扁形山药的种薯切割不同于长山药，也不同于圆山药。这是因为扁山药既不像长山药那样一长条，也不像圆山药那样可以分瓣切割。同时，由于种薯各部位的优势不同，切块时应有所区别。顶端即靠近茎的基部的一段优势明显，切块可小一点，一般在50克左右；顶端往下的块茎，即中间部位，切块应在60～70克；最下端的部位，因块茎不够充实，切块一般在80克左右。
如果种薯是棒形的，可以从上到下切割，上部每块40～50克，下部每块70～80克。对八杈形种薯，在切割前要把比例算好，做到切得合理。对脚掌形种薯，更要注意科学切割。
从产量衡量，种薯的上部薯块产量高，越到下部产量越低，平均上部比中下部产量可提高10％以上，单个块茎重量也大。这主要是因为上部块茎充实，营养含量充足，以及顶端优势等因素造成的。为了扁山药生长一致，产品整齐，切割的下部薯块要相对大一些。目前在生产中多不去顶芽，结果从一开始就形成了差距，有顶芽的发芽快，生长快，结薯快。下部的薯块，发芽慢，出土慢，生长发育慢，产量小，质量差，以致在栽培中形成诸多不便，不易管理。