资需求过旺而消费需求不足；另一方面，国有企业与财政之间的利润分配关系也一直无法完全理顺，财政也无法彻底从竞争性生产建设领域退出，因为缺乏一个制度来确保一般预算收入不被用于上述领域。在此背景下，国务院于2007年9月，发布了《关于试行国有资本经营预算的意见》，要求国有资本经营预算单独编制，预算支出按照当年预算收入规模安排，不列赤字。其中预算收入包括国有独资、控股和参股企业上缴的利润和股利、股息，以及企业国有产权的转让收入和清算收入，预算支出包括根据产业发展规划、国有经济布局和结构调整等需要安排的资本性支出和用于弥补国企改革成本等方面的费用性支出，并要求中央本级国有资本经营预算从2008年开始实施。国有资本经营预算制度的建立，标志着我国双元财政模式（公共财政与国有资本财政）的正式确立，从而为最终建立纯粹的公共财政制度铺平了道路。
（二）财政体制改革
所谓财政体制，是指处理中央与地方，以及地方各级政府之间财政关系的一系列制度安排，是各级政府利益关系在财政领域的具体反映。财政体制改革，实际上是在各种利益的约束下，寻找各级政府间最优分工的过程，并根据事权划分财权。改革开放以来，我国的财政体制改革经历了两个大的阶段，第一个阶段的改革形成了分级包干财政体制，第二个阶段的改革则形成了分税制财政体制。
第一阶段（1980-1993年）：分级包干财政体制。
分级包干财政体制是我国实行改革开放以来到1994年实行分税制财政体制改革之前所实施的财政体制的总称。虽然，在1980、1985、1988年进行了三次重大的改革与调整，但它们的共同特点是，在划分收支的基础上，分级包干，自求平衡，所以通常称为分级包干财政体制，或称“分灶吃饭”体制（钟晓敏，2006）。
1980年2月，国务院颁发了《关于实行“划分收支、分级包干”财政体制的暂行规定》，决定除京津沪三个直辖市外，其余地方均实行形式各异的“分灶吃饭”办法。其要旨是，对收入进行分类分成，划分固定收入、固定比例分成收入和调剂收入三类，财政支出主要按照企业和事业单位的隶属关系进行划分，地方财政在划分的收支范围内多收可多支，少收则少支，自求平衡。视各地情况的不同，当时实行了四种“分灶吃饭”的办法：①对四川等15个省实行典型的“划分收支、分级包干”办法；②对新疆等五个少数民族自治区和几个视同少数民族自治区待遇的省，实行特殊的民族自治地方预算体制；③对广东、福建两省实行“划分收支、定额上缴或定额补助”的特殊优惠办法；④对江苏继续试行从1977年起试行的固定比例包干办法。1983年在总结前三年实践经验的基础上，进行了政策调整，除广东、福建两省外，其他省、市、自治区一律实行收入按固定比例总额分成的包干办法。实行分级包干的财政体制，是国家财政体制的一次重大改革，它不仅扩大了地方的财权，同时也加强了地方的经济责任，使地方有了发展本地经济的内在动力和能力。但在执行这种体制的过程中，也暴露了一些缺点。比如，统收的局面打破了，统支的局面却没有打破，地方财力解决不了的问题还是要向中央要钱，加重了中央财政的负担，收支难以平衡。
伴随着财政体制的变革，我国于1983年和1984年相继推行了第一步和第二步的利改税。这使分配关系发生了新的变化。于是，从1985年起开始实行“划分税种、核定收支、分级包干”的办法。该办法在两个方面对原先的“分灶吃饭”体制作了改进：一是以第二步利改税后的税种设置作为划分收入的依据，收入分为中央税、地方税和共享税三类；二是重新核定基数，地方财政支出基数按照1983年的既得财力确定，地方财政收入的包干基数以1983年的决算收入数为依据，确定中央与地方之间的收入分成比例或上解、补助数额，一定五年不变。地方多收可多支，少收则少支，自求平衡。
从1988年起，财政体制又一次进行了比较大的改革，全方位地推行所谓的“财政包干制”，实行了六种不同形式：①收入递增包干，以1987年为基数，确定各地区的收入递增率（环比）和地方留成、上解比例（北京市等10个省市）；②总额分成，根据各地区前两年的预算收支情况核定收支基数，确定地方留成、上解中央比例（天津市等三省市）；③总额分成加增长分成，以上年实际收入作为基数，基数以内部分按总额分成比例分成；超过部分另加增长分成比例（大连等3个计划单列市）；④上解额递增包干，以1987年上解额为基数，每年递增上解（广东、湖南两省）；⑤定额上解，按固定的数额上解（上海、山东等3个地方）等；⑥定额补助，对核定的收支基数支大于收的部分，实行固定数额补助（吉林省等16个省区）。上述各种办法，除总额分成外，其余各种办法都有一个共同特点，即地方可以从增收或超收中多留，这样就调动了地方特别是上解比例大的地区组织收入的积极性，保证财政收入的稳步增长。
分级包干财政体制在我国改革开放的早期阶段，对促进经济建设发挥了积极作用，通过适度的财政分权，使地方具有相对独立利益的利益主体发挥了它们在经济建设中的积极性。但是随着改革开放不断向纵深发展，市场经济呼唤法制和规范性的内在要求，与财政包干制非规范性特征的冲突不断加深，并日益成为社会主义市场经济健康运行和发展的桎梏。一方面，财政包干体制是由中央政府通过与各个地方谈判确定的，讨价还价因素多，随意性大，政策不统一，体制不规范，各地区间享受的包干条件不一样，造成苦乐不均，竞争不平等。另一方面，在包干制下，中央财政收入的一头被包死了，一些地方完成包干任务后，通过自行制定各种优惠政策，减免税办法，不断地将预算内收入转向预算外收入，躲过预算监督，造成分配秩序紊乱，财政收入大量流失。而且包干制按企业隶属关系划分企业所得税，按属地原则划分流转税，把工商企业的税收状况同地方财政收入紧密联系起来，不利于全国统一市场的形成。这些都与建立社会主义市场经济体制，体现法制化、公开化、制度化、公平化的要求很不适应。
为了改变现状，中央从1992年下半年起在全国选择了部分地区进行分税制改革试点，并在试点基础上，从1994年起在全国范围内推广分税制财政体制。
第二阶段（1994年至今）：分税制财政体制。
1993年12月，国务院发布了《关于实行分税制财政管理体制的决定》，决定从1994年开始改革地方财政包干体制，对各省、自治区、直辖市以及计划单列市实行分税制财政管理体制。分税制财政体制改革的具体内容包括四个方面：①根据中央政府与地方政府事权的划分支出范围。中央财政主要承担国家安全、外交、调整国民经济结构和中央国家机关运转所需经费等全国性事务。地方财政主要承担本地区政权机关运转所需支出以及本地区经济、事业发展所需支出。②根据事权与财权相结合的原则，按税种划分中央与地方的收入。将维护国家权益、实施宏观调控所必需的税种划为中央税；将同经济发展直接相关的主要税种划为中央与地方共享税；将适合地方征管的税种划为地方税，并充实地方税税种，增加地方税收收入。③中央财政对地方税收返还数额的确定。为了保持现有地方既得利益格局，逐步达到改革的目标，中央财政对地方实行税收返还，数额以1993年为基期年核定，并在1993年基数上逐年递增。④原体制中央补助、地方上解以及有关结算事项的处理。为顺利推行分税制改革，原包干体制的分配格局暂时不变，过渡一段时间再逐步规范化。
分税制财政体制实施至今，尽管有一些局部的调整，比如把个人所得税和企业所得税改革为共享税，但分税制财政体制的总体框架自1994年以来就已经基本确立下来。分税制财政体制改革起到了积极的效果，首先，它在对中央和地方事权进行相对合理分工的基础上，明确划分了中央和地方的财权，借鉴发达国家的成功经验，设置了中央税、地方税和共享税。其次，经过分税制改革，中央本级财政收入占全国财政收入的比例从22.0%跳跃至55.7%，之后这一比例也一直维持在50%左右，这使得中央有更多的资金用于调节地区间财力分配、促进均等化以及对整个宏观经济进行调控。
与此同时，由于中央对地方采取了一系列复杂的转移支付制度，地方净财政收入（地方本级收入＋中央补助收入-地方上解支出）并没有出现下降，反而有所上升。
但是分税制体制也存在着一些严重的问题，主要体现在两个方面：一方面，转移支付制度不规范。要顺利推进分税制改革，必须充分考虑地方政府的积极性，中央政府设计了一套复杂的转移支付制度来保证地方政府的既得利益。这一转移支付体系包括，税收返还、原体制补助或上解、专项补助与结算补助或上解。首先通过税收返还使得返还后的地方政府收入不低于1993年的地方本级收入水平，然后再按照原财政包干体制的一套制度，相对富裕的地方上解中央，相对贫困的地方得到中央的补助，中央还对地方进行专项补助和结算补助。其中，税收返还与原体制补助或上解等转移支付形式都采取了基数法，保留了1988年实施财政包干制的某些特征，由于财政包干制是中央与地方一对一的谈判和讨价还价确定下来的，包含了许多利益关系，但却基本没有考虑各地区的收入能力和支出需要的客观差异。这种以基数法为基础的转移支付制度势必造成地区间财力的不均等，甚至导致地区间的差异越来越大。另一方面，分税制导致县乡财政陷入困境。1994年分税制改革较为系统地划分了中央和省级政府间的财权与事权，但没有配套实行省以下各级政府间的财力分配框架。中央原本寄希望于通过逐步深化省以下体制改革，在动态中解决此问题。但由于省以下体制改革的深化一直未取得明显进展，财权划分模式与事权划分模式出现了两相背离格局，这又进一步造成了县乡基层政府的财政困难（贾康、白景明，2002）。