扁山药在10～11月份收获后，便进入冬季休眠期。经过几个月的储藏休眠后，第二年春天才能发芽。扁山药只用块茎繁殖，一般不用顶芽繁殖。
在扁形山药栽培中，选择优良种薯十分重要。这是因为扁山药是用块茎进行无性营养繁殖，杂交很少，遗传性单一，新块茎可将老块茎的性状保留下来，“种什么种子，结什么果”。在扁山药生产基地，如果对块茎反复进行个体精选，形成了自己固定的优良品系类型，栽培后即使遇到不良的气候环境条件，也很少改变块茎形状。扁山药优良的遗传素质，集中在上部接近茎蔓部的部位，也即脚板薯的近茎上部。块茎的长短宽窄不同，有其不同的适应性和遗传性。
短粗的块茎类型，肉质厚，在疏松的土壤中易取得高产，遗传率高，形状整齐。长形块茎则遗传性稍差，产量偏低，多出现棒形山药。因此，种薯应选择上部断面圆形或椭圆形的块茎，肉质要厚，且较坚实，毛根细而少，无病虫害。单个块茎重应在200克左右，100克以下的小块茎多发育不良，200克以上的块茎又过大，切割时断面太多，很易造成外伤，也不好储藏。对于有线虫寄生的块茎，或有其他病虫害的薯块，一概不能留作种薯。