实行分税制以来，我国各级政府在完善转移支付制度和缓解县乡财政困难方面进行了各种探索和尝试。在完善转移支付制度方面，财政部从1995年开始实行过渡期财政转移支付制度，决定从中央增量收入中抽出一块资金专门用于对欠发达地区和少数民族地区的转移支付，额度采用因素法和公式计算，其目的是逐渐调整地区之间的利益分配格局，最终实现地方政府提供基本公共服务的能力均等化。从2002年开始，中央与地方之间实行个人所得税和企业所得税共享，并规定中央因所得税分享增加的收入全部用于对地方的一般转移支付。另外，中央还探索了包括民族地区转移支付，调整工资转移支付，农村税费改革转移支付，县乡财政奖补转移支付在内的多种新型财力性转移支付。此外，为了改变县乡财政困难，增强基层政府提供公共服务能力，实行财政级次扁平化是一个重要趋势，我国一些地方实行了“省管县”和“乡财县管”的积极探索。一方面，在浙江长期实行“省管县”经验之上，从2002年开始，安徽、湖北、河南、山东、江苏、福建、湖南、河北等省份，先后将部分归属于地级市的经济社会管理权直接赋予经济强县，在财政体制等方面试行“省管县”制度。2005年10月，十六届五中全会《中共中央关于制定“十一五”规划的建议》中明确提出，“理顺省级以下财政管理体制，有条件的地方可实行省级直接对县的管理体制”，从中央层面认可了“省管县”制度。据财政部资料显示，到2007年全国有22个地区实行了“省管县”（王红茹等，2007）。在“乡财县管”方面，安徽省从2003年开始设立9个县进行试点，湖南、四川、江苏等省也都陆续实行了“乡财县管”的试点。财政部于2006年7月发布了《关于进一步推进乡财县管工作的通知》，开始在全国范围推广“乡财县管”制度。“省管县”和“乡财县管”的实行，在一定程度上缓解了我国因财政级次过多而导致基层财政困难的问题。
（三）预算制度改革
与市场经济相适应的政府预算制度应该具有四个特征：①计划性，即在下一财政年度开始之前，政府就必须编制好该年度的预算收支计划，并报立法机关审议通过后方能实行。②归一性，即全部政府收支，原则上都应该纳入政府预算，并受到预算的约束和规范。③公开性，即全部政府收支都要向社会公众公开，受到公众的监督。④法治性，即政府预算一经议会通过，就具有法律效力，任何一级政府和部门都不得违背。
当政府预算制度具备了上述特征，社会公众就能够通过法律手段来决定和监督政府预算，强制要求政府按照预算来执行其全部的收支活动，这样政府的全部收支活动就从统治者的收支转化为社会公众的“公共”收支，财政制度才能得以真正地“公共化”（张馨，2005）。因而，政府预算制度被视作是公共财政制度的核心。相比国有企业改革和财政体制改革早在改革开放之初就开始推行，预算制度改革从20世纪90年代早期才开始进行一些零星的前奏，并于1999年之后才得以全方位推行。据此，我们将预算制度改革分为两个阶段，即1998年以前的前奏阶段和1999年以来的全面展开阶段。
预算制度改革前奏阶段（1992-1998年）。
从1951-1991年，规范我国预算制度编制和执行的行政法规一直是1951年颁布的《预算决算暂行条例》，这部颁布于新中国成立初期的行政法一直沿用了四十年，随着我国的经济发展，已经变得越来越不适应，在预算审批、执行与监督方面出现的问题也越来越多，特别是改革开放以来，社会各界对于政府预算制度提出了全新的要求。
在这种背景下，国务院于1991年10月发布了《国家预算管理条例》，对预算管理、编制、审批、执行、监督，以及预算调整等各个方面做出了新的规定，特别是明确提出了编制复式预算的要求，规定国家预算分为经常性预算和建设性预算两部分，两者之间应当保持合理的比例和结构，并规定经常性预算不列赤字。这是我国第一次提出编制复式预算的要求。通过复式预算的编制，不同来源的资金需要在时间上与不同的资金用途相匹配，而且规定债务收入不能用于经常性支出，这对于规范资金来源与用途有重要意义，在我国预算史上具有里程碑意义。根据《条例》的要求，我国从编制1992年度预算开始实行复式预算，同时编制经常性预算与建设性预算。
在两部《条例》的基础上，我国于1994年3月通过了第一部规范预算行为的法律——《预算法》（从1995年1月1日开始正式实行），建立了国家预算的基本体制，以分税制为基础规定了预算管理制度，划分了预算收支的范围，确定了收支平衡的预算原则，并对预决算的编制、审查、批准和批复，预算的调整和执行等行为规定了程序和要求。此外，根据1993年十四届三中全会提出的改进和规范复式预算制度，建立政府公共预算和国有资产经营预算，以及社会保障预算和其他预算的改革要求，1995年11月通过的《预算法实施条例》做出了相应规定，“各级政府预算按照复式预算编制，分为政府公共预算、国有资产经营预算、社会保障预算和其他预算”（第20条）。但是，《预算法》遗留了一个重要问题，即它规定的预算收入只包括税收收入、依照规定上缴的国有资产收益、专项收入和其他收入，从而将大量政府收入，包括政府性基金收入、行政事业性收费等，均划入预算之外，这不符合预算的“归一性”原则。
1996年7月，国务院发文要求加强对预算外资金的管理，并从1996年起，将养路费、车辆购置附加费、铁路建设基金、电力建设基金、三峡工程建设基金等13项数额较大的政府性基金纳入财政预算管理。在此基础上，财政部制定了《预算外资金管理实施办法》和《政府性基金预算管理办法》。《预算外资金管理实施办法》规定对预算外资金由财政部门建立统一财政专户，实行收支两条线管理，即预算外资金收入上缴同级财政专户，支出由同级财政部门按预算外资金收支计划，从财政专户中拨付。《政府性基金预算管理办法》则决定从1997年开始设立政府性基金预算，根据复式预算的要求，基金预算单独编制，独立于一般预算。设立政府性基金预算是政府预算制度向着“归一性”方向的一次重要改革，然而政府性基金预算的审批权在财政部门而非人民代表大会，不能体现预算制度的“法治性”要求。
预算制度改革全面展开阶段（1999年至今）。
1998年全国财政工作会议上，项怀诚指出“建立公共财政的基本框架，必须符合市场经济的一般规则，财政预算的范围、结构和方法必须与政府职能的范围和方向相适应，要充分体现满足社会公共需要、服从政府职能转变以及与我国国情及财力水平相适应的原则”。在这种背景下，作为财政制度公共化改革的核心内容，预算制度改革开始在全方位展开了，主要表现在以下七个方面：
（1）编制部门预算。在审计署和人大预算工作委员会的要求下，财政部于1999年9月发布了《关于改进2000年中央预算编制的意见》，提出从2000年开始中央各部门改变预算编制方法，试编部门预算，即编制反映本部门所有收支情况的预算。要求各部门根据历年收入情况和下一年度增减变动因素测算本部门组织的收入（不含国家税收）。2000年，财政部选择了教育部、农业部等四个部门试编部门预算，2001年中央159个部门全部按照部门预算的要求编报了部门预算，各单位的预算外资金、政府性基金和单位自有收入一并纳入统一预算，其中26个部门预算向人大报送，2006年增至40个，2008年进一步增加到50个部门。通过编制部门预算的改革，使一个部门的所有收支项目（包括预算外资金）都在一本预算中反映出来，实现了“一个部门一本预算”的目标，而且部门预算经过人大批准后，对该部门的收支活动就具有法律效力，这使得我国的预算制度向着“归一性”和“法治性”方向前进了一大步。
（2）实行国库集中收付制度。一个现代化的国库管理制度是强化财政管理和监督，提高资金使用效率的重要保证。2001年2月，国务院通过了《财政国库管理制度改革方案》，标志着我国的国库集中收付制度改革正式启动。改革的核心内容有两项：
第一，建立国库单一账户体系。第二，财政收支全面实行国库集中收付。2001年9月，财政部率先在水利部、科技部、财政部等6个中央部门及所属136个基层预算单位进行了首批试点改革，2002年又分两批将实行集中支付改革的试点部门扩大到42个。国库集中收付制度改革在全国的推进速度很快，截至2007年底，所有中央部门及所属9300多个基层预算单位实施了国库集中支付改革，地方36个省、自治区、直辖市和计划单列市本级，300多个地市，1300多个县（区），超过23万个基层预算单位实施了国库集中支付改革。从收入收缴管理改革看，截至2007年底，有非税收入的中央部门均纳入改革范围，地方绝大多数省份的省本级、近200个地市、1000多个县（区）、超过18万个执收单位实施了非税收入收缴改革。
（3）实行政府采购制度。从1996年开始，我国上海、河北、深圳等地开展了政府采购改革的试点工作，取得了良好的效果，并开始在全国迅速推广开来。到1998年，中央和地方财政部门大都设置了专门的政府采购机构。在此基础上，财政部于1999年4月发布了《政府采购管理暂行办法》，2002年底，我国又正式颁布了《政府采购法》，形成了一套相对成熟的政府采购法律制度。实行政府采购制度，主要采取集中公开采购的形式，在一定程度上克服了分散采购的种种弊端，提高了财政资金使用效率。1998年以来，我国政府采购的规模不断扩大，1998年全国政府采购规模为31亿元，2002年达到1010亿元，2007年进一步提高到4000亿元。据财政部统计，2002年至2007年政府采购资金年节约率达到11%，累计节约财政资金1800多亿元，财政资金使用效率明显提高。